농협 등 정부업무 대행단체의 종자 공급시 부가세 면제 요건

요지

「조세특례제한법 시행령」제106조 제7항에 따른 '대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체'에 해당하는 사업자가 제8항에 해당하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 부가가치세를 면제하나 같은 법 시행령 제106조 제7항 제5호의 정부업무 대행 단체에 해당하지 아니하는 경우 과세물품 공급시 부가가치세가 면제되지 아니하는 것임

회신

「조세특례제한법 시행령」제106조 제7항에 따른 '대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체'에 해당하는 사업자가 제8항에 해당하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 부가가치세를 면제하나 질의의 경우 같은 법 시행령 제106조 제7항 제5호의 정부업무 대행 단체에 해당하지 아니하므로 과세물품 공급시 부가가치세가 면제되지 아니하는 것입니다.

[관련 참고자료]

1. 사실관계

가.농협중앙회는 농림사업시행지침에 의거 지방자치단체에서 선정한 농가에 필요한 사료용 종자를 당사와 구매․공급 대행계약을 체결하여 지역본부 및 지역 농․축협을 통하여 공급하고 이에 대한 취급수수료를 지역 농․축협 및 중앙회가 농가로부터 수취함

 나.    당사는 농가의 종자 구매대행과 관련하여 중앙회 지역본부 및 지역축협에 면세품목(호밀, 귀리 등)은 계산서, 과세품목(이탈리안라이그라스, 목초종자 등)은 세금계산서를 발행함

 다.당사는 각각‘녹비작물종자대지원사업’과‘조사료생산기반확충사업’일환으로 사업 참여하여 종자를 구매하고 있으며 대통령령으로 정하는 정부업무 대행단체(농업중앙회)의 의뢰를 받아 구매하는 재화이며, 대통령령으로 정하는 사업을 수행함

2. 질의내용

 당사가 지역축협(또는 농협)에 과세물품(종자)을 공급시 조세특례제한법 제106조제1항제6호 및 시행령 제7항제5호에 따라 면세로 공급이 가능한지 여부

3. 관련된 법령 및 기존 해석사례

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5, 제9호, 제9호의3 및 제12호는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제9호의2 및 제11호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

5. ⁠「농업협동조합법」에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다)

출처 : 국세청 2015. 04. 19. 서면-2014-부가-21360 | 국세법령정보시스템