요지
주관기관과 참여기관이 전문기관과 기술개발협약을 체결한 후 정부출연금을 지원받아 기술개발 연구과제를 수행하는 경우 재화 또는 용역의 대가관계가 없는 정부출연금은「부가가치세법 시행령」제81조의 비과세사업의 수입금액에 해당하지 않는 것이며, 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 부담한 매입세액은매출세액에서 공제할 수 있는 것임.
답변내용
주관기관과 참여기관(이하 “사업자”라 한다)이 정부 또는 정부의 위임을 받은 전문기관과 관계 법령에 따라 기술개발협약을 체결한 후 정부출연금을 지원받아 특정한 기술개발 연구과제를 수행하는 경우 재화 또는 용역의 대가관계가 없는 정부출연금은「부가가치세법 시행령」제81조의 비과세사업의 수입금액에 해당하지 않는 것이며, 또한 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 연구 기자재 등을 구입하면서 부담한 매입세액은「부가가치세법」제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것임.
1. 사실관계
○ (주)□□(이하“참여기관”이라함)은 광학소재를 제조․판매를 주업으로 하는 과세사업자로서 참여기관의 기술력 및 노하우를 이용하여 전담기관과 협약하여 “산연기술개발사업 협약서” 및 “광역경제권 선도사업 육성사업(기술개발)협약서”를 체결함
○ 산연기술개발사업 협약서
- 주관기관(0000기술연구원)과 참여기관은 총사업비 640백만원 중 정부출연금 480백만원을 지급받아 사업협약에 따른 기술개발사업비를 연구과제 수행에 지출함
- 연구과제에 따른 재화와 용역에 대해서는 참여기관이 매입세금계산서를 수취함
○ 광역경제권 선도사업 육성사업(기술개발) 협약서
- 주관기관인((주)**)과 참여기관은 총사업비 1,439백만원 중 정부출연금 1,070백만원을 지급받아 사업협약에 따른 약정된 기술개발사업비를 연구과제에 지출하고,
- 소요되는 재화와 용역에 대해서 참여기관이 매입세금계산서를 수취함
○ 연구결과물 귀속에 관한 협약내용
- 기술개발사업의 수행결과로 발생하는 지식재산권 등의 결과물은 원칙적으로 주관기관의 소유이나 별도의 협의에 따라 공동소유하거나 참여기업이 소유할 수 있음
2. 질의내용
○ 참여기관과 주관기관은「중소기업기술혁신촉진법」및「산업기술혁신촉진법」에 따른 정부 출연금을 지급받아 기술개발 연구과제를 공동수행하여 생산한 결과물(지적재산권 등)을 협의에 따라 공동소유 하기로 함
① 참여기관이 지급받는 정부출연금이「부가가치세법 시행령」제81조의 비과세사업의 수입금액에 해당하는지 여부
② 참여기관이 연구과제를 수행하면서 정부출연금으로 취득한 재화와 용역에 대한 매입세액공제 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】
⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다
4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금
○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령이 정하는 토지에 관련된 매입세액
○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】
① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(겸영)하는 경우로서 실지귀속(실지귀속)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다
출처 :
국세청 2014. 04. 14. 법규부가2014-102 | 국세법령정보시스템
