소유권이전등기 말소 후 회복시 양도시기 판단

요지

적법하게 소유권이전등기가 말소된 경우 이후 회복등기된 경우에는 소유권이전등기회복등기접수일을 소유권이전등기접수일로 봄

회신

「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 의하여 토지 등이 수용되는 경우로서 토지 등 소유자가 제기한 조합원지위확인소송에 의하여 소유권이전등기가 적법하게 말소된 이후 사업시행자가 토지 등 소유자를 상대로 제기한 소송에 의하여 소유권이전등기말소 회복등기된 경우 ⁠「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에 따른 해당 자산의 양도시기를 결정함에 있어서 소유권이전등기접수일은 소유권이전등기회복등기접수일로 보는 것입니다.

1. 사실관계

  (요약)

 (사실관계)

① 2003.12.30. **택(101호, 201호, 301호, 401호)신축

② 2009.06.15. **구역 주택재건축정비사업조합(이하 ⁠“조합”이라 함)에 수용

    - 수용사유 : 분양신청기간내 분양신청하지 않아 현금청산자로분류

③ 2010.05.28. 양도소득세 확정신고(무납부)

④ 2010.08.11. 양도소득세 확정신고 무납부 고지(’10.9.1. 체납발생)

⑤ 2011.04.01. 청산금 810,352,000원 법원에 공탁(서울동부지방법원2009금 제**호)

⑥ 2012.02.28. 조합원지위확인 소송 접수(서울행정법원2012구합**)

⑦ 2012.09.03. 위 ②의 제101호에 관한 소유권이전등기말소절차이행 소송 접수(서울동부지방법원2012가단**)

⑧ 2012.11.07. 체납에 따라 위 ⑤의 공탁금 압류

⑨ 2012.11.22. 공탁금 중 체납액 139백만원 전부 추심

⑩ 2012.12.18. 위 ⑦소유권이전등기말소절차이행 소송 화해권고결정

    1. 피고(조합)은 원고(신청인)가 분양신청기간 내에 분양신청을 한 조합원과 동일한 권한을 부여한다.

    2. 원고는 공탁금 810,352,000원을 수령한 후 이를 피고에게 지급, 피고는 위 금원을 지급받음과 동시에 원고에게 2009.6.15. 접수 제**호(위 ②의 제101호)로 마친 소유권이전등기의 말소등기절차를 이행한다.
- 신청인은 공탁금 중 압류된 금액을 제외한 670,439,530원을 찾아 조합에 지급함

    3. 원고는 서울행정법원2012구합7103호(위 ⑥) 조합원지위확인 소송을 취하한다.

⑪ 2013.01.23. 위 ⑩의 화해권고결정을 이유로 위 ③의 확정신고를 취소하는 경정청구서 접수

⑫ 2013.01.24. 위 ②의 제101호 소유권이전등기말소(접수 제4468호)

⑬ 2013.01.25. 위 ⑥조합원지위확인 소송(서울행정법원2012구합7103) 취하

⑭ 2013.02.01. 위 ②의 제201호, 제301호, 제401호에 관한 소유권이전등기말소절차이행 소송 접수(서울동부지방법원2013가단101945)

⑮ 2013.02.15. 위 ⑭의 소유권이전등기말소절차이행 소송 화해권고결정(서울동부지방법원2013가단**)

    1. 피고(조합)은 원고(신청인)에게 2009.6.15. 접수 제**호(위 ②의 제201호), 제**(위 ②의 제301호), 제**호(위 ②의 제401호)로 마친 각 소유권이전등기 말소등기절차를 이행한다.

⑯ 2013.03.12. 위 ②의 제201호, 제301호, 제401호 소유권이전등기말소(접수 제**호)

⑰ 2013.03.14. 조합은 사업시행변경인가 받고, 추가분양신청 공고(2013.3.20. ~ 2013.4.21.)하였으나, 신청인은 분양신청을 하지 않음

⑱ 2013.03.26. 위 ⑫와 ⑯의 소유권이전등기말소에 의한 경정청구에 대하여 관할 세무서는 위 ③의 양도소득세 확정신고한 과세표준과 세액을 전부 취소하고 환급결정

⑲ 2013.04.08. 위 ⑱환급결정에 따라 아래와 같이 환급금지급

            (단위 : 천원)

       * 환급금은 조합이 받으려 하지 않아 신청인이 보관

⑳ 2013.05.29. 조합(원고)은 피고(신청인) 상대로 소유권이전등기말소 회복 등기 소송 접수(서울동부지방법원 2013가단**)

        * 청구이유 : 피고의 화해조항의 위반으로 인하여, 피고에 의한 원고의 소유권이전등기는 부적법하게 말소되었다 할 것이므로, 다시 회복되어야 할 것이며, 원고 조합은 피고에 의하여 말소된 원고 조합 명의로의 이 사건 소유권이전등기의 회복을 청구할 권리가 있음

󰊊󰊓 2013.08.13. 위 ⑳의 소송에서 소유권이전등기말소 회복등기 판결 : 원고(조합)승소, 피고(**) 패소

󰊊󰊔 2013.12.26. 소유권이전등기회복접수일(접수 제81372)
* 말소(위 ⑫, ⑯)되었던 소유권이전 등기 회복(위 ②)

