장기임대주택 보유 시 1세대1주택 비과세 특례 적용 범위

요지

거주주택과 장기임대주택 외 다른 주택을 보유하다 거주주택을 양도하는 경우 거주주택 비과세 특례가 적용되지 않으나, 일시적 2주택 비과세 특례는 적용받을 수 있으며, 거주주택 비과세 특례는 1회에 한정하지 않음 거주주택을 모두 양도하고 1채의 장기임대주택을 양도하는 경우 마지막 양도한 거주주택의 양도일 이후 양도소득금액에 대해서만 비과세 특례를 적용함

회신

1.「소득세법 시행령」제155조 제19항을 적용함에 있어 거주주택의 거주기간은 보유기간 중 거주기간을 통산하는 것입니다.(다만, 직전거주주택보유주택의 경우에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택사업자로 등록한 날 이후의 거주기간으로 계산함)
2. 이때, 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간에 따르는 것이나, 실제 거주한 기간이 주민등록표와 다른 경우에는 실제 거주한 기간에 따르는 것이며, 실제 거주여부는 사실 판단할 사항입니다.
3. 거주자가 A․B․C주택을 보유하고 A․C주택이 각각「소득세법 시행령」제155조 제19항 각 호에 따른 거주주택(이하 ⁠“A주택”이라 함)과 장기임대주택(이하 ⁠“C주택”이라 함)에 해당하는 경우로서 A주택을 양도하는 경우 같은 항에 따른 거주주택 비과세 특례가 적용되지 않는 것이나, A주택을 양도하기 전에 B주택을 취득하여 같은 조 제1항의 요건을 갖춘 경우 일시적 2주택에 따른 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다.
4. C주택을 보유한 상태에서 A주택을 양도한 경우 B주택(A주택과 B주택 모두 양도하고 다른 주택(이하 ⁠“D주택”이라 함)을 취득한 경우에는 D주택)이 같은 조 제19항 각 호에 따른 거주주택 요건을 갖춘 경우로서 B주택(D주택)을 양도하는 경우 같은 항에 따른 거주주택 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다.
5. 거주주택인 A․B(D)주택을 모두 양도하고 같은 조 제20항의 임대기간요건을 충족한 C주택 1채만을 보유하다가 양도하는 경우 같은 조 제19항을 적용받은 거주주택 중 가장 마지막에 양도한 거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 1세대1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 것이며, C주택의 양도에 따른 양도소득금액 및 장기보유특별공제액은 같은 령 제161조 제1항, 제4항에 따라 계산하는 것입니다.

1. 사실관계

○ A주택 : 2005.11.30. 취득(취득가액 230백만원, 48평), 2005.11.30.～ 2007.12.09. 거주하다 현재까지 임대중(임대사업자등록 하지 않음)

○ B주택 : 2012.11.30. 취득(취득가액 147백만원, 25평), 2012.12.1.～ 현재까지 거주 중임

○ C주택 : 2014.8.14. 분양권 전매로 취득하여 2014.12.26. 잔금청산하고 임대예정(임대사업자등록하여 5년 임대예정)

2. 질의내용

○ 거주자가 A주택을 취득하여 2년 이상 거주하다 임대를 주고 B주택을 취득하여 거주기간이 2년 이상 경과한 이후 C주택(분양권을 전매로 취득하여 신축)을 취득하여 C주택에 대하여 매입임대사업자로 등록할 예정인 경우

 - ⁠(질의1) A주택을 양도하여 A주택이 소득세법 시행령 제155조 제19항의 거주주택인지 판정할 때 C주택의 매입임대사업자 등록 이전에 거주한 기간을 거주기간으로 인정받을 수 있는 지 여부

 - ⁠(질의2) A주택의 거주기간 판정기준일

 - ⁠(질의3) 거주주택(A주택), 장기임대주택(C주택), 그 외의 주택(B주택)을 보유하다 A주택을 양도한 경우 거주주택 비과세 특례 적용 여부 및 일시적 2주택 특례 적용여부

 - ⁠(질의4) 장기임대주택을 보유한 경우 거주주택 비과세 특례 적용의 횟수 제한이 있는 지 여부

 - ⁠(질의5) 직전거주주택이 있는 5년 이상 임대한 장기임대주택인 C주택을 양도하는 경우 비과세 범위

3. 관련 법령

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

 1. ⁠「임대주택법」에 따른 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

  가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

  나. ⁠「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

  다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

 3. 1년이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.

⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

 1. ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있을 것

 2. 해당 주택의 보유기간 중에 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택이 있었을 것

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

①～ : 생 략

제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

 1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택사업자로 등록한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

 2. 장기임대주택 : 양도일 현재 장기임대주택을 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

> 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제19항을 적용한다. 2011.10.14>

1세대가 제20항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다. 2012.2.2, 2013.2.15>

 1. 납부할 양도소득세 계산식

　 거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제19항을 적용받아 납부한 세액

 2. 임대기간요건 산정특례

  가. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다.

  나. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다) 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다)의 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

제19항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 1. ⁠「임대주택법 시행령」 제8조제2항에 따른 임대사업자 등록증

 2. 장기임대주택의 임대차계약서 사본

 3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본

 4. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류

제22항에 따라 신고서를 제출받은 납세지 관할 세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 제1호의 서류 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 제출하도록 하여야 한다.

