장기임대주택 보유 시 1세대 1주택 비과세 적용조건

요지

장기임대주택을 소유하고 있는 1세대가 거주주택의 각 요건을 모두 충족하고 해당 거주주택을 양도할 때에는 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있음

회신

1. ⁠「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 ⁠“사업자등록 등”이라 함)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 ⁠「소득세법 시행령」제167조의 3제1항제2호각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 ⁠“장기임대주택”이라 함)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제19항각호의 요건을 모두 충족하고 해당 1주택(이하 ⁠“거주주택”이라 함)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것입니다.
2. 위 1.의 거주주택을 양도할 당시 해당 주택에서 거주하고 있지 않은 경우와, 거주주택을 양도하여 비과세를 받은 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 양도하는 경우에도 ⁠「소득세법 시행령」제155조제19항을 적용하는 것입니다. 한편, 장기임대주택의 임대기간(5년)의 계산은 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보는 것입니다.
3. 장기임대주택의 임대기간 요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 위1.을 적용하는 것이나, 그 후에 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 같은 조 제21항의 규정에 따라 양도소득세를 신고․납부하여야 하는 것입니다.
4. ⁠「소득세법 시행령」제154조제1항에 해당하는 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우(이하 ⁠“고가주택”이라 함)에는 ⁠「소득세법」제89제1항3호 본문의 규정에 따라 양도소득세 비과세를 적용할 수 없는 것이며, 해당 고가주택에 대한 양도차익 및 장기보유특별공제액은 같은 법 시행령 제160조제1항각호의 산식으로 계산한 금액으로 하는 것입니다.
5. 귀 질의와 관련한 법령 및 우리 청의 기존해석사례를 보내드리오니 참고하시기 바랍니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

- 2002.07.25. 甲의 배우자 乙 : 서울 서초구 아파트(A) 취득

- 2007.08.24. 甲 : 서울 송파구 소재 아파트(B) 사용승인

    * B아파트에서 세대 모두가 3년 11개월 거주하였음

    * A아파트를 임대주택으로 등록한 후, B아파트를 양도할 예정

 ○ 질의내용

   질의 1) A아파트를 임대주택으로 등록한 후, B아파트를 양도할 때 1세대 1주택 비과세 혜택을 받을 수 있는 것인지

   질의 2) 거주주택의 양도가액이 9억원을 초과시 비과세가 안되는 것인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. ~ 2. 생략

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 생략

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대주택사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제19항을 적용한다.

1세대가 제20항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고・납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

1. 납부할 양도소득세 계산식

　거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제19항을 적용받아 납부한 세액

2. 임대기간요건 산정특례

가. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다.

나. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다) 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다)의 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

제19항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. ⁠「임대주택법 시행령」 제8조제2항에 따른 임대사업자 등록증

2. 장기임대주택의 임대차계약서 사본

3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본

4. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류

제22항에 따라 신고서를 제출받은 납세지 관할 세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 제1호의 서류 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 제출하도록 하여야 한다.

1. 주민등록표 등・초본

2. 거주주택의 토지・건축물대장 및 토지・건물 등기부 등본

3. 장기임대주택의 등기부등본 또는 토지・건축물대장 등본

○ 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.

③ 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

○ 소득세법 시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다.

○ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 생략

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 「주택법」 제2조제3호에 따른 국민주택규모에 해당하는 ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

다. ⁠「임대주택법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다.

라. ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택[미분양주택(「주택법」 제38조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장・군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

　 1) 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것

　 2) 5년 이상 임대하는 것일 것

　 3) 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것

　 4) 수도권 밖의 지역에 소재할 것

　 5) 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시・군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시・군에 있는 경우에 한정한다)}

3. ~ 10. 생략

② 생략

③ 제1항제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

(이하 생략)

○ 임대주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. ~ 2의3. 생략

3. "매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 주택 ⁠[「주택법」 제2조제1호의2에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 오피스텔(이하 "오피스텔"이라 한다)을 포함한다]을 말한다.

(이하 생략)

○ 임대주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

① 대통령령으로 정하는 호수(호수) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 임대주택법 시행령 제7조 【임대사업자의 범위 및 등록 기준 등】

① 법 제6조제1항에서 "대통령령으로 정하는 호수"란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(호수) 또는 세대를 말한다.

1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 부동산거래관리과-1072(2011.12.23.)

 [ 회 신 ]

「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호 각 목에 따른 주택(장기임대주택)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 령 제19항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 령 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것입니다. 한편, 1세대가 거주주택 양도일 현재 해당 거주주택에서 거주하고 있지 않은 경우에도 위 특례 규정이 적용되는 것입니다

○ 부동산납세과-33(2015.01.21.)

 [ 회 신 ]

「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호 각 목에 따른 주택(장기임대주택)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제19항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것입니다. 한편, 장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 같은 영 제155조제1항에 따른 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있는 것입니다.

○ 부동산거래관리과-511(2012.09.25.)

 [ 회 신 ]

장기임대주택의 임대기간은 해당 주택에 대해 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보아 계산하는 것입니다

출처 : 국세청 2015. 03. 13. 서면-2015-부동산-22586 | 국세법령정보시스템