사료회사의 가축계열화사업자 공급 시 영세율·의제매입세액 한도

요지

사업자단위과세사업자가 과세사업장인 사료회사에서 생산한 사료를 축산업을 주업으로 하는 가축계열화사업자에게 공급하는 경우 해당 사료의 공급은 자가공급에 해당하는 것이며, 의제매입세액 한도액 계산 시 면세 농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준은 사료회사의 과세표준임

답변내용

과․면세 겸업사업자인 가축계열화사업자가 ⁠“2개의 사료회사”(이하 ⁠“사료회사”라 함)를 흡수합병 후 사업자단위과세사업자 적용을 받는 경우로서
(질의1) 사료회사가 가축계열화사업자에게 공급하는 사료는「부가가치세법」제10조제1항에 따라 재화의 공급에 해당하는 것이며 ⁠「조세특례제한법」제105조제1항제5호에 따라 영세율 적용 대상으로「부가가치세법 시행령」제71조제1항제3호에 따라 세금계산서 발급이 면제되는 것임. 또한, 가축계열화사업자가 위탁사육농가에 제공하는 사료 등은 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것이나, 계약사육농가에 공급하는 사료 및 병아리 등은 재화의 공급에 해당하므로 사료에 대해서는 영세율 세금계산서를 발급하고 병아리 등에 대해서는 계산서를 발급하는 것임
(질의1-1) 사업자단위과세사업자를 포기하고 사업장별로 신고․납부하는 경우 사료회사가 가축계열화사업자에게 공급하는 사료는「부가가치세법」제9조에 따른 재화의 공급에 해당하므로 영세율 세금계산서를 발급하여야 하는 것이며, 가축계열화사업자와 위탁사육농가 및 계약사육농가 간의 ⁠(세금)계산서 발급은 ⁠(질의1)과 같음
(질의2) 사료회사의 의제매입세액 공제 한도액 계산 시, 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준은 사료회사가 외부에 판매한 사료의 공급가액과 가축계열화사업자에게 공급한 사료의 시가를 합한 금액으로 하는 것임

 ○ ⁠(주)☆☆☆☆(이하 ⁠“질의법인”이라 함)는 ◇◇에 위치하고 있으며 닭과 오리를 도축하는 도계공장과 이를 제조․가공하는 공장이 있으며

  - 축산업을 영위하는 가축계열화사업자로 농가에 사료 등을 공급하고 있음

 ○ 질의법인은 2013년 2월 ◎◎에 있는 사료공장과 ◇◇에 있는 사료공장을 흡수합병하였고 2014년 7월 1일부터 사업자단위과세를 신청하여 적용받고 있으며

  - 흡수합병된 사료회사는 두 공장의 사료생산량의 약 85%를 가축계열화사업자인 질의법인에게 공급하고 나머지는 농업법인과 일부 외부농가에 영세율로 판매함

2. 질의내용

 ⁠(질의1) 사료회사와 가축계열화사업자가 합병 후 사료회사가 가축계열화사업자에게 제공하는 사료의 영세율 적용 여부 및 가축계열화사업자가 농가에 해당 사료 및 병아리 등을 공급하는 경우 ⁠(세금)계산서 발급방법

 (질의1-1) 사업자단위과세신고에서 사업장단위과세신고로 변경하는 경우 ⁠(질의1)의 세금계산서 발급방법에 변화가 생기는지 여부

 (질의2) 사료회사가 가축계열화사업자와 합병 후 사료를 가축계열화사업자에게 공급 시 의제매입세액 공제 한도액 계산 방법

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】

 ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 ⁠“자기생산․취득재화”라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

  1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

○ 부가가치세법 제42조 【면세농산물 등 의제매입세액 공제 특례】

 ① 사업자가 제26조제1항제1호 또는 제27조제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물․축산물․수산물 또는 임산물(이하 ⁠“면세농산물 등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조․가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물 등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제84조 【의제매입세액 계산】

 ① 법 제42조제1항에 따라 매입세액으로 공제할 수 있는 금액은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(제34조제1항에 따른 1차 가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함하며, 이하 ⁠“면세농산물 등”이라 한다)의 가액에 다음 표의 구분에 따른 율(이하 이 항에서 ⁠“공제율”이라 한다)을 곱한 금액으로 한다. 다만, 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준(이하 이 항에서 ⁠“과세표준”이라 한다)에 100분의 30을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도로 한다.

 ② 제1항에 따라 매입세액으로서 공제한 면세농산물 등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업, 그 밖의 목적에 사용하거나 소비할 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다.

 ③ 법 제42조제1항에 따라 매입세액을 공제받으려는 사업자는 기획재정부령으로 정하는 의제매입세액 공제신고서와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 제조업을 경영하는 사업자가 농어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 제출한다.

  1. 「소득세법」 제163조 또는 「법인세법」 제121조에 따른 매입처별 계산서합계표

  2. 기획재정부령으로 정하는 신용카드매출전표 등 수령명세서

 ④ 제3항 단서에 따른 농어민은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표상의 농업 중 작물 재배업, 축산업, 작물재배 및 축산 복합농업에 종사하거나 어업 및 소금 채취업에 종사하는 개인을 말한다.

