증권사 후입선출법 주식 관리와 취득시기 판정기준

요지

주식의 취득시기가 각각 다른 경우로서 양도주식의 주권발행번호, 비치・기장한 장부 및 거래명세서, 별도의 계좌 등으로 취득시기를 확인할 수 있는 경우에는 그 확인되는 날이 취득시기가 되는 것이나, 양도자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보는 것임

회신

1. ⁠「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조의 규정에 따른 양도자산의 취득시기를 판정할 때 주식의 취득시기가 각각 다른 경우로서 양도주식의 주권발행번호, 비치․기장한 장부 및 거래명세서, 별도의 계좌 등으로 취득시기를 확인할 수 있는 경우에는 그 확인되는 날이 취득시기가 되는 것이나, 양도자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보는 것입니다. 귀 질의의 경우, 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항입니다.
2. 한편, 법인(중소기업을 포함한다)의 대주주가 양도하는 주식등에 대하여는「소득세법」제115조 및 같은 법 시행령 제178조의 규정에 따라 종목별로 구분하여 각각 별지에 기장하여야 하며, 각 종목별 기장에 있어서는 거래일자ㆍ거래수량ㆍ단가ㆍ취득가액 또는 양도가액ㆍ거래수수료ㆍ증권거래세ㆍ농어촌특별세 등의 거래명세를 항목별로 빠짐없이 기장하여야 하고, 그 증명서류 등을 갖추어 두어야 하는 것입니다. 다만, ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자가 발행한 거래명세서를 갖추어 둔 경우에는 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 보는 것입니다.
3. 또한, 위 ⁠‘2’에 따라 법인의 대주주가 양도하는 주식등에 대하여 거래명세 등을 기장하지 아니하였거나 누락하였을 때에는 기장을 하지 아니한 소득금액 또는 누락한 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 해당하는 금액("기장 불성실가산세")을 산출세액에 더하는 것입니다. 다만, 산출세액이 없을 때에는 그 거래금액의 1만분의 7에 해당하는 금액을 기장 불성실가산세로 하는 것입니다.

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 코스닥상장법인(A사) 대주주 甲의 사망(’13.2.15.)으로 그의 배우자(乙) 및 자녀(丙, 丁)가 甲의 주식을 상속받았으며, 상속개시일 전 A사는 유상증자 및 무상증자를 진행하던 중이었고, 유무상증자 후 상속가액이 결정되어 상속인 3인은 A사 주식을 담보로 공탁하고 연부연납을 신청하는 한편, A사 주식을 매도하여 상속세를 납부하고 있음

- 피상속인 등의 A사 주식 보유 등 현황 ⁠(주, 원)

- B증권사 및 C증권사는 乙․丙․丁의 A사 개인주식을 매수일 후입선출법으로 관리하고 있다고 하며, C증권사의 경우 乙․丙․丁이 상속세 연부연납을 위해 공탁한 주식에 대해서는 매수일 후입선출법이 아닌 주식수량만으로 관리하고 있음

 ※ 공탁주식은 C증권사 예탁계좌에서 출고되지 않고 보호예수됨

○ 질의내용

- ⁠(질의1) 증권사에서 후입선출법으로 주식물량을 관리하고 있는 경우 丁이 ’13.6.27. 매도한 주식은 ’13.5.14.의 무상증자주식이 양도된 것으로 보는 것인지

- ⁠(질의2) 증권사에서 乙․丙․丁이 공탁한 주식에 대해 매수일 후입선출법이 아닌 주식수량만으로 관리하고 있더라도 무상증자주식부터 먼저 공탁된 것으로 보아 ’14.3.24. 乙․丙이 매도한 주식은 상속받은 주식이 양도된 것으로 보는지

- ⁠(질의3) 증권사에서 후입선출법으로 주식물량흐름을 관리하는 경우 B증권사에 예탁된 주식을 C증권사로 모두 입고한 후 C증권사에서 매도하는 경우 상속주식이 먼저 양도된 것으로 보아 취득가액을 계산할 수 있는지

