요지
오염토양을 복구할 의무가 있는 사업자가 이를 이행하지 아니하여 정부가 이를 대행함으로써 그 사업비를 분담하는 경우 공동매입규정을 적용하여 세금계산서를 발급받을 수 있음
답변내용
「토양환경보전법」에 따른 오염토양 개선사업을 환경부가 한국환경공단에 위탁하여 시행하면서 한국환경공단이 시공사에 도급을 주어 오염토양 개선공사를 수행하게 하고 세금계산서를 발급받은 경우로서 해당 토양오염 원인자인 국가와 신청인이 해당 오염토양 개선사업비를 각각 부담하기로 사전협약한 경우, 한국환경공단은 「부가가치세법시행령」제69조에 따라 사업비 부담자에게 사업분담금에 상응하는 세금계산서를 발급할 수 있는 것임
○ A사, B사(A사의 특수관계자)(이하 “관련기업”이라 한다)는 과거 충남 서천군에서 국가에서 35년간 운영하던 제련소를 인수하여 18년간 운영하였음
○ 2007년 지역주민들의 토양오염 등 환경피해를 주장함에 따라 정부 주도하에 토지오염지역의 토양정밀조사 및 오염개선 종합대책을 확정함
○ 2012.5월 제련소 주변 제3자가 대부분 보유하고 있는 토지(비매입구역, 제련소 반역 1.5∼4㎢)의 토양정화사업추진을 위하여 환경부와 한국환경공단간 토양정화사업 대행계약을 체결함
○ 2012.8월 환경부, 지식경제부, 충청남도 및 서천군(이하 “관계기관”이라 한다)과 관련기업은 사업비 분담비율 결정을 위한 협약서를 작성하였고 그 주요내용은 아래와 같음
- 오염토양 정화비는 토양오염기여율에 따라 관련기관이 72.5%, 관련기업 27.5%의 비율로 부담하고 오염토양 정화사업수행자는 한국환경공단으로 지정
- 관계기관은 환경부가 그 부처 내 예산편성의 특성상 특정목적사업을 위해 사기업으로부터 분담금을 직접 수취할 수 없으므로 사업비 분담액을 환경부를 거치지 아니하고 한국환경공단에 직접 납부(납부방법 및 시기는 양자간 협의)
- 한국환경공단은 2012.10월 중 본격적인 사업추진을 위하여 비매입구역을 3개 공구로 구분하고 각 공구별로 국내 건설사 컨소시엄과 공사계약을 체결함
2. 질의내용
○ 위 토양환경정화사업과 관련하여 관계기관은 협약서에 따라 한국환경공단에 사업비를 납부할 예정인 바, 한국환경공단의 정화사업수행과 관련하여 공사비에 대한 세금계산서 발급방법
3. 관련법령 및 관련사례
○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】
① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
④ 제2항에도 불구하고 「전기사업법」 제2조제2호에 따른 전기사업자가 산업용 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 전자세금계산서임을 적은 계산서를 발급하고 전자세금계산서 파일을 국세청장에게 전송할 수 있다. 이 경우 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 제3항에 따른 발급명세를 전송한 것으로 본다.
⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.
○ 부가가치세법 시행령 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】
① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.
② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.
⑤ 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개의 경우에는 제1항과 제2항을 준용한다.
⑥ 「조달사업에 관한 법률」에 따라 물자가 공급되는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자 또는 세관장이 해당 실수요자에게 직접 세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 물자를 조달할 때에 그 물자의 실수요자를 알 수 없는 경우에는 조달청장에게 세금계산서를 발급하고, 조달청장이 실제로 실수요자에게 그 물자를 인도할 때에는 그 실수요자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.
⑦ 「한국가스공사법」에 따른 한국가스공사가 기획재정부령으로 정하는 가스도입판매사업자를 위하여 천연가스(액화한 것을 포함한다)를 직접 수입하는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 세관장이 해당 가스도입판매사업자에게 직접 세금계산서를 발급할 수 있다.
⑪ 「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자가 다른 전기통신사업자의 이용자(「전기통신사업법」 제2조제1항제9호에 따른 이용자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 전기통신역무를 제공하고 그 대가의 징수를 다른 전기통신사업자에게 대행하게 하는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 해당 전기통신역무를 제공한 사업자가 다른 전기통신사업자에게 세금계산서를 발급하고, 다른 전기통신사업자가 이용자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.