 ⑤ 제3항에 따른 매입세액의 공제에 관하여는 제74조와 제75조를 준용한다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 의제매입세액의 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제56조 【의제매입세액 계산】

 ① 수입되는 영 제84조제1항에 따른 면세농산물 등에 대하여 같은 항에 따라 의제매입세액을 계산할 때 그 수입가액은 관세의 과세가격으로 한다.

○ 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호는 2014년 12월31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

  5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가 및 지방자치단체와「농업협동조합법」,「염연초생산협동조합법」, 또는「산림조합법」에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용․축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

   마.「사료관리법」에 따른 사료(「부가가치세법」제26조에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 제외한다)

○ 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(이하 ⁠“농림특례규정”이라 함) 제2조【영세율 적용대상 농어민 등의 범위】

 ①「조세특례제한법」제105조제1항제5호 각 목 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 농민”이란「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 ⁠“한국표준산업분류상의 농업 중 작물재배업․축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.”

  1. 개인(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다)

  5. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민에게 위탁하여 가축을 사육하거나 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민과 계약을 체결하여 가축 및 사료를 공급하여 가축을 사육하는 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 농림축산식품부장관이 고시하는 계열화사업자. 다만, 계열화사업자가 위탁사육 또는 계약사육에 사용하기 위하여 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다.

○ 부가가치세법 제33조 【세금계산서 발급의무의 면제 등】

 ① 제32조에도 불구하고 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 같다)를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 세금계산서를 발급하지 아니할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제71조 【세금계산서 발급의무의 면제 등】

 ① 법 제33조제1항에서 ⁠“세금계산서를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우를 말한다.

  3. 법 제10조제1항, 제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 재화

○ 기획재정부 부가가치세제과-495, 2012.10.8

   과세사업장에서 면세사업장에 재화를 반출하는 경우에는 부가가치세의 사업장단위 과세원칙에 따라 외부거래와 동일하게 취급하여「부가가치세법」제6조제1항에 따른 재화의 공급으로 봄

○ 소비46015-183, 1999.5.26

   [질의내용]

   2이상의 과세ㆍ면세사업장을 별도로 가지고 있는 사업자가 자기의 면세사업장인 병원 등에서 사용ㆍ소비하기 위한 서식 등의 인쇄물을 자기의 다른 과세사업장(제조, 인쇄 및 도서출판)에서 종이 등을 구입, 인쇄하여 주도록 하고 대가를 수수하는 경우 당해 인쇄물 공급에 대한 과세여부와 세금계산서 교부방법

   [회신내용]

   당해 인쇄물 공급은 재화의 공급으로 부가가치세가 과세되며, 면세사업장과 과세사업장은 각각 별개의 사업장으로 보아야 하므로 ⁠(구)「부가가치세법」제6조제1항의 규정에 의한 일반적인 재화공급에 해당하여 같은 법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여야 한다.

○ 부가가치세과-222, 2010.2.24

   사업자단위과세사업자가 과세사업장에서 제조한 재화를 면세사업에 사용하기 위해 과·면세사업장으로 반출하는 경우 ⁠(구)「부가가치세법」제6조제2항 및 같은 법 시행령 제15조제1항제1호에 따라 재화의 공급에 해당하는 것이며, 같은 법 시행령 제57조제1항제2호에 따라 세금계산서 발급은 면제되는 것임.

○ 부가46015-2288, 1995.12.4 외 다수

   사업장이 2개 이상이 있는 사업자의 의제매입세액 공제는 의제매입세액 공제대상 원재료를 공급받는 사업장에서 하여야 하나, 과세되는 용역을 공급하는 사업장이 따로 있는 경우에는 과세되는 용역을 공급하는 사업장에서도 공제할 수 있음

○ 법규부가2014-100, 2014.3.25

  「부가가치세법」제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 면세농산물등을 구입한 사업장(이하 ⁠“구입사업장”이라 한다)에서 생산된 반제품을 1차 가공하는 제조장으로 반출하고, 해당 반제품으로 제품을 완성하는 제조장에서 다시 완제품을 판매하는 사업장(이하 ⁠“판매장등”이라 한다)으로 반출하여 판매장등에서 거래처에 완제품을 판매하는 경우 구입사업장에서 같은 법 제42조에 따른 의제매입세액을 공제받을 수 있는 것이며, 이 경우 같은 법 시행령 제84조 제1항에 따른 구입사업장의 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 ⁠“해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”은 판매장등의 해당 과세기간의 면세농산물등과 관련한 과세표준 중 해당 구입사업장에서 반출·가공되어 판매된 완제품의 공급가액합계액을 말하는 것임

○ 법규부가2014-90, 2014.3.24

   의제매입세액 한도액을 계산함에 있어 ⁠“해당과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 제조장에서 직접 제조하여 판매한 배합사료의 공급가액과 직매장 등으로 반출되어 판매된 배합사료의 공급가액을 합산하여 계산하는 것이 원칙임

○ 부가가치세과-710, 2012.6.21

  ⁠「사료관리법」에 따른 사료를 농민에게 공급하는 경우「조세특례제한법」제105조제1항제5호마목에 따라 영세율이 적용되는 것임

출처 : 국세청 2014. 08. 26. 법규부가2014-287 | 국세법령정보시스템