- ⁠(질의4) B증권사에서 후입선출법으로 주식물량흐름을 관리하는 경우 B증권사의 무상증자주식만 C증권사로 대체거래한 후 B증권사의 유상증자주식만 매도할 경우 해당 주식의 취득가액은 유상증자주식이 되는 것인지

- ⁠(질의5) D증권사에 신규계좌를 개설하여 B․C증권사의 주식을 모두 D증권사 계좌로 입고시킨 후 매도할 경우 주식물량흐름의 가정은 어떻게 되는지

2. 질의내용에 대한 자료

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 ⁠“주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 ⁠“주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 ⁠“대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 ⁠“증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

(이하 생략)

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

(이하 생략)

○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득

세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

○ 소득세법 제115조 【주식등에 대한 장부의 비치ㆍ기록의무 및 기장 불성실가산세】

① 법인(중소기업을 포함한다)의 대주주가 양도하는 주식등에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종목별로 구분하여 거래일자별 거래명세 등을 장부에 기록ㆍ관리하여야 하며 그 증명서류 등을 갖추어 두어야 한다. 다만, ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자가 발행한 거래명세서를 갖추어 둔 경우에는 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.

② 제1항에 따라 법인의 대주주가 양도하는 주식등에 대하여 거래명세 등을 기장하지 아니하였거나 누락하였을 때에는 기장을 하지 아니한 소득금액 또는 누락한 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 해당하는 금액(이하 이 조에서 ⁠“기장 불성실가산세”라 한다)을 산출세액에 더한다. 다만, 산출세액이 없을 때에는 그 거래금액의 1만분의 7에 해당하는 금액을 기장 불성실가산세로 한다.

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 ⁠“대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

4. 생략

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. ~ 10 생략

② ⁠(삭제, 2010. 12. 30.)

③ ⁠(삭제, 2010. 12. 30.)

④ ⁠(삭제, 2010. 12. 30.)

⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① ~ ⑧ 생략

⑨ 상속 또는 증여(「상속세 및 증여세법」 제33조 내지 제42조의 규정에 의한 증여를 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 다음 각호의 규정에 의한 금액에 의한다.

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제178조 【주식 등에 대한 장부의 기장 방법】

법 제115조 제1항에 따라 주식등의 거래명세를 장부에 기록ㆍ관리할 때에는 종목별로 구분하여 각각 별지에 기장하여야 하며, 각 종목별 기장에 있어서는 거래일자ㆍ거래수량ㆍ단가ㆍ취득가액 또는 양도가액ㆍ거래수수료ㆍ증권거래세ㆍ농어촌특별세 등의 거래명세를 항목별로 빠짐없이 기장하여야 한다.

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제6조 【금융투자업】

① 이 법에서 "금융투자업"이란 이익을 얻을 목적으로 계속적이거나 반복적인 방법으로 행하는 행위로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업(업)을 말한다.

1. 투자매매업

2. 투자중개업

3. ~ 6. 생략

② 이 법에서 "투자매매업"이란 누구의 명의로 하든지 자기의 계산으로 금융투자상품의 매도·매수, 증권의 발행·인수 또는 그 청약의 권유, 청약, 청약의 승낙을 영업으로 하는 것을 말한다.

③ 이 법에서 "투자중개업"이란 누구의 명의로 하든지 타인의 계산으로 금융투자상품의 매도·매수, 그 중개나 청약의 권유, 청약, 청약의 승낙 또는 증권의 발행·인수에 대한 청약의 권유, 청약, 청약의 승낙을 영업으로 하는 것을 말한다.

