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재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임
귀 질의 경우, 기존해석사례(재산세과-408, 2009.02.04.) 및 대법원 판례(대법원2008두5278, 2008.06.12.)를 참고하시기 바랍니다.
○ 재산세과-408, 2009.02.04.
공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법」 제13조 및 「같은법 시행령」 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임
1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 2010.12. 대한예수교장로회△△△△교회(이하 “△△△△교회”라고 함, 관할세무서로부터 부여받은 고유번호(000-82-00000) 있음)는 부목사 사택용으로 사용할 목적으로 A주택을 취득(48백만원)
- 2014.11. △△△△교회는 부목사 사택으로 사용하던 A주택을 양도(95백만원)
○ 질의내용
- A주택 양도에 대해서 △△△△교회는 양도소득세를 신고․납부하여야 하는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
○ 소득세법 제2조 【납세의무】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.
1. 거주자
2. 비거주자로서 국내원천소득(국내원천소득)이 있는 개인
② 생략
③ 「국세기본법」 제13조제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.
○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】
① 제4조제1항제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(부담부증여)(「상속세 및 증여세법」 제47조제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(수증자)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.
(이하 생략)
○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(지적공부)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
(이하 생략)
○ 소득세법 시행령 제3조의2 【거주자 또는 비거주자로 보는 단체의 구분】
법 제2조제3항에 따라 거주자 또는 비거주자로 보는 법인 아닌 단체에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 법을 적용한다.
1. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있거나 사실상 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 해당 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 구성원별로 과세
2. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않거나 확인되지 않는 경우에는 해당 단체를 1 거주자 또는 1 비거주자로 보아 과세
○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】
① 법인(「법인세법」 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(출연)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(규정)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 「소득세법」에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.
⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.
⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청・승인 등】
① 법 제13조제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(「법인세법」 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 단체의 명칭
2. 주사무소의 소재지
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
4. 고유사업
5. 재산상황
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
7. 그 밖에 필요한 사항
② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.
③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제12조제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 「법인세법」 제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.
○ 국세기본법 시행령 제9조 【법인으로 보는 단체의 대표자 등의 신고】
법 제13조제1항 및 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)가 법 제13조제5항에 따른 대표자 또는 관리인의 선임신고 또는 변경신고를 하려는 경우에는 대표자 또는 관리인(변경의 경우에는 변경 전 및 변경 후의 대표자 또는 관리인)의 성명과 주소 또는 거소, 그 밖에 필요한 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
○ 재산세과-408, 2009.02.04.
공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법」 제13조 및 「같은법 시행령」 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임
○ 서면인터넷방문상담4팀-2339, 2005.11.28.
「국세기본법」 제13조 제2항에 의하여 법인으로 승인받은 법인격 없는 단체(수익사업을 영위하지 아니함)가 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 양도하는 경우, 당해 소득은 「법인세법」 제3조 제2항 및 같은법 시행령 제2조 규정에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것임
○ 재재산46014-280, 2001.11.20.
