환매 농지 양도자 경영회생 과세특례 소급·한도 적용

요지

납부할 세액이 없는 경우에도 조특법 제70조의2 적용가능하며, 2014.1.1. 조특법 제70조의2 신설전 환매한 경우에도 적용가능(경정청구기간내에 한함)하고 환매한 경우 당초 감면받은 세액은 감면세액 종합한도 계산시 포함되지 않는 것임

회신

「농지법」제2조에 따른 농업인이 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」제24조의 3 제1항에 따라 직접 경작한 농지를 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사에 양도한 후 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지를 같은 법 제24조의 3 제3항에 따른 임차기간 내에 환매한 경우 ⁠「조세특례제한법」제70조의 2에 따른 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는 것입니다.
이 경우 2014.1.1. 전에 해당 농지를 환매하고 환급받을 세액이 없는 때에도 ⁠「국세기본법」제45조의 2에 따른 경정청구 기간 이내에 ⁠「조세특례제한법」제70조의 2 제3항에 따라 환급신청을 하여야 하며, 양도소득세 과세특례가 적용되는 경우에는 같은 법 제69조에 따라 해당 농지를 한국농어촌공사에 양도할 당시 적용받은 감면세액은 같은 법 제133조 제1항 제2호 다목이 적용되는 감면세액에 포함되지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○ 1980.11.20. 질의자는 아래 농지를 취득하여 2012.05.29. 한국농어촌공사에 환매계약에 따라 양도함(자경감면규정에 따라 양도소득세 100% 감면받음)

○ 2013.07.31. 한국농어촌공사에 양도한 농지를 환매하여 재취득하였고, 이후 다른 농지의 계속적 양도가 이뤄짐

2. 질의내용

○ 조세특례제한법 제70조의2(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례) 적용과 관련하여 아래와 같이 질의함

 - ⁠(질의1) 질의자 소유 농지를 환매조건부로 한국농어촌공사에 양도하여 양도소득세 자경감면 규정에 따라 납부할 세액이 발생하지 않은 경우에도 조세특례제한법 제70조의2 적용 여부

 - ⁠(질의2) 조세특례제한법 제70조의2 신설(2014.1.1.) 전 양도 후 환매한 경우에도 적용가능한지 여부

 - ⁠(질의3) 질의1․2에 있어 조세특례제한법 제70조의2 적용이 가능한 경우 감면한도액 계산시 당초 적용받은 감면세액 제외 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제70조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

① 「농지법」 제2조에 따른 농업인(이하 이 조에서 "농업인"이라 한다)이 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」제24조의3제1항에 따라 직접 경작한 농지 및 그 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 후 같은 법 제24조의3제3항에 따라 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지등을 같은 법 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 환매한 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 해당 농지등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다.

② 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 해당 농지등을 다시 양도하는 경우 그 농지등에 대하여 ⁠「소득세법」제95조에 따른 양도소득금액을 계산할 때 취득가액은 같은 법 제97조에도 불구하고 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지등 취득 당시 같은 법 제97조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액으로 하고, 취득시기는 같은 법 제95조제4항 및 제98조에도 불구하고 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지등의 취득일로 한다.

③ 제1항에 따라 환급받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급신청을 하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항을 적용함에 있어 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면의 적용방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 부칙(제12173호, 2014.1.1.)

제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제107조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터, 제121조의2제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제14항 및 제121조의3제2항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터, 제66조제1항ㆍ제2항, 제68조제1항ㆍ제4항, 제132조제1항제4호(작물재배업의 개정부분만 해당한다) 및 제142조의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

제21조(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제70조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 환급신청하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제67조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제70조의2제3항에 따라 환급을 받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 1. 농지등을 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 매매계약서 사본

 2. 해당 농지등을 한국농어촌공사로부터 환매한 환매계약서 사본

② 제1항에 따라 환급신청서를 제출받은 납세지 관할 세무서장이 환급을 하는 경우에 관하여는 「국세기본법」 제51조를 준용한다. 이 경우 같은 법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

③ 법 제70조의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 직접 농지등을 경작한 것으로 보아 제66조를 적용한다.

④ 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령」 제19조의6제2항에 따라 농지등의 일부에 대하여 환매를 신청한 경우 제2항에 따른 환급세액은 환매한 농지등에 대하여 납부한 양도소득세에 상당하는 금액으로 한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제61조 【서식등】

52의3. 영 제67조의2제1항에 따른 경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 환급신청서 : 별지 제51호의3서식

○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

 1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

  나. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

 2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

  다. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조 또는 제77조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의3 【경영회생 지원을 위한 농지 매입 등】

① 공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

② 공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

③ 제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하여 그 농지등의 환매(환매)를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격ㆍ환매가격 및 지급방법, 임대기간ㆍ임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의5 【임대기간ㆍ임대료】

① 공사가 법 제24조의3제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 그 임대기간은 7년으로 한다.

② 공사는 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매도한 농업인 또는 농업법인이 제1항에 따른 임대기간에 경영회생을 하기 어려운 사유가 있다고 인정되는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 3년을 초과하지 아니하는 범위에서 임대기간을 연장할 수 있다.

③ 공사가 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 연간 임대료는 그 농지등의 매입가격에 1천분의 10의 범위에서 농림축산식품부장관이 정하는 비율을 곱하여 산정한 금액으로 하며, 월할(월할) 또는 일할(일할)로 계산할 수 있다.

○ 농지법 제2조【정의】

2. "농업인"이란 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말한다.

○ 농지법 시행령 제3조 【농업인의 범위】

법 제2조제2호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지에서 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자

2. 농지에 330제곱미터 이상의 고정식온실ㆍ버섯재배사ㆍ비닐하우스, 그 밖의 농림축산식품부령으로 정하는 농업생산에 필요한 시설을 설치하여 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하는 자

3. 대가축 2두, 중가축 10두, 소가축 100두, 가금 1천수 또는 꿀벌 10군 이상을 사육하거나 1년 중 120일 이상 축산업에 종사하는 자

4. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 자

출처 : 국세청 2015. 12. 18. 서면-2015-법령해석재산-1480[법령해석과-3416] | 국세법령정보시스템