(이하 생략)

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제12조 【금융투자업의 인가】

① 생략

② 제1항에 따라 금융투자업인가를 받으려는 자는 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어야 한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자일 것

가. ⁠「상법」에 따른 주식회사이거나 대통령령으로 정하는 금융기관

나. 외국 금융투자업자(외국 법령에 따라 외국에서 금융투자업에 상당하는 영업을 영위하는 자를 말한다. 이하 같다)로서 외국에서 영위하고 있는 영업에 상당하는 금융투자업 수행에 필요한 지점, 그 밖의 영업소를 설치한 자

2. 인가업무 단위별로 5억원 이상으로서 대통령령으로 정하는 금액 이상의 자기자본을 갖출 것

3. 사업계획이 타당하고 건전할 것

4. 투자자의 보호가 가능하고 그 영위하고자 하는 금융투자업을 수행하기에 충분한 인력과 전산설비, 그 밖의 물적 설비를 갖출 것

5. 임원이 제24조에 적합할 것

6. 대주주나 외국 금융투자업자가 다음 각 목의 구분에 따른 요건을 갖출 것

가. 제1호가목의 경우 대주주(최대주주의 특수관계인인 주주를 포함하며, 최대주주가 법인인 경우 그 법인의 중요한 경영사항에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 자로서 대통령령으로 정하는 자를 포함한다)가 충분한 출자능력, 건전한 재무상태 및 사회적 신용을 갖출 것

나. 제1호나목의 경우 외국 금융투자업자가 충분한 출자능력, 건전한 재무상태 및 사회적 신용을 갖출 것

6의2. 대통령령으로 정하는 건전한 재무상태와 사회적 신용을 갖출 것

7. 금융투자업자와 투자자 간, 특정 투자자와 다른 투자자 간의 이해상충(이해상충)을 방지하기 위한 체계를 갖출 것

③ 제2항의 인가요건에 관하여 필요한 세부사항은 대통령령으로 정한다.

○ 재산46014-191, 2000.02.17.

[ 회 신 ]

상장주식에 대한 양도차익의 산정은 실지거래가액에 의하여 계산하는 것이며, 소득세법 시행령 제162조의 규정에 의한 양도자산의 취득시기를 판정함에 있어 양도자산의 취득시기가 불분명한 경우로서 양도한 주식의 주권발행번호, 별도의 계좌 등으로 취득시기를 확인할 수 있는 경우에는 그 확인되는 날이 취득시기가 되는 것이며, 양도자산의 취득시기가 분명하지 아니하는 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 봄.

[질의요약]

- 갑은 1999년 12월 31일 현재 을상장회사의 대주주임.

- 을상장회사는 1991년에 상장하였으며 갑은 을상장회사 총발행주식수의 50%를 상장 전 액면가 5,000원에 취득하였음.

- 갑은 2000년 01월 05일 을회사의 주식 10,000주를 별도의 계좌를 통하여 단가 10,000에 장내 매입하였고 이중 5,000주는 01월 11일 단가 9,000원에 장내 매각, 나머지 5,000주는 2000년 01월 18일에 단가 12,000에 장내 매각하였음.

- 이 경우 양도소득금액의 산정, 신고는 어떻게 해야하며,

- 을상장회사의 법인세신고시 제출한 주식및출자지분변동상황명세서로 소득세법 시행령 제162조의 양도 또는 취득의 시기가 분명하여지는지 질의하며,

- 아울러, 양도소득금액 산정시 취득원가를 명확하게 하려면 어떠한 방법을 취해야 하는지 질의합니다.

○ 재산세과-609, 2009.02.20.

소득세법 제98조 및 동법시행령 제162조의 규정에 의한 양도자산의 취득시기를 판정함에 있어 주식의 취득시기가 각각 다른 경우로서 양도주식의 주권발행번호, 구 증권거래법에 의한 증권회사가 발행한 거래명세서, 별도의 독립된 증권계좌에 의한 거래 등을 통하여 취득시기를 확인할 수 있는 경우에는 그 확인되는 날이 취득시기가 되는 것이며, 양도자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보는 것입니다.

○ 재산세과-1532, 2009.07.27.