 1. 주민등록표 등ㆍ초본

 2. 거주주택의 토지ㆍ건축물대장 및 토지ㆍ건물 등기부 등본

 3. 장기임대주택의 등기부등본 또는 토지ㆍ건축물대장 등본

○ 소득세법 시행령 제161조 【직전거주주택보유주택 등에 대한 양도소득금액 등의 계산】

① 제154조 제10항에 따른 1세대1주택 및 제155조 제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택(이하 이 조에서 "직전거주주택보유주택등"이라 한다)의 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ⁠(2011.10.14. 신설)

② 제1항에도 불구하고 직전거주주택보유주택등이 제156조 제1항에 따른 고가주택인 경우 해당 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다. ⁠(2013.2.15. 개정)

 1. 직전거주주택 양도일 이전 보유기간분 양도소득금액

 2. 직전거주주택 양도일 이후 보유기간분 양도소득금액

③ 제1항 및 제2항에 따라 계산한 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액이 법 제95조 제1항에 따른 양도소득금액을 초과하는 경우에는 각각 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다. ⁠(2013.2.15. 개정)

④ 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조 제2항 표 1을 적용하고, 제2항 제2호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조 제2항 표 2를 적용한다. ⁠(2013.2.15. 신설)

○ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

  가. ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

  나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 ⁠「주택법」제2조제3호에 따른 국민주택규모에 해당하는 ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

  다. ⁠「임대주택법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다.

  라. ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택[미분양주택(「주택법」 제38조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장ㆍ군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

    1) 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것

    2) 5년 이상 임대하는 것일 것

    3) 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것

    4) 수도권 밖의 지역에 소재할 것

    5) 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시ㆍ군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시ㆍ군에 있는 경우에 한정한다)}

○ 소득세법 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

② ⁠「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 ⁠「부가가치세법」 제8조를 준용한다.

⑤ 사업장 소재지나 법인으로 보는 단체 외의 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체의 소재지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 고유번호를 매길 수 있다.

1. 종합소득이 있는 자로서 사업자가 아닌 자

2. ⁠「비영리민간단체 지원법」에 따라 등록된 단체 등 과세자료의 효율적 처리 및 소득공제 사후 검증 등을 위하여 필요하다고 인정되는 자

○ 임대주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 주택 ⁠[「주택법」 제2조제1호의2에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 오피스텔(이하 "오피스텔"이라 한다)을 포함한다]을 말한다.

○ 임대주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

① 대통령령으로 정하는 호수(호수) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 임대주택법 시행령 제7조 【임대사업자의 범위 및 등록 기준 등】

① 법 제6조제1항에서 "대통령령으로 정하는 호수"란 다음 각 호의 구분에 따른 호수(호수) 또는 세대를 말한다.

 1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

 2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 1호, 공동주택은 1세대

② 법 제6조제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같으며, 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록하여야 한다. 다만, 등록신청일부터 과거 5년 이내에 임대주택사업에서 부도(부도 후 부도 당시의 채무를 변제하고, 임대주택사업을 정상화시킨 경우는 제외한다)의 발생사실이 있는 자(부도 당시 법인의 대표자나 임원이었던 자와 부도 당시 법인의 대표자나 임원 또는 부도 당시 개인인 임대사업자가 대표자나 임원으로 있는 법인을 포함한다)는 건설임대주택의 임대사업자로 등록할 수 없다.

 1. 「주택법」 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자

 2. 「주택법」 제10조제1항 및 제3항에 따라 임대를 목적으로 주택을 건설하는 토지소유자 또는 고용자

 3. 임대를 목적으로 주택을 건축하기 위하여 「건축법」 제11조에 따라 허가를 받은 자

 4. 임대를 목적으로 주택을 소유하고 있거나 이를 매입하기 위한 계약(분양계약을 포함한다)을 체결한 자

 5. 제14조제4항 각 호의 어느 하나에 해당되는 회사 등

○ 임대주택법 시행령 제8조 【임대사업자의 등록절차】

① 법 제6조제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 등록 신청서를 특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수 또는 구청장"이라 한다)에게 제출하여야 한다.

② 시장·군수 또는 구청장은 제1항의 등록 신청서를 접수하면 제7조제2항에 따른 등록 기준에 적합한지를 확인한 후 적합한 경우에는 임대사업자 등록부에 이를 올리고 등록증을 신청인에게 발급하여야 한다.

③ 제2항에 따라 등록증을 발급받은 자는 등록 사항이 변경된 경우에는 변경 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 시장·군수 또는 구청장(변경 사항이 임대사업자의 주소인 경우에는 전입지의 시장·군수 또는 구청장을 말한다)에게 이를 신고하여야 한다. 다만, 등록 사항의 변경이 법 제6조의2에 따른 준공공임대주택의 등록 및 등록 사항의 변경신고로 인한 경우는 제외한다.

④ 제2항의 임대사업자 등록부는 전자적 처리가 불가능한 특별한 사유가 없으면 전자적 처리가 가능한 방법으로 작성·관리하여야 한다.

출처 : 국세청 2014. 12. 12. 서면법규과-1309 | 국세법령정보시스템