󰊊󰊕 2014.02.17. **은 조합으로부터 청산금(660,298,620원) 입금받음

      * 청산금 총액 810백만원 중 양도세 환급액(140백만원)과 신청인이 부담할 취․등록세(10백만원) 차감

󰊊󰊖 2014.03.30. 위 󰊊󰊔를 양도일자로 보아 양도소득세 신고․납부

      * 위 ②의 제101호는 1세대1주택 비과세, 나머지는 과세로 신고
(당초 ③신고시 비과세대상이었으나 착오로 과세로 신고)

2. 질의내용

  ○ 소유하던 토지 등이 조합에 수용(2009.6.15.)되어 양도소득세를 신고(2010.5.28.)한 후, 토지 등 소유자가 제기한 조합원지위확인소송 등에 의하여 소유권이전등기가 말소되었고, 이에 따른 납세자의 경정청구로 신고한 양도소득세가 전부 취소되었으나, 조합이 청구한 소송에 의하여 또 다시 소유권이전등기회복(2013.12.26.) 되었을 경우 양도시기

3. 관련법령

○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

  자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

  1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부・등록부 또는 명부 등에 기재된 등기・등록접수일 또는 명의개서일

  2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부・등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

  3. ~ 6. 생략

  7. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

  (이하 생략)

○ 소득세법 기본통칙 88-0…1【 자산의 양도로 보지 아니하는 경우 】

 ① 생략

 ② 매매원인 무효의 소에 의하여 그 매매사실이 원인무효로 판시되어 환원될 경우에는 양도로 보지 아니한다.

 ③ ∼ ⑤ 생략

○ 민법 제141조 【취소의 효과】

  취소된 법률행위는 처음부터 무효인 것으로 본다. 다만, 제한능력자는 그 행위로 인하여 받은 이익이 현존하는 한도에서 상환(상환)할 책임이 있다.

○ 부동산등기법 제6조 【등기신청의 접수시기 및 등기의 효력발생시기】

 ① 등기신청은 대법원규칙으로 정하는 등기신청정보가 전산정보처리조직에 저장된 때 접수된 것으로 본다.

 ② 제11조제1항에 따른 등기관이 등기를 마친 경우 그 등기는 접수한 때부터 효력을 발생한다.

○ 부동산등기규칙 제3조【등기신청의 접수시기】

 ① 법 제6조제1항에서 "대법원규칙으로 정하는 등기신청정보"란 해당 부동산이 다른 부동산과 구별될 수 있게 하는 정보를 말한다.

 ② 같은 토지 위에 있는 여러 개의 구분건물에 대한 등기를 동시에 신청하는 경우에는 그 건물의 소재 및 지번에 관한 정보가 전산정보처리조직에 저장된 때 등기신청이 접수된 것으로 본다.

○ 부동산등기법 제56조 【등기의무자의 소재불명과 말소등기】

 ① 등기권리자가 등기의무자의 소재불명으로 인하여 공동으로 등기의 말소를 신청할 수 없을 때에는 ⁠「민사소송법」에 따라 공시최고(公示催告)를 신청할 수 있다.

 ② 제1항의 경우에 제권판결(除權判決)이 있으면 등기권리자가 그 사실을 증명하여 단독으로 등기의 말소를 신청할 수 있다.

○ 부동산등기법 제58조 【직권에의한 등기의 말소】

 ① 등기관이 등기를 마친 후 그 등기가 제29조제1호 또는 제2호에 해당된 것임을 발견하였을 때에는 등기권리자, 등기의무자와 등기상 이해관계 있는 제3자에게 1개월 이내의 기간을 정하여 그 기간에 이의를 진술하지 아니하면 등기를 말소한다는 뜻을 통지하여야 한다.

 ② 제1항의 경우 통지를 받을 자의 주소 또는 거소(居所)를 알 수 없으면 제1항의 통지를 갈음하여 제1항의 기간 동안 등기소 게시장에 이를 게시하거나 대법원규칙으로 정하는 바에 따라 공고하여야 한다.

 ③ 등기관은 제1항의 말소에 관하여 이의를 진술한 자가 있으면 그 이의에 대한 결정을 하여야 한다.

 ④ 등기관은 제1항의 기간 이내에 이의를 진술한 자가 없거나 이의를 각하한 경우에는 제1항의 등기를 직권으로 말소하여야 한다.

○ 부동산등기규칙 제116조 【등기의 말소】

 ① 등기를 말소할 때에는 말소의 등기를 한 후 해당 등기를 말소하는 표시를 하여야 한다.

 ② 제1항의 경우에 말소할 권리를 목적으로 하는 제3자의 권리에 관한 등기가 있을 때에는 등기기록 중 해당 구에 그 제3자의 권리의 표시를 하고 어느 권리의 등기를 말소함으로 인하여 말소한다는 뜻을 기록하여야 한다.

○ 부동산등기법 제59조 【말소회복등기】

  말소된 등기의 회복(回復)을 신청하는 경우에 등기상 이해관계 있는 제3자가 있을 때에는 그 제3자의 승낙이 있어야 한다.

○ 부동산등기규칙 제118조【말소등기의 회복】

  법 제59조의 말소된 등기에 대한 회복 신청을 받아 등기관이 등기를 회복할 때에는 회복의 등기를 한 후 다시 말소된 등기와 같은 등기를 하여야 한다. 다만, 등기전체가 아닌 일부 등기사항만 말소된 것일 때에는 부기에 의하여 말소된 등기사항만 다시 등기한다.

출처 : 국세청 2015. 10. 05. 서면-2015-법령해석재산-0202[법령해석과-2596] | 국세법령정보시스템