법인의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 주주가 무상으로 받은 주식 중 ⁠「소득세법」 제17조 제2항 제2호의 규정에 의하여 배당으로 과세된 주식의 취득가액은 액면가액으로 하는 것이며, 같은법 제17조 제2항 제2호 단서의 규정에 의하여 배당으로 보지 아니하는 주식의 취득가액은 ⁠“0”으로 하는 것임.

소득세법 제97조 제1항 제1호 나목 규정을 적용함에 있어서 주식을 발행한 법인이 무상감자를 한 경우 당해 주식의 취득에 소요된 실지거래가액은 거주자의 주식양도차익 계산시 양도가액에서 공제하는 취득가액에 포함하는 것임

○ 조심2011중1165, 2011.12.27.

(4) 청구인이 제시한 OOO의 사실확인서(2010.9.8.)에는 증권사가 고객의 주식거래에 대하여 기본적으로는 후입선출법에 의하여 주식을 관리하고, 다른 증권사나 당사로부터 본인의 명의로 이체된 주식은 최초 취득의 매수일자를 인정하나, 다른 증권사나 당사로부터 타인 명의로 주식을 이체할 경우에는 최초 취득일이 아닌 입고일을 매수일로 인정하고 있으며, 다른 증권사 및 당사로부터 본인 또는 타인 명의로 주식을 이체할 때 매수단가는 별도로 관리하지 아니하고 입고일의 종가로 자동으로 등록되며, 주권의 실물이 입고될 경우에는 주권의 실제 취득일과 취득단가는 별도로 등록되지 아니한다는 사실, 하나의 주민등록번호로 다수의 증권사의 계좌를 이용할 경우에는 후입선출의 의미가 모호하여 질 수 있고, 타인명의 계좌에서 주식이 출고되어 해당계좌로 입고된 주식(청구인의 경우 OOO 등의 명의로 입고)은 최초 취득시 여러 날로 분할 매수하였어도 당사에서는 주식입고일 현재를 취득일자로 반영하고, 당사 본인계좌로 증권실물이 입고된 경우 입고일이 취득일로 관리되며, 고객으로부터 실지 취득시점을 요구하여 취득시점과 취득단가를 찾아 관리하지 않는다는 취지의 확인내용이 기재되어 있다.

(8) 위와 같은 사실내용과 관련 법령을 종합적으로 살피건대, 일반적으로 주식을 양도한 경우 그 양도차익을 산정함에 있어서는 해당 주식의 양도가액에서 대응하는 취득가액 및 필요경비를 차감하여야 할 것이고, 그 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조(자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 봄)에 따라야 할 것으로 보이는바, 이 건의 경우 거래지점장이 타 증권사 등으로부터 타인 명의로 입고되거나 주식이 실물로 입고된 후 거래되는 경우에는 종전 취득일자가 아닌 현재 입고된 일자로 관리하는 등으로 취득시기나 취득단가가 후입선출방식으로 관리 되지 아니한다는 취지로 확인하고 있는 점, 청구인이 제시한 쟁점주식의 실물 입·출고내역에 의하면 총 거래주식(190여만주) 중 약 63만여주가 실물 등으로 입고된 것으로 나타나고 그 중에는 타인 명의OOO의 주식도 포함되어 있는 것으로 나타나는 점, 동일한 증권계좌를 통하여 거래한 OOO주식회사의 주식의 거래에 대하여 그 취득시기를 확인하기가 어렵고, 후입선출법에 의한 취득시기의 관리가 불가능하며, 회계관행을 인정하기가 곤란하여 그 취득가액을 선입선출법을 적용하여 과세한 점, 처분청이 제시하는 대법원 판례(대법원 2007두2432, 2007.4.13.)의 거래(양도주식수는 약 8만여주)의 사례는 양도주식수가 190여만주인 이 건에 비하여 거래가 단순하게 나타나는 점 등을 고려하면, 쟁점주식의 취득시기가 분명하지 아니한 것으로 보이므로, 청구인이 양도한 쟁점주식의 취득가액을「소득세법 시행령」제165조 제5항에서 규정하고 있는 선입선출법을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2009부2026, 2010.2.4. 외 다수 같은 뜻임).

