요지
1. 영농조합법인이 부동산 수용으로 인한 보상수익은 법인세가 면제되는 식량작물재배업소득 외의 소득에 해당하지 아니함 2. (질의 2·3)은 아래 답변내용을 참고하기 바람
회신
1.귀하께서 우리 청에 요청하신 서면질의 사항에 대하여 다음과 같이 회신합니다.
2.귀 질의 1)의 경우 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인이 부동산 수용에 따라 받는 보상수익은 법인세가 면제되는 식량작물재배업소득 외의 소득에 해당하지 아니하는 것입니다.
3.귀 질의 2)의 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이상 사용한 대통령령으로 정하는 물류시설을 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 물류시설의 대지 또는 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있는 것으로, 대통령령으로 정하는 물류시설이란 제조업자가 생산한 제품(제품생산에 사용되는 부품을 포함한다)의 보관ㆍ조립 및 수선 등을 위한 시설이나 「물류정책기본법」제2조에 따른 물류사업을 하는 자가 보유한 물류시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말하는 것으로, 기획재정부령이 정하는 것이란 물류시설용 건물이 있는 경우 물류시설용 건물 및 해당 건물의 바닥면적에 「지방세법 시행령」 제101조 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 부수토지를 말하는 것으로 귀 법인의 물류시설이 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다.
4.귀 질의 3)의 경우 기 회신사례(법인세과-811, 2009.07.15.)를 참고하시기 바랍니다.
｢조세특례제한법 시행령｣ 제43조의 4에서 규정한 “자가물류시설”이 수용되어 대체 물류시설을 재취득한 경우, 수용된“자가물류시설”의 양도차익에 상당하는 금액은 ｢조세특례제한법｣ 제46조의4 규정을 적용할 수 있는 것임
1. 사실관계
○ 질의법인은 1995년에 설립한 조합원 100여명으로 구성된 영농조합법인으로,
- 1998년 창고용지 766㎡를 구입하여 저온창고 322㎡와 공동구판장 75㎡를 신축하여 조합원이 생산한 배를 보관 및 수출등 유통사업을 운영하고 있음
○ 2013년 질의법인의 토지 316㎡와 건물이 ○○시에 수용되면서 나머지 토지 450㎡를 매각한 대금으로 대지 478㎡를 구입하여 사업장을 이전하였음
○ 토지 및 건물 보상금액 369백만원과 잔여토지 양도금액 312백만원으로 신규 토지 478㎡를 612백만원에 매입하고 사무실 32.6㎡를 신축하여 운영 중임
2. 질의내용
1) 공익사업 수용으로 인한 부동산 양도 소득금액이 조특법 제66조에 의한 법인세 면제가 적용 가능한지 여부
2) 공익사업 수용으로 인한 부동산 양도 소득금액이 조특법 제85조의9에 의한 과세특례가 적용 가능한지 여부
3) 공익사업 수용으로 인한 부동산 양도 소득금액이 조특법 제46조의4에 의한 과세특례가 적용 가능한지 여부
3. 관련 법령
○ 조세특례제한법 제66조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】
① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제63조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】
① 법 제66조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위의 금액"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조 제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득금액을 말한다.
2. 작물재배업에서 발생하는 소득을 제외한 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액
사업연도월수
1천200만원 × 조합원 수 × ───────
12
○ 조세특례제한법 제46조의4【자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례】
① 1년 이상 계속하여 사업을 한 중소기업에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 자가물류시설(이하 이 조에서 "자가물류시설"이라 한다)을 2013년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.
② 제1항을 적용받은 내국법인이 자가물류시설의 양도일 이후 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우 또는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 못한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액에 대해서는 제33 조제3항 후단을 준용한다.
1. 자가물류시설을 양도한 후 대통령령으로 정하는 기간 동안 각 사업연도에 지출한 물류비용 중 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 특수관계인 외의 자에게 지출한 물류비용(이하 이 조 및 제104조의14에서 "제3자물류비용"이라 한다)이 100분의 70 이상일 것
2. 대통령령으로 정하는 기간 동안 각 사업연도의 제3자물류비용이 자가물류시설의 양도차익에 가목 및 나목의 비율을 곱하여 계산한 금액 이상일 것
가.「법인세법」 제55조에 따른 세율
나. 금융기관의 이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
○ 조세특례제한법 제85조의9【공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례】
① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이상 사용한 대통령령으로 정하는 물류시설(이하 이 조에서 "물류시설"이라 한다)을 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 물류시설의 대지 또는 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2015년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법으로 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.
○ 조세특례제한법 시행령 제79조의10【공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례】
① 법 제85조의9제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 물류시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다.
1. 제조업자가 생산한 제품(제품생산에 사용되는 부품을 포함한다)의 보관ㆍ조립 및 수선 등을 위한 시설
2. 「물류정책기본법」제2조에 따른 물류사업을 하는 자가 보유한 물류시설
② 법 제85조의9 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 해당 공익사업 시행지역 밖의 지역으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다.
1. 수도권과밀억제권역
2. 부산광역시(기장군은 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군은 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할 구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다.
3. 행정중심복합도시등
○ 조세특례제한법 시행규칙 제32조의3【공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례】
① 영 제79조의10 제1항 각 호 외의 부분에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 구분에 따른 물류시설을 말한다.
1. 물류시설용 건물이 있는 경우 : 물류시설용 건물 및 해당 건물의 바닥면적에 「지방세법 시행령」 제101조제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 부수토지
2. 물류시설용 건물이 없는 경우: 화물의 운송·보관·하역·조립 및 수선 등에 사용된 토지로서 주무관청으로부터 인가·허가를 받았거나 신고수리된 면적 이내의 토지
○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조【조합법인의 사업】
① 영농조합법인의 사업은 다음 각 호와 같다.
1. 농업의 경영 및 그 부대사업
2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치ㆍ운영
3. 농산물의 공동 출하ㆍ가공 및 수출
4. 농작업의 대행
5. 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업
4. 관련 사례
○ 조심2010중1664, 2010.12.31.
2007.2.28. 개정되기 전「조세특례제한법」제66조 제1항 규정에 의하면 영농법인의 주차장 운영업에 따른 소득을 법인세가 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’으로 봄이 타당하나, 개정 후에는 법인세가 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하지 아니함
○ 법인세과-196, 2010.03.08.
｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따른 농업회사법인이 부동산 수용에 따라 받는 보상수익은 ｢조세특례제한법｣ 제68조의 규정에 의하여 감면되는 ‘농업소득외의 소득’에 해당하지 아니하는 것임
○ 법인세과-811, 2009.07.15.
｢조세특례제한법 시행령｣ 제43조의4에서 규정한 “자가물류시설”이 수용되어 대체 물류시설을 재취득한 경우, 수용된 “자가물류시설”의 양도차익에 상당하는 금액은 ｢조세특례제한법｣ 제46조의4 규정을 적용할 수 있는 것임
출처 :
국세청 2015. 11. 26. 서면-2014-법인-21937[법인세과-2640] | 국세법령정보시스템