⑫ 「전기사업법」에 따른 발전사업자가 전력시장을 통하여 같은 법에 따른 전기판매사업자 또는 전기사용자에게 전력을 공급하고 그 대가를 같은 법에 따른 한국전력거래소를 통하여 받는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 그 발전사업자가 한국전력거래소에 세금계산서를 발급하고 한국전력거래소가 그 전기판매사업자 또는 전기사용자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.
⑬ 「방송법 시행령」 제1조의2제4호 및 제5호에 따른 위성이동멀티미디어방송사업자 및 일반위성방송사업자가 「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자의 이용자에게 각각 위성이동멀티미디어방송용역 또는 일반위성방송용역을 제공하고 그 대가의 징수를 전기통신사업자에게 대행하게 하는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 위성이동멀티미디어방송사업자 및 일반위성방송사업자는 전기통신사업자에게 세금계산서를 발급하고, 전기통신사업자가 이용자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.
⑭ 「전기사업법」에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.
⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 「도시가스사업법」에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다.
○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5, 제9호, 제9호의3 및 제12호는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제9호의2 및 제11호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】
⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
47. 「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단
⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.
1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업
2. 「부가가치세법 시행령」 제3조제2항에 규정된 사업
3. 부동산임대업
4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업
5. 수상오락서비스업
6. 유원지ㆍ테마파크운영업
7. 주차장운영업 및 자동차견인업
○ 부가가치세법 기본통칙 1-0-2 【손해배상금 등】
① 각종 원인에 의하여 사업자가 받는 다음 각 호에 예시하는 손해배상금 등은 과세대상이 되지 아니한다.
1. 소유재화의 파손ㆍ훼손ㆍ도난 등으로 인하여 가해자로부터 받는 손해배상금
2. 도급공사 및 납품계약서상 그 기일의 지연으로 인하여 발주자가 받는 지체상금
3. 공급받을 자의 해약으로 인하여 공급할 자가 재화 또는 용역의 공급없이 받는 위약금 또는 이와 유사한 손해배상금
4. 대여한 재화의 망실에 대하여 받는 변상금
○ 토양환경보전법 제19조【오염토양 개선사업】
① 특별자치도지사·시장·군수·구청장은 제18조제2항제1호에 따른 오염토양 개선사업의 전부 또는 일부의 실시를 그 오염원인자에게 명할 수 있다. 이 경우 특별자치도지사·시장·군수·구청장은 토양보전을 위하여 필요하다고 인정하면 환경부령으로 정하는 토양관련전문기관으로 하여금 오염토양 개선사업을 지도·감독하게 할 수 있다.
② 제1항에 따라 오염원인자가 오염토양 개선사업을 하려는 경우에는 환경부령으로 정하는 바에 따라 오염토양 개선사업계획을 작성하여 특별자치도지사·시장·군수·구청장의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항 중 환경부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.
③ 제1항의 경우에 그 오염원인자가 존재하지 아니하거나 오염원인자에 의한 오염토양 개선사업의 실시가 곤란하다고 인정할 때에는 특별자치도지사·시장·군수·구청장이 그 오염토양 개선사업을 할 수 있다.
④ 제3항의 경우에 해당 대책지역이 둘 이상의 시·군·구에 걸쳐 있을 때에는 대통령령으로 정하는 시장·군수·구청장이 해당 오염토양 개선사업을 하여야 한다.
⑤ 제3항 또는 제4항에 따라 특별자치도지사·시장·군수·구청장이 오염토양 개선사업을 하는 경우로서 기술 부족, 사업비 과다 등의 사유로 그 실시가 곤란한 경우에는 특별자치도지사·시장·군수·구청장의 요청에 따라 환경부장관 또는 시·도지사는 그 사업에 대하여 기술적·재정적 지원을 할 수 있다.
○ 토양환경보전법 제24조【대집행】
특별자치도지사·시장·군수·구청장은 제13조제1항에 따라 토양오염검사를 받아야 하는 자나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 명령을 받은 자가 토양오염검사를 받지 아니하거나 그 명령을 이행하지 아니하는 경우에는 「행정대집행법」에서 정하는 바에 따라 대집행(代執行)을 하고 그 비용을 명령위반자로부터 징수할 수 있다.
1. 제11조제3항 및 제14조제1항에 따른 명령
2. 제15조제1항에 따른 토양정밀조사명령
3. 제15조제3항에 따른 명령
4. 제19조제1항에 따른 오염토양 개선사업 실시명령
5. 제21조제3항에 따른 토양오염물질의 제거 또는 시설 철거 등의 명령
출처 :
국세청 2014. 03. 13. 법규부가2014-36 | 국세법령정보시스템