○ 조심2012서530, 2012.05.31.

4) 조세심판원에서는 주권상장법인 대주주에 대하여 양도소득세 과세시 주식위탁계좌를 통하여 거래된 주식의 취득가액은 양도된 주식의 주권발행번호를 확인할 수 없어 양도한 주식의 취득시기를 특정할 수 없는 경우 주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 선입선출법에 따라야 한다고 일관되게 결정(조심 2011중1165, 2011.12.27. 외 다수)해오고 있는바, 청구인의 기장내역을 부인함과 더불어「조특법 시행령」제11조의2 규정을 무시하고 처분청의 주장과 같이 증권회사의 관리방식을 따른다할지라도, 본 건은 취득시기를 특정할 수 없는 경우에 해당되므로「소득세법 시행령」제162조 제5항에 근거하여 선입선출법을 적용하는 것이 타당하다며, 양도소득세 신고자료, 2000년 간추린 개정세법(재정경제부) 등을 제출하였다. - 중략 -

(다) 이상의 사실관계 및 관련규정을 종합하여 살피건대, 대주주인 청구인은「소득세법」제115조 제1항의 규정에 따라 기장의무가 있으므로 양도소득세 신고시 주식양도소득계산명세서, 그 거래내역 및 관련 증권회사 거래명세서에 거래정보가 나타나는 증빙을 갖추어 신고하였고, 처분청도 그 신고내용을 시인한 것으로 적법한 기장으로 납세자의 기록방식이 증권사의 기록에 우선 적용되어야 할 것이어서 쟁점주식도 청구인이 기왕에 양도한 주식과 관련하여 계속적으로 신고해 온 방식인 선입선출법에 의하여 양도된 것으로 보는 것이 합리적이라고 보이고, 처분청이 제시한 구「조특법」제91조의 규정은 소액주주의 배당소득세 관련 규정으로 이 건과는 무관한 규정으로 보이며, ⁠「조특법」제13조는 법인의 경우뿐만 아니라 개인의 경우에도 원용되는 것이 법 취지에 부합한 것으로 보인다. 또한, 쟁점주식은 증권계좌를 통하여 거래한 것으로 주권발행번호를 확인할 수 없어 그 취득시기를 확인하기가 어려운 점이 있으므로 청구인이 쟁점주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아「소득세법 시행령」제162조 제5항의 규정에 따라 선입선출법에 의하여 양도소득세 신고를 한 것 또한 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2011중1165, 2011.12.27. 외 다수 같은 뜻).

○ 서울고등법원2005누27163, 2006.12.21.

(나) 판단

1) 원고의 이 부분 주장에 대하여, 피고는 이 사건 주식의 취득시기가 분명하지 아니하며, 설령 그 취득시기가 분명하다고 하더라도 취득한 주식과 양도한 주식이 직접 대응되는 것이 아니어서 결국 취득시기가 분명하지 아니한 경우와 마찬가지이므로, 원고가 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보고 선입선출 법에 따라 이루어진 이사건 처분은 법 시행령 제162조 제5항에 따른 적법한 처분이라고 주장한다.

2) 살피건대, 증권거래법 소정의 예탁에 관한 규정들과 유가증권시장 등에서 이루어지는 앞에서 본 바와 같은 주식거래 방식 등을 종합하여 보면, 유가증권시장 등에 상장된 주식의 소유자는 그 주식의 주권 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권에 대한 공유지분권을 소유하고 있다고 보아야 한다. 그리고 주식의 소유자가 유가증권시장 등에서 종목과 수량을 특정하여 주식을 양도하더라도 실제로는 그 양도의 대상이 실물인 주권 그 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권에 대한 공유지분권에 불과하며, 주식에 대한 공유지분권은 특정한 주권 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권 전부에 대하여 그 효력이 미치게 되므로 수회에 걸쳐 취득한 주식의 일부를 양도한 경우 그 주식을 주권 자체로 특정 하는 것은 공유지분권의 양도라는 성질에 비추어 본질적으로 불가능하다고 할 것이다.

