기부채납과 국공유지 무상귀속이 후발적 경정청구 사유인지

요지

과세관청이 신규국도 A호선을 기부채납하고 국공유지를 무상귀속 받는 행위를 재화의 교환 거래로 보아 부가가치세 과세대상으로 보고, 신규 국도 A호선의 건설을 위한 매입세액은 공제 가능한 것으로 경정한 것은「 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하는 것임

회신

과세관청이 신규국도 A호선을 기부채납하고 국공유지를 무상귀속 받는 행위를 재화의 교환 거래로 보아 부가가치세 과세대상으로 보고, 신규 국도 A호선의 건설을 위한 매입세액은 공제 가능한 것으로 경정한 것은「국세기본법」 제45조의2제2항에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 신청법인은 2006년부터 현재까지 ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하, ⁠“산입법”이라고 함)에 따라 일반산업단지 개발사업(이하, ⁠“본건 개발사업”이라고 함)을 시행하고 있음

 ○ 산입법상 본건 개발사업에 대한 실시계획 승인권자인 OO남도는 실시계획 승인 당시 산업단지 지정지역 내에 설치되어 있던 국토교통부 소유 국도A호선(이하 ⁠“기존 국도 A호선”이라고 함)을 산업단지 외 지역으로 신설·연장할 것과

  - 산업단지 내 공원·녹지·배수로 등 공공시설을 조성할 것을 조건으로 실시계획을 승인하였고, 이를 고시하였음

 ○ 신청법인은 이에 따라 기존 국도 A호선을 폐쇄하고, 산업단지 외 지역에 이를 대체할 새로운 국도A호선(이하 ⁠“신규 국도 A호선”이라고 함)을 신설·연장하는 공사(이하 ⁠“본건 공사”라고 함)를 2006년에 착공하여 2013년 9월에 준공하였음

 ○ 신청법인은 인허가조건의 기부채납자산 건설비용 중 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출 등과 관련된 매입세액이 있는 경우 이는 토지관련 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니한다는 해석(재부가-534, 2007.7.13. ; 서면3팀-2136, 2007.7.30. 등)에 따라

   - 본건 공사와 관련된 매입세액 전액을 불공제 처리하고 부가가치세를 신고 납부하였음

○ 조사청은 2014년 신청법인에 대한 법인통합조사에서 본건 공사에 따라 신청법인이 신규 국도 A호선을 건설하여 국가에 무상귀속시키고,

   - 산업단지 지정지역 내에 기존 국도38호선이 위치한 국공유지를 무상귀속 받은 행위는 재화의 교환 거래에 해당하는 것으로 보아 부가가치세 과세대상임

   - 따라서 신규 국도 A호선의 건설을 위하여 매입한 재화나 용역의 대가지급시 함께 지급한 매입세액(이하 ⁠“관련 매입세액”이라고 함)은 공제 가능하다고 판단함

2. 질의내용

  과세처분의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

  ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

   1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

   2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

  ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

   1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

   2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

  3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

   4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

   5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

  ③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

 ○ 국세기본법 시행령 제25조의 2【후발적 사유】

   법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

   2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

   3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

   4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

 ○ 국세기본법 제26조의 2 【국세 부과의 제척기간】

  ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

   1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(포탈)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

   1의2. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

    가. 「소득세법」 제81조제3항제4호

    나. 「법인세법」 제76조제9항제1호

    다. 「부가가치세법」 제22조제3항 및 제6항

   2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

   3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

   4. 상속세ㆍ증여세는 제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

    가. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 상속세ㆍ증여세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우

    나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우

    다. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다)

   5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 「소득세법」 제45조제3항, 「법인세법」 제13조제1호, 제76조의13제1항제1호 또는 제91조제1항제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간

  ② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

   1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, ⁠「감사원법」에 따른 심사청구 또는 ⁠「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

   2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우

   3. 제45조의2제2항 또는「국제조세조정에 관한 법률」제19조제4항에 따른 경정청구가 있는 경우

출처 : 국세청 2014. 12. 10. 서면법규과-1302 | 국세법령정보시스템