요지
직매장반출이 있는 사업자에 대한 의제매입세액공제 한도액 계산 시 과세표준에는 직매장반출분의 실제 판매가액을 포함하는 것임
답변내용
「부가가치세법」제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 부가가치세 면세 원재료를 자기의 제조장(이하 “제조장”이라 한다)에서 과세재화인 배합사료를 생산하여 일부를 타인에게 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장(이하 “직매장등”이라 한다)으로 반출하는 경우 제조장에서 같은 법 제42조에 따른 의제매입세액을 공제받을 수 있는 것이며, 이 경우 제조장의 같은 법 시행령 제84조 제1항에 따른 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 제조장에서 직접·제조하여 판매한 배합사료의 공급가액과 직매장등으로 반출되어 판매된 배합사료의 공급가액을 합산하여 계산하는 것이 원칙입니다. 다만, 각 사업장의 부가가치세 과세표준에서 직매장등 반입·반출 배합사료의 공급가액을 확인할 수 없는 때에는 각 사업장의 과세표준을 합리적인 비율(자기생산 판매분, 반입·반출분의 제조원가 또는 시가가 과세표준에서 차지하는 비율 등)로 안분하여 제조장 생산분의 공급가액을 합산하는 것입니다.
이 때 부가가치세 확정신고를 하는 때에는 해당 과세기간의 배합사료의 최종 공급가액으로 재계산하여야 하는 것이며, 의제매입세액 공제시기는 면세농산물등을 과세재화의 제조ㆍ가공 또는 과세용역의 창출에 사용하거나 사용할 수 있는 때가 속하는 예정신고 및 확정신고 시에 의제매입세액으로 공제하는 것임
○ 신청인은 면세농산물인 옥수수 등을 원료로 하여 동물용 배합사료를 제조·판매하는 법인으로
- 면세농산물등을 구입하여 배합사료인 과세제품을 제조·판매함에 따라 의제매입세액공제를 받고 있음
○ 당사는 수 개의 제조장과 판매장(직매장)을 가지고 있는 총괄납부사업자로서 제조장에서 생산한 배합사료의 일부를 판매목적으로 다른 제조장 또는 판매장에 반출하여
- 해당 사료를 인도받은 제조장 또는 판매장에서는 다른 사업자 또는 농민등에게 이를 판매함
2. 질의내용
○ 총괄납부사업자가 자기의 제조장에서 생산한 사료를 다른 사업장에 직매장으로 반출하여 다른 사업자에게 판매가 이루어진 경우 의제매입세액 공제한도를 적용함에 있어 직매장 반출분을 부가가치세 과세표준에 포함할 수 있는지 여부
○ 월별조기환급신고 시 의제매입세액공제를 적용받을 수 있는지 여부
3. 관련법령 및 관련사례
○ 부가가치세법 제42조 【면세농산물등의제매입세액 공제특례】
① 사업자가 제26조제1항제1호 또는 제27조제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.
② 제1항은 사업자가 제48조 및 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다.
○ 부가가치세법 시행령 제84조 【의제매입세액 계산】
① 법 제42조제1항에 따라 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(제34조제1항에 따른 1차 가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함하며, 이하 "면세농산물등"이라 한다)의 가액에 다음 표의 구분에 따른 율(이하 이 항에서 "공제율"이라 한다)을 곱한 금액으로 한다. 다만, 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준(이하 이 항에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 30(개인사업자에 대해서는 과세표준이 2억원 이하인 경우에는 100분의 50, 과세표준이 2억원 초과인 경우에는 100분의 40)을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도로 한다.
② 제1항에 따라 매입세액으로서 공제한 면세농산물등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업, 그 밖의 목적에 사용하거나 소비할 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다.
③ 법 제42조제1항에 따라 매입세액을 공제받으려는 사업자는 기획재정부령으로 정하는 의제매입세액 공제신고서와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 제조업을 경영하는 사업자가 농어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 제출한다.
1. 「소득세법」 제163조 또는 「법인세법」 제121조에 따른 매입처별 계산서합계표
2. 기획재정부령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서
④ 제3항 단서에 따른 농어민은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 농업 중 작물 재배업, 축산업, 작물재배 및 축산 복합농업에 종사하거나 어업 및 소금 채취업에 종사하는 개인을 말한다.
⑤ 제3항에 따른 매입세액의 공제에 관하여는 제74조와 제75조를 준용한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 의제매입세액의 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
○ 부가가치세법 제48조 【예정신고와 납부】
① 사업자는 각 과세기간 중 다음 표에 따른 기간(이하 "예정신고기간"이라 한다)이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하거나 시작하려는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업 개시일(제8조제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청일을 말한다)부터 그 날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다.
② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 "예정신고"라 한다)를 할 때 그 예정신고기간의 납부세액을 부가가치세 예정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의 경우에는 주된 사업장의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 「국세징수법」에 따른 납부서를 작성하여 한국은행(그 대리점을 포함한다) 또는 체신관서(이하 "한국은행등"이라 한다)에 납부하여야 한다.
③ 납세지 관할 세무서장은 제1항 및 제2항에도 불구하고 개인사업자에 대하여는 각 예정신고기간마다 직전(直前) 과세기간에 대한 납부세액(제46조제1항, 제47조제1항 또는 「조세특례제한법」 제104조의8제2항, 제106조의7제1항 및 제106조의8제1항에 따라 납부세액에서 공제하거나 경감한 세액이 있는 경우에는 그 세액을 뺀 금액으로 하고, 제57조에 따른 결정 또는 경정과 「국세기본법」 제45조 및 제45조의2에 따른 수정신고 및 경정청구에 따른 결정이 있는 경우에는 그 내용이 반영된 금액으로 한다)에 50퍼센트를 곱한 금액(1천원 미만의 단수가 있을 때에는 그 단수금액은 버린다)을 결정하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 예정신고기간이 끝난 후 25일까지 징수한다. 다만, 징수하여야 할 금액이 20만원 미만이거나 간이과세자에서 해당 과세기간 개시일 현재 일반과세자로 변경된 경우에는 징수하지 아니한다.
④ 제3항에도 불구하고 휴업 또는 사업 부진으로 인하여 사업실적이 악화된 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 개인사업자는 제1항에 따라 예정신고를 하고 제2항에 따라 예정신고기간의 납부세액을 납부할 수 있다. 이 경우 제3항 본문에 따른 결정은 없었던 것으로 본다.
○ 부가가치세법 제49조 【확정신고와 납부】
① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.
② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 "확정신고"라 한다)를 할 때 다음 각 호의 금액을 확정신고 시의 납부세액에서 빼고 부가가치세 확정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의 경우에는 주된 사업장 소재지의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 「국세징수법」에 따른 납부서를 작성하여 한국은행등에 납부하여야 한다.
1. 제59조제2항에 따라 조기 환급을 받을 환급세액 중 환급되지 아니한 세액
2. 제48조제3항 본문에 따라 징수되는 금액
출처 :
국세청 2014. 03. 25. 법규부가2014-90 | 국세법령정보시스템
