민간 개발사업시행자가 취득 후 학교용지 기부채납 시 원소유자 조세특례제한법 감면 여부

요지

주택법에 따른 주택건설사업계획승인을 받은 민간 주택건설업자 등이 학교용지확보등에관한특례법에 따른 개발사업시행자에는 해당되나, 학교시설사업의 사업시행자는 아닌 경우 동 개발사업시행자가 토지를 취득하여 학교시설사업의 사업시행자에게 학교용지로 기부채납하더라도 해당 토지의 원소유자는 수용 감면을 적용받을 수 없는 것임

회신

「조세특례제한법」제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면)의 감면 규정은 토지등의 소유자가 공익사업의 사업시행자에게 직접 양도(수용 또는 협의매수를 포함)하는 경우에 적용받을 수 있는 것입니다. 따라서 ⁠「주택법」에 따라 주택건설사업계획승인을 받은 민간 주택건설업자 등이 ⁠「학교용지 확보 등에 관한 특례법」 제3조 제1항에 따른 개발사업시행자에는 해당되나, 같은 법에 따른 학교시설사업의 사업시행자에는 해당되지 아니하는 귀 질의의 경우에는 동 개발사업시행자가 토지를 취득하여 학교시설사업의 사업시행자에게 학교용지로 기부채납하더라도 해당 토지의 원소유자는 ⁠「조세특례제한법」제77조에 따른 수용 감면을 적용받을 수 없는 것입니다.

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- ⁠(주)□□주택건설은 1,101세대의 주택을 건설하며, ◇◇지역주택조합은 1,030세대의 주택을 건설하고, ⁠(주)○○개발은 1,386세대의 주택을 건설 중에 있으며, 해당 업체 등은 모두 주택법 제16조에 따라 주택건설사업계획승인을 받음

- 학교용지확보등에관한특례법 제3조 제1항에 따르면, 300가구 이상의 개발사업을 시행하는 자("개발사업시행자")는 개발사업을 시행하기 위하여 수립하는 계획에 학교용지의 조성・개발에 관한 사항을 포함시켜야 하고, 학교용지를 확보하려는 때에는 관할 교육청의 의견을 듣고 학교용지매입과 관련하여 협의하여야 하며, 같은 법 제5조 제4항에서는 개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 교육비특별회계에 기부채납하는 경우 학교용지부담금을 면제하도록 규정하고 있음

- 한편, 상기의 개발사업과 관련하여 △△교육지원청은 동 개발사업에 따라 기존의 ◎◎초등학교로는 증가하는 학생을 수용하기 곤란하여 교실 증설이 아닌 신설로 추진하고 있으며, 신설을 위해 필요한 부지는 개발사업시행자인 ⁠(주)□□주택건설 및 ◇◇지역주택조합이 매수하여 △△교육지원청에 기부채납하기로 △△교육지원청과 개발사업시행자 간 협약을 체결하고 공증함(’13.12.31.~’14.9.26.)

- ◎◎초등학교 신축과 관련한 개발사업시행자의 부지매입 현황은 아래와 같음 ⁠(㎡)

- 총 매입대상 13필지(도시관리계획시설 중 학교시설로 고시, ’15.1.8.) 중 현재 4필지를 매입한 상태이며, 아직 매입하지 못한 9필지에 대해서도 개발사업시행자가 매입을 추진하고 있고, 학교시설사업시행 주체인 경상남도 교육감은 ’15.4.30. 학교시설사업시행계획을 승인받았으므로 부지매입이 완료되는 즉시 학교 신축공사를 착공할 예정임

○ 질의내용

1) 주택법에 따라 주택건설사업계획승인을 받은 주택건설업자 등이 학교용지확보등에관한특례법 제3조 제1항에 따른 개발사업시행자에 해당되어 학교시설사업의 사업시행자인 경상남도 교육감과 학교용지로 사용될 토지에 대해서 미리 협약을 체결하고 해당 토지를 취득하여 약정에 따라 학교용지로 기부채납하는 경우 해당 토지의 원소유자들이 조세특례제한법 제77조에 따른 수용 감면을 적용받을 수 있는지 여부

2) 학교시설사업 사업시행자인 경상남도 교육감이 ’15.4.30. 학교시설사업시행계획을 승인받았으므로 위 ⁠‘1)’의 개발사업시행자가 ’14년도에 매입한 2필지에 대해서도 해당 토지의 원소유자들이 조세특례제한법 제77조에 따른 수용 감면을 적용받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

○ 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, ⁠「공공주택건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 거주자가 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 "지정 전 사업자"라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업에 착수하지 아니하는 경우

2. 제1항제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

(이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제72조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제77조제1항 각 호 외의 부분에서"대통령령으로 정하는 채권"이란 법률 제6656호 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 부칙 제2조에 따라 폐지된 ⁠「토지수용법」 제45조 또는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조의 규정에 의한 보상채권(이하 이 조에서 "보상채권"이라 한다)을 말한다.

② 법 제77조제1항 각 호 외의 부분에서 "「공공주택 건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다.

