중소기업 판정 전 매출액 의제매입세액공제와 관계기업 한도 계산

요지

법인사업자의 중소기업여부가 확정되기 전의 과세기간 경우 연간매출액으로 환산한 매출액을 기준으로 중소기업여부를 판단하여 공제율을 적용하는 것이며, 연간매출액이 확정되는 과세기간에 정산하는 것임

답변내용

제조업을 영위하는 사업자가 물적분할하면서 분할신설법인에게 분할 전에 구입한 면세농산물 등을 승계하고 해당 사업자(분할존속법인)와 분할신설법인(이하 ⁠“관계기업”이라 한다)이 중소기업기본법 시행령 제2조제3호에 따른 관계기업에 해당하는 경우로서 면세농산물 등을 구입한 과세기간에 조세특례제한법 시행령 제2조제1항에 따라 중소기업으로 보는 매출액 범위에 해당하는지가 확정되지 아니한 경우에는 면세농산물 구입일이 속하는 과세기간에는 해당 사업연도 개시일부터 과세기간(또는 예정신고기간) 종료일까지 관계기업의 매출액 합계액을 연간 매출액으로 환산하여 중소기업 해당여부를 판정한 후 부가가치세법 시행령 제84조제1항을 적용하여 의제매입세액 공제액을 계산하고, 중소기업 해당여부가 확정된 과세기간에 해당 과세기간과 직전 과세기간의 의제매입세액을 정산하는 것임. 또한,「부가가치세법 시행령」제84조제1항 단서의 규정을 적용할 때 각 관계기업이 면세농산물등과 관련하여 해당 과세기간에 공급한 과세표준을 기준으로 한도액을 계산하는 것임

 ○ ⁠(주)☆☆☆(이하 ⁠“신청인”이라 함)는 제조업을 영위하는 사업자로서 ’14.3.31. 물적분할을 함(신청인이 분할신설법인의 주식을 100%소유함)

○ 분할 전 신청인과 분할 후 분할존속법인과 분할신설법인의 매출액 규모는 다음과 같음

 ○ 2014년 분할존속법인과 분할신설법인(이상 ⁠“관계기업”이라 함) 합산 매출액이 1,000억원 미만일 경우 조특법상 요건이 충족되어 중소기업에 해당하나, 관계기업간 합산 매출액이 1,000억원 이상인 경우에는 요건 미충족으로인해 중소기업에 해당하지 아니하는데

  - ’14사업연도 관계기업간 실제 합산 매출액은 ’14.12월에 결정됨

2. 질의내용

○ ⁠(질의1) 조특령 §2에 따른 중소기업여부를 판단하는 매출액이 확정되기 전의 과세기간에 대한 의제매입세액 공제율 적용방법

 ○ ⁠(질의2) 분할존속법인과 분할신설법인의 의제매입세액공제 한도액 계산방법

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제42조【면세농산물 등 의제매입세액 공제특례】

  ① 사업자가 제26조제1항제1호 또는 제27조제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.

  ② 제1항은 사업자가 제48조 및 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제84조【의제매입세액 계산】

  ① 법 제42조제1항에 따라 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(제34조제1항에 따른 1차 가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함하며, 이하 "면세농산물등"이라 한다)의 가액에 다음 표의 구분에 따른 율(이하 이 항에서 "공제율"이라 한다)을 곱한 금액으로 한다. 다만, 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준(이하 이 항에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 30(개인사업자에 대해서는 과세표준이 2억원 이하인 경우에는 100분의 50, 과세표준이 2억원 초과인 경우에는 100분의 40)을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도로 한다.

  ② 제1항에 따라 매입세액으로서 공제한 면세농산물등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업, 그 밖의 목적에 사용하거나 소비할 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다.

 ○조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

  ①「조세특례제한법」제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), ⁠(중략) 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

   1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 1의 규정에 의한 규모기준 이내일 것

   2. 삭제

   3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

 ○조세특례제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】

  ④ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

○중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

  ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

   2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

    가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사

    나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조제2항을 준용한다.

     1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

     2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

    다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

○중소기업기본법 시행령 제2조【정의】

  이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   3. "관계기업"이란「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

 ○중소기업기본법 시행령 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】

  ① 관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제15항에 따른 주권상장법인으로서「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

○중소기업기본법 시행령 제7조의4【관계기업의 평균매출액등의 산정】

  ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 평균매출액등의 산정은 별표 2에 따른다. 이 경우 평균매출액등은 제7조에 따라 산정한 지배기업과 종속기업 각각의 평균매출액등을 말한다.

출처 : 국세청 2014. 08. 07. 법규부가2014-228 | 국세법령정보시스템