농어촌주택 취득 후 일반주택 양도의 1세대 1주택 비과세 특례

요지

「조세특례제한법」제99조의 4제1항각호에 해당하는 1채의 농어촌주택등을 취득하여 3년이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 주택이 아닌 것으로 보아 비과세 여부를 판단

회신

거주자 및 그 배우자가 구성하는 1세대가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2014년 12월 31일까지의 기간(농어촌주택등취득기간) 중에 ⁠「조세특례제한법」제99조의 4제1항각호에 해당하는 1채의 농어촌주택등을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함)하여 3년이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 주택이 아닌 것으로 보아 소득세법 제89조제1항제3호 및 소득세법 시행령 제154조제1항을 적용하는 것입니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

- 2001.04.26 甲의 배우자(乙) : 경기 안양 소재 아파트(A) 취득

- 2005.12.02 甲 : 강원도 ○○군 ○○면 소재 주택(B) 취득

              (생산관리지역)

 ○ 질의내용

    질의 1) 현상태에서 甲세대는 1세대 2주택인지 여부

    질의 2) 甲소유의 A아파트를 먼저 양도시 1세대 2주택으로 양도소득세 과세대상인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

    ○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

     ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

     1. ~ 2. 생략

     3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

     가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

     나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

    ○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

     ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

     1. ⁠「임대주택법」에 따른 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년이상인 경우

     2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

     가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

     나. ⁠「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

     다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

     3. 1년이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

    ○ 조세특례제한법 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

     ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2014년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

     1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

     가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 ⁠「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재할 것

     1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

     2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역

     3) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

     4) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

     나. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

     다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

     2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택"이라 한다)

     가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

     나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 ⁠(다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것

     1) 수도권지역

     2) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

     3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

     다. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

     라. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

     ② 삭제

     ③ 1세대가 취득한 농어촌주택등과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ시 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

     ④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

     ⑤ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고를 할 때 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

     ⑥ 제1항 및 제4항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.

     ⑦ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

    ○ 조세특례제한법 시행령 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

     ① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 ⁠「소득세법 시행령」 제154조제1항에 따른 1세대를 말한다.

     ② 법 제99조의4제1항제1호가목(1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

     ③ 법 제99조의4제1항제1호가목(4) 및 같은 항 제2호나목(3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다.

     ④ 법 제99조의4제1항제1호나목 및 같은 항 제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 기준 이내"란 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터) 이내를 말한다.

     ⑤ 법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시·군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시·군으로 본다.

     1. ⁠「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다)

     2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역

     ⑥ 법 제99조의4제1항제2호나목 ⁠(1)에서 ⁠(3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다.

     ⑦ 법 제99조의4제5항 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다.

     ⑧ 법 제99조의4제5항 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다.

     ⑨ 법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 ⁠「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 한다.

     1. 일반주택의 토지대장 및 건축물대장

     2. 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물대장

     ⑩ 법 제99조의4제1항제1호나목·다목 및 같은 항 제2호다목·라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물·토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다.

     ⑪ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다.

     ⑫ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목·나목에 따른 지역에 해당하는 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.

     ⑬ 법 제99조의4제1항제1호다목 및 같은 항 제2호 라목에서 "대통령령으로 정하는 한옥"이란 각각 「건축법 시행령」 제2조제16호에 따른 한옥으로서 지방자치단체의 조례에 따라 건축비·수선비 지원, 보존의무 등의 대상으로 해당 지방자치단체의 장에게 등록된 한옥을 말한다.

 나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

    ○ 부동산거래관리과-0570(2011.07.07.)

    〔 회 신 〕

  귀 질의 1,2의 경우 거주자 및 그 배우자가 구성하는 조세특례제한법 시행령 제99조의4제1항에 해당하는 1세대가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중에 같은 법 제99조의4제1항각호에 해당하는 1채의 농어촌주택등을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(“일반주택”이라 함)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 소득세법 제89조제1항제3호 및 소득세법 시행령 제154조제1항을 적용하는 것임

출처 : 국세청 2014. 07. 11. 부동산납세과-484 | 국세법령정보시스템