1. ⁠「공공주택 건설 등에 관한 특별법」

2. ⁠「택지개발촉진법」

3. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지에 따른 법률과 유사한 법률로서 공익사업에 따른 협의매수 또는 수용에 관한 사항을 규정하고 있는 법률

(이하 생략)

○ 주택법 제16조 【사업계획의 승인】

① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 "사업계획승인권자"라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조의2 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만 제곱미터 이상인 경우: 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다) 또는 「지방자치법」 제175조에 따라 서울특별시·광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시(이하 "대도시"라 한다)의 시장

2. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만 제곱미터 미만인 경우: 특별시장·광역시장·특별자치시장·특별자치도지사 또는 시장·군수

(이하 생략)

○ 주택법 제18조 【토지에의 출입 등】

① 국가·지방자치단체·한국토지주택공사 및 지방공사인 사업주체가 사업계획의 수립을 위한 조사 또는 측량을 하려는 경우와 국민주택사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 다음 각 호의 행위를 할 수 있다.

1. 타인의 토지에 출입하는 행위

2. 특별한 용도로 이용되지 아니하고 있는 타인의 토지를 재료적치장 또는 임시도로로 일시 사용하는 행위

3. 특히 필요한 경우 죽목(竹木)·토석이나 그 밖의 장애물을 변경하거나 제거하는 행위

② 제1항에 따른 사업주체가 국민주택을 건설하거나 국민주택을 건설하기 위한 대지를 조성하는 경우에는 토지나 토지에 정착한 물건 및 그 토지나 물건에 관한 소유권 외의 권리(이하 "토지등"이라 한다)를 수용하거나 사용할 수 있다.

(이하 생략)

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 【공익사업】 이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

1. 국방・군사에 관한 사업

2. 관계 법률에 따라 허가・인가・승인・지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도・도로・공항・항만・주차장・공영차고지・화물터미널・궤도(궤도)・하천・제방・댐・운하・수도・하수도・하수종말처리・폐수처리・사방(사방)・방풍(방풍)・방화(방화)・방조(방조)・방수(방수)・저수지・용수로・배수로・석유비축・송유・폐기물처리・전기・전기통신・방송・가스 및 기상 관측에 관한 사업

3. 국가나 지방자치단체가 설치하는 청사・공장・연구소・시험소・보건시설・문화시설・공원・수목원・광장・운동장・시장・묘지・화장장・도축장 또는 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업

4. 관계 법률에 따라 허가・인가・승인・지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교・도서관・박물관 및 미술관 건립에 관한 사업

5. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관, ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택 건설 또는 택지 및 산업단지 조성에 관한 사업

6. 제1호부터 제5호까지의 사업을 시행하기 위하여 필요한 통로, 교량, 전선로, 재료 적치장 또는 그 밖의 부속시설에 관한 사업

7. 제1호부터 제5호까지의 사업을 시행하기 위하여 필요한 주택, 공장 등의 이주단지 조성에 관한 사업

8. 그 밖에 다른 법률에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있는 사업

○ 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제3조 【학교용지의 조성・개발】

① 300가구(제5조제4항제3호에 해당하는 개발사업은 그 개발사업분을 뺀 가구 수를 대상으로 하고, 「도시 및 주거환경정비법」 제2조제2호다목의 주택재건축사업은 기존 가구를 뺀 가구 수를 대상으로 한다) 규모 이상의 개발사업을 시행하는 자(이하 "개발사업시행자"라 한다)는 개발사업을 시행하기 위하여 수립하는 계획에 학교용지의 조성・개발에 관한 사항을 포함시켜야 한다. 이 경우 학교용지의 위치와 규모 등은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제43조에 따른 학교시설의 설치기준 등에 관한 규정을 준용한다.

② 특별시・광역시・도 또는 특별자치도의 교육감(이하 "교육감"이라 한다)은 제1항에 따른 학교시설의 설치기준에 못 미치는 개발사업에 대하여는 개발사업시행자에게 그 개발사업의 규모와 지역 여건을 고려하여 적절한 규모의 학교용지를 확보하도록 한다. 다만, 그 지역이 협소하여 개발사업시행자가 학교용지를 확보할 수 없다고 판단되면 개발사업시행자로 하여금 사업지와 인접한 곳에 학교용지를 확보하도록 할 수 있다.

③ 개발사업시행자가 제1항에 따라 학교용지를 개발하거나 제2항에 따라 학교용지를 확보하려는 때에는 교육감의 의견을 들어야 한다. 이 경우 교육감은 제4조제4항에 따라 학교용지 매입비용의 2분의 1을 부담하는 시・도지사와 비용부담 등에 대하여 협의하여야 한다.

④ 시・도지사, 시장 또는 군수는 제1항에 따른 학교용지의 조성・개발계획을 포함한 개발사업계획이 허가・인가 또는 승인되면 지체 없이 그 학교용지에 대하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제25조에 따른 도시・군관리계획을 입안하여야 한다.

