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「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 2013년 12월 31일까지 연구용역 계약을 체결하여 연구용역을 개시한 분에 대해서는 제45조제2호의 개정규정에도 불구하고 법 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역에 해당하는 것임.
귀 질의의 경우 기존해석사례(서면법규과-886, 2014.08.14)를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.
○ 서면법규과-886, 2014.08.14
「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 연구용역을 제공하는 경우에 있어서 장기연구용역에 대한 총차계약을 체결하고 이에 따른 별도의 연차별 계약을 체결하여 연구용역을 제공하는 경우, 연차계약에 의하여 용역제공기간이나 대가관계, 당해기간의 용역의 내용 등이 실질적으로 확정되는 경우에는 총차계약의 체결에도 불구하고 연차계약에 의하여 제공되는 각각의 연구용역을 별도의 용역계약으로 보아 연차계약에 의한 용역의 제공이 2013년 12월 31일 이전에 개시되는 경우에는「부가가치세법 시행령」부칙(제25196호) 제9조에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 2014년 1월 1일 이후 개시되는 연구용역에 대해서는 부가가치세가 과세되는 것입니다.
다만, 연차계약에 따라 2013년 12월 31일 이전에 연구용역 제공이 개시되고 2014년 1월 1일 이후 당초 용역제공 내용에 실질적인 변경 없이 단순한 가격의 조정이나 기간의 변경에 해당하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것입니다.
1. 사실관계
가. 동해어업관리단 공고 ‘죽변항 해안선변화 모니터링 용역’에 당 대학교 산학협력단이 입찰에 참가하여 수주함
나. 용역기간은 착수일로부터 60개월(2013.7.25.~2018.7.23.)로 이미 1차 계약기간(2013.7.25.~2014.12.24.)이 종료 되었으며 현재 2차 계약기간(2015.2.25.~2016.1.20.)을 수행하고 있음
2. 질의내용
동 과제가 부가가치세법 시행령 부칙 제9조(산학협력단이 제공하는 연구용역에 관한 특례) 조항에 따라 부가가치세가 면제되는 용역에 해당하는지 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】
법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.
2. 학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역(「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것으로 한정한다)
○ 부가가치세법 시행령 부칙 (2014.2.21 대통령령 제25196호) 제9조【산학협력단이 제공하는 연구용역에 관한 특례】
「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 2013년 12월 31일까지 연구용역 계약을 체결하여 연구용역을 개시한 분에 대해서는제45조제2호의 개정규정에도 불구하고 법 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역으로 본다.
○ 서면법규과-886, 2014.08.14
「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 연구용역을 제공하는 경우에 있어서 장기연구용역에 대한 총차계약을 체결하고 이에 따른 별도의 연차별 계약을 체결하여 연구용역을 제공하는 경우, 연차계약에 의하여 용역제공기간이나 대가관계, 당해기간의 용역의 내용 등이 실질적으로 확정되는 경우에는 총차계약의 체결에도 불구하고 연차계약에 의하여 제공되는 각각의 연구용역을 별도의 용역계약으로 보아 연차계약에 의한 용역의 제공이 2013년 12월 31일 이전에 개시되는 경우에는「부가가치세법 시행령」부칙(제25196호) 제9조에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 2014년 1월 1일 이후 개시되는 연구용역에 대해서는 부가가치세가 과세되는 것입니다.
다만, 연차계약에 따라 2013년 12월 31일 이전에 연구용역 제공이 개시되고 2014년 1월 1일 이후 당초 용역제공 내용에 실질적인 변경 없이 단순한 가격의 조정이나 기간의 변경에 해당하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것입니다.
출처 : 국세청 2015. 11. 18. 서면-2015-부가-1308[부가가치세과-1949] | 국세법령정보시스템