또한 일반적으로 주식거래에 당자사들 사이에서는 주식이 계좌부 상으로만 입ㆍ출고되어 그 주식의 종목 및 수량만이 중요한 의미를 가질 뿐이므로, 그 주식(즉 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권에 대한 공유지분권)의 취득 일자를 특정하여야 할 아무런 실익이 없으며, 실제 양도되는 주식을 취득일자 별로 특정하여 거래가 이루어지지도 아니하였던 것으로 보인다. 그러나 주식 양도의 성질이 증권예탁원에 예탁된 주권에 대한 공유지분권의 양도이어서 양도되는 주식을 주권 자체로 특정할 수는 없다고 하더라도 양도되는 공유지분권을 취득일자에 따라 특정하는 것이 기술적으로 반드시 불가능하다고 볼 수는 없다.

그런데 구 조감법 제81조의3의 시행으로 장기보유 주식에 대한 배당소득에 대하여 과세상의 혜택을 부여하게 된 1998. 1. 1.부터는 주식소유자가 소유한 주식이 장기보유 주식인지 여부를 구분하여야 할 필요성이 있었으므로 그 주식의 취득일자를 따로 관리하여야 하였고, 양도되는 주식 역시 취득일자에 따라 특정하지 않을 수 없게 되었다. 또한 구 조감법 시행령 제80조 제7항 역시 후입선출법에 따라 주식양도가 이루어짐을 전제로 장기보유 주식 여부를 판단하도록 하고 있다.

한편, 구 조감법 시행령이 장기보유한 주식수를 계산함에 있어 후입선출 법에 의하도록 규정하고 있다고 하여 반드시 소득세법상 주식의 양도의 경우에도 그와 같은 방식이 적용된다고는 불 수 없으나, 앞에서 본 바와 같이 증권회사들이 구 조감법 및 구 조감법 시행령의 입법취지와 고객의 이익을 고려하여 1998. 1. 1. 이후 현재까지 고객의 계좌에 남아 있는 잔고 주식을 취득일자 별로 분류하고 있고 그 중 일부가 양도되는 경우 후입선출법에 따라 나중에 취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 관리하여 오고 있는 점, 그와 같은 관리방식이 원고가 거래하던 ○○증권 및 ○○증권뿐만 아니라 모든 증권회사에서의 일반적인 회계원칙과 관행으로 자리 잡게 되었고, 이와 같은 증권회사들의 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식이 구 조감법 시행령 제80조 제7항의 입법취지 및 고객의 이익 등에 비추어 공정ㆍ타당한 것으로 보이는 점, 또한 수회에 걸쳐 취득한 같은 종목의 주식 중 일부를 양도한 경우라도 양도된 주식을 그 취득일자 별로 특정할 수 있는 점 등을 종합하여 보면 과세관청인 피고로서는 국세기본법 제20조 규정의 취지에 따라 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 존중하여야 할 것이다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2006두2725 판결 취지 참조).

3) 따라서 이 사건 주식의 취득시기가 분명하지 아니하다는 이유로, 피고가 법 시행령 제162조 제5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도하였다는 전제 하에 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 원고의 위 주장은 이유 있다.

○ 대법원2007두2432, 2007.04.13.

[ 요 지 ]

주식을 관리하는 증권회사의 관행상 1998. 1. 1.부터는 주식의 취득일자를 관리하였고, 주주의 배당소득을 위하여 후입선출법에 의한 거래를 하였음이 인정되므로 주식의 양도소득 계산시 후입선출법에 의한 과세가 정당함.

출처 : 국세청 2014. 07. 29. 부동산납세과-535 | 국세법령정보시스템