장기임대주택 양도 시 양도소득세 감면 및 농어촌특별세 과세 여부

요지

조세특례제한법」제97조에 따른 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 세액을 감면하고 감면된 양도소득세의 20%는 농어촌특별세로 과세됨

답변내용

귀 사전답변신청의 경우, 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는「조세특례제한법」제97조의 규정에 의하여 당해 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받을 수 있는 것으로 이 경우「농어촌특별세법」제5조에 의해 감면된 양도소득세의 20%가 농어촌특별세로 과세되는 것입니다. 다만, 이에 해당하는지 여부는 임대호수, 임대기간 등 제반사항을 종합하여 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 가. 경기도 광주시 소재 주택 대지 329㎡, 건물 198.93㎡

  - 2006.12.18.자 신축한 주택으로 본인이 직접 거주

 나. 서울 소재 아파트 309동 1203호

  - 1989.3.14.자 취득하여 현재 소유

 다. 서울 소재 다가구주택 대지 233.1㎡, 건물 566.88㎡

  - 1996.10.21. 신축된 다가구주택을 1999.3.12.자 취득하여 1999.04.26.자 관할세무서에 장기임대주택으로 임대사업자 등록 ⁠(14가구) 이후 10년 이상 계속 장기임대

  - 1999년 당시에는 다가구주택은 임대주택법상의 임대사업자등록이 불가능하여 관할세무서에 장기임대주택 임대사업자등록만 함

2. 신청내용

 ○ 위와 같이 주택을 보유하는 거주자가 다. 주택을 양도하는 경우 조특법 제97조에 따른 양도소득세 감면 적용여부 및 농어촌특별세 감면여부

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, ⁠「임대주택법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

  1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

  2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

 ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 2001.12.31, 2009.2.4>

 ② 법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 「소득세법 시행령」 제122조제4항 및 제5항을 준용한다.

 ③ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

  1. ⁠「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증

  2. 임대차계약서 사본

  3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

  4. 삭제

  5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

 ⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

  1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

  2. 삭제

  3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

  3의2. 삭제

  4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

  5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

 ⑥ 법 제97조제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기부 등본 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다.

 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제44조 【주택임대기간의 계산】

 영 제97조제5항제5호에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이라 함은 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간으로서 3월이내의 기간을 말한다.

 ○ 농어촌특별세법 제5조【과세표준과 세율】

 ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

출처 : 국세청 2014. 04. 11. 법규재산2014-491 | 국세법령정보시스템