⑤ 제2항에 따른 적절한 규모의 학교용지 확보에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제4조 【학교용지의 확보 및 경비의 부담】

① 특별시・광역시・도 또는 특별자치도(이하 "시・도"라 한다)인 개발사업시행자는 제3조에 따른 학교용지를 확보하여 시・도 교육비특별회계 소관 공유재산(공유재산)으로 하여야 한다.

② 시・도 외의 개발사업시행자는 제3조에 따른 학교용지를 시・도에 공급하고, 시・도는 학교용지를 확보하여 시・도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에 따른 학교용지의 공급가액은 다음 각 호와 같다.

1. 다음 각 목의 개발사업시행자가 개발사업을 하는 경우에는 학교용지를 무상(「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업의 경우 2천가구 규모 이상은 초등학교와 중학교는 학교용지 조성원가의 100분의 50, 고등학교는 학교용지 조성원가의 100분의 70으로 하고, 2천가구 규모 미만인 경우에는 조성원가)으로 공급하여야 한다.

가. 국가 또는 지방자치단체

나. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관

다. 「지방공기업법」 제5조에 따른 지방직영기업

라. 「지방공기업법」 제49조에 따른 지방공사

마. 「지방공기업법」 제76조에 따른 지방공단

2. 제1호 각 목의 개발사업시행자 외의 개발사업시행자가 공급하는 학교용지의 공급가액은 ⁠「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조제7호에 따른 감정평가에 의한 가액으로 한다.

④ 제1항과 제2항에 따라 시・도가 학교용지를 확보하는 데에 드는 경비는 시・도의 일반회계와 교육비특별회계에서 각각 2분의 1씩 부담한다.

⑤ 삭제

⑥ 제3항제1호에서 "학교용지 조성원가"란 제2조제2호에 따른 관계 법률에서 용지 조성원가를 정하고 있는 경우에는 그 용지 조성원가를 말하며, 용지 조성원가를 정하고 있지 아니한 경우에는 「택지개발촉진법」 제18조제3항에 따른 택지 조성원가의 산정방식을 준용하여 산정한 가격을 말한다.

⑦ 개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시・도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우에는 무상공급에 소요되는 비용을 「개발이익환수에 관한 법률」 제11조제1항에 따른 개발비용에 포함할 수 있다.

⑧ 제3항제1호 각 목에 따른 개발사업시행자가 개발사업을 하는 경우에는 개발사업지역 내에 사립학교(초등학교・중학교 및 고등학교에 한한다)를 설립 또는 이전하려는 「사립학교법」 제2조제2항의 학교법인에 학교시설(교사・체육장 및 실습지를 포함한다)을 신설하는데 필요한 토지를 학교용지 조성원가 이하로 공급할 수 있다.

○ 학교용지 확보 등에 관한 특례법 제5조 【부담금의 부과・징수】

① 시・도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과・징수할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개발사업분의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 이주용(이주용) 택지나 이주용 주택을 분양하는 경우

2. 임대주택을 분양하는 경우

3. 「도시개발법」 제2조제1항제2호에 따른 도시개발사업 시행 결과 해당 도시개발구역 내 가구 수가 증가하지 아니하는 경우

4. 「도시 및 주거환경정비법」 제2조제2호가목에 따른 주거환경개선사업의 경우

5. 「도시 및 주거환경정비법」 제2조제2호나목부터 라목까지의 규정에 따른 정비사업 시행 결과 해당 정비구역 내 가구 수가 증가하지 아니하는 경우

6. 「주택법」 제2조제9호다목에 따른 리모델링주택조합의 구성원에게 분양하는 경우

② 삭제

③ 제1항에 따른 부담금 부과・징수의 방법・절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

④ 시・도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부담금을 면제할 수 있다. 다만, 제1호・제3호 및 제4호의 경우에는 부담금을 면제하여야 한다.

1. 개발사업시행자가 제3조제3항에 따른 교육감 의견으로 제시된 학교용지를 시・도 교육비특별회계에 기부채납(기부채납)하는 경우

2. 최근 3년 이상 취학 인구가 지속적으로 감소하여 학교 신설의 수요가 없는 지역에서 개발사업을 시행하는 경우

3. 「노인복지법」 제32조에 따른 노인복지주택 등 취학 수요가 발생하지 아니하는 용도의 개발사업을 시행하는 경우

4. 개발사업시행자가 학교용지 또는 학교시설을 시・도 교육비특별회계 소관 공유재산으로 무상공급하는 경우

○ 법령해석과-118, 2015.02.04.

    위 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, ⁠「주택법」제16조에 따라 사업계획승인을 받았으나, 같은 법 제18조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 국민주택을 건설하거나 국민주택을 건설하기 위한 대지를 조성하는 사업에 필요한 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업주체에 해당하지 아니한 민간주택건설업자에게 토지를 양도함으로써 발생하는 소득은「조세특례제한법」제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】가 적용되지 아니하는 것입니다.

출처 : 국세청 2015. 07. 31. 서면-2015-부동산-1083[부동산납세과-1209] | 국세법령정보시스템