종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 부목사 또는 전도사가 교회로부터 제공된 사택을 3년 이상 사용한 경우 당해 사택은 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호에서 규정하는 ' 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접사용한 토지 등' 에 해당하는 것이나,
부목사 또는 전도사가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하였는지 여부, 교화업무를 전업으로 하는 부목사 또는 전도사가 사택을 3년 이상 사용하였는지 여부 등은 과세관청에서 사실판단할 사항임
○ 대법원2008두5278, 2008.06.12, 국승
(1) 원고 교회가 국세기본법 제 13조 소정의‘법인으로 보는 단체’에 해당하는지 여부
(가) 을 4호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1982.6.29. 서울특별시장에게 법인설립등록을 마친 재단법인 ○○○○교회장로회 총회유지재단 소속 제직회 또는 공동의회의 결의를 통하여 그 의사결정을 하며, 재정 및 재산은 전 교인의 총유 재산으로 하되 그 관리는 담임목사가 관리・감독하는 사실을 인정할 수 있으므로 원고는 다수의 교인들에 의하여 조직되고, 일정한 종교활동을 하고 있으며, 그 대표자가 정하여져 있는 법인격 없는 사단에 해당한다고 할 것인바, 원고가 1983.3.1. 피고에게 거주자로서 사업자등록 (000-89-00000)을 마쳤다가 2005.7.4. 폐업하면서 같은 날 개업일을 2000.1.1.로 하여 국세기본법 제13조 제2항의 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로서 법인으로 보는 단체의 승인을 얻어 고유의 사업자등록번호는 비영리법인으로서 법인으로 보는 단체의 승인을 얻어 고유의 사업자등록 번호(000-82-00000)를 교부받았을 뿐(갑 3호증, 을 5호증, 을 6호증의 1 내지 3의 각 기재), 이 사건 부동산의 양도 당시 원고가 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되었거나, 법령에 의하여 주무관청에 단체로서 등록한 바가 없었을 뿐만 아니라, 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻는 바도 없었으므로 결국 원고는 국세기본법 제13조 제1항 제1호 또는 같은 조 제2항에 정한, 법인으로 보는 법인격 없는 단체에 해당하지 아니한다 할 것이다.
(나) 이에 대하여 원고는, 가사 원고가 법인격 없는 단체에 해당한다하더라도, 위 국세기본법 제13조 제1항 제1호의 규정취지는 설립에 주무관청의 허가나 인가를 요하는 경우에 그 허가나 인가를 받은 사단을 세법상 법인으로 보는 단체에 해당하는 것으로 보는 데에 있으므로, 원고의 경우처럼 설립에 허가를 필요로 하지 않는 경우에는 허가를 받지 않더라도 이를 세법상 법인으로 보는 단체에 해당하는 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 위 국세기본법 제 13조 제1항 제1호의 규정취지는 설립 허가의 필요여부를 떠나 주무관청의 허가나 인가를 받은 경우에만 이를 세법상 법인으로 보는 단체로 인정하려는 취지로 보이므로 원고의 이 부분 주장은 이유없다.
(다) 원고는 또한 원고 교회가 종교활동을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단에 해당하므로 국세기본법 제 13조 제1항 제2호의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체에 해당한다고 주장하나, 앞에서 본 바와 같이 원고 교회는 법인격 없는 사단으로서 그 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하고 교인들은 각 교회 활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용수익할 수 있다 할 것인데(대법원 1993.1.19. 선고 91다 1226 판결 참조), 이러한 교회가 법인격 없는 재단으로서의 성격을 함께 갖고 있다고 본다면, 교회재산인 부동산이 교인의 총유이면서 동시에 법인격 없는 재단의 단독소유가 된다는 결과가 되어 그 자체가 모순될 뿐만 아니라 그 소유관계를 혼란스럽게 할 우려가 있으므로, 원고 교회가 법인격 없는 사단이면서 동시에 법인격 없는 재단이라고 볼 수는 없다할 것이어서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
(라) 따라서 원고를 법인격 없는 재단이라고 보기는 어렵고, 주무관청의 허가나 인가를 받아 설립되거나 등록된 사단도 아니며, 관할세무서장의 승인을 받지도 않았으므로 결국 원고는 국세기본법 제13조의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않아 원고를 소득세법상의 거주자로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.
(2)원고의 비과세관행 주장에 대한 판다
원고는, 과세당국이 교회 등 종교단체에 대하여 설립허가 또는 설립등기여부와 관계없이 고유 업무에 사용하던 부동산의 처분으로 인한 소득에 대하여 비과세하여 왔으므로 이 사건 처분은 비과세 관행에 위배되는 것이어서 위법하다고 주장하므로 살피건대, 국세기본법 제 18조 제 3항이 규정하고 있는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 가은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그러한 해석 또는 관행이 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것인데(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결, 선고 94누6574판결 등 참조), 갑 5내지 7호증의 각 기재만으로는 원고 주장과 같은 비과세관행이 존재하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.
