산학협력단 연구용역 연차계약 부가가치세 면세 요건

요지

계약의 본질적이거나 실질적인 내용이 2014년 1월 1일 이후 변경되는 경우 부가가치세가 과세되는 것임

회신

「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 연구용역을 제공하는 경우에 있어서 장기연구용역에 대한 총차계약을 체결하고 이에 따른 별도의 연차별 계약을 체결하여 연구용역을 제공하는 경우, 연차계약에 의하여 용역제공기간이나 대가관계, 당해기간의 용역의 내용 등이 실질적으로 확정되는 경우에는 총차계약의 체결에도 불구하고 연차계약에 의하여 제공되는 각각의 연구용역을 별도의 용역계약으로 보아 연차계약에 의한 용역의 제공이 2013년 12월 31일 이전에 개시되는 경우에는「부가가치세법 시행령」부칙(제25196호) 제9조에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 2014년 1월 1일 이후 개시되는 연구용역에 대해서는 부가가치세가 과세되는 것입니다.
다만, 연차계약에 따라 2013년 12월 31일 이전에 연구용역 제공이 개시되고 2014년 1월 1일 이후 당초 용역제공 내용에 실질적인 변경 없이 단순한 가격의 조정이나 기간의 변경에 해당하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것입니다.

1. 질의내용

 ○ 산학협력단이 2013.12.31 이전 계약을 체결하고 용역 공급을 개시하였으나 2014년 계약내용 중 일부를 변경하거나 매년 계약금액과 계약기간을 변경하여 계약을 체결하는 경우

  - 이를 계약 체결로 보아「부가가치세법 시행령」부칙 제9조에 따른 면세를 적용받지 못하는지 여부

2. 사실관계

 ○ ⁠“☆☆대학교 산학협력단 ○○산학협력본부”(이하 ⁠“산학협력단”이라 함)는 2013.7.31 ◇◇◇◇◇공사와 ⁠“□□□□□□ 어업피해조사 용역”(이하 ⁠“쟁점 용역”이라 함)에 대한 계약을 체결하고 용역을 제공하였으나

  - 2013.12.16 1차로 계약을 변경하였고, 2014.3.17 2차로 계약을 변경하였으며 계약 변경내용은 다음과 같음

(단위 : 백만원)

 ○ 1차년도 준공 검사 및 대금 지불은 완료되었고, 현재 2차년도 계약을 체결중임

 ○ 산학협력단과 ◇◇◇◇◇공사의 쟁점용역의 최초계약에 대해 1․2차 변경계약의 주요 과업내용을 살펴보면 아래와 같음

  - 해양 기초 환경 조사

   ․ 해양물리 조사, 해양수질조사, 해양퇴적물조사, 해양부유생태계조사, 해양저서생태계 조사, 어란 및 자치어 조사, 어류 및 수산자원조사(1차․2차)

  - 골재채취에 의한 조사해역 변화 및 영향 인자 조사

   ․ 골재채취 단위 공정별 해양 영향인자 및 단위 부하량 조사, 해양원격탐사에 의한 부유사 공간분표 규명, 골재채취로 인한 해저지형 변화조사, 해저지형 영상탐사(1차․2차)

   ․ 해수유동 및 부유사확산 수치모형 실험, 퇴적물 이동 수치모형 실험 및 해저면 조사, 생물검정 실험(2차)

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

  2. 학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역(「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것으로 한정한다)

○ 부가가치세법 시행령 부칙 ⁠(2014.2.21 대통령령 제25196호) 제9조【산학협력단이 제공하는 연구용역에 관한 특례】

 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 2013년 12월 31일까지 연구용역 계약을 체결하여 연구용역을 개시한 분에 대해서는 제45조제2호의 개정규정에도 불구하고 법 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역으로 본다.

○ 부가46015-2324, 1999.8.5

   설계용역을 제공하는 경우에 있어서 장기계속용역에 대한 총차계약을 체결하고 이에 따른 별도의 연차별계약을 체결하여 용역을 제공하는 경우로서 연차계약에 의하여 용역제공기간이나 대가관계, 당해기간의 용역의 내용 등이 실질적으로 확정되는 경우에는 다년간 계약인 총차계약이 있다 하더라도 연차계약에 의하여 제공되는 각각의 용역을 별도의 용역으로 보아야 하므로 연차계약에 의한 용역의 제공이 1998.12.31 이전에 개시된 경우에는 부가가치세가 면제되나 1999.1.1 이후에 개시되는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임

○ 부가46015-306, 2000.2.3

   발주자와 원도급자의 용역계약은 총차계약․연차계약의 형태로 체결되었으나, 원도급자와 하도급자의 계약은 특정업무의 완료를 목적으로 하는 단일건의 용역으로서 1998.12.31 이전에 용역의 제공이 개시되었다면, 1999.1.1 이후 당초 용역의 제공내용에 실질적인 변경이 없는 단순한 단가의 조정․기간의 변경 등이 이루어졌다고 하더라도「부가가치세법(법률 제5585호)」부칙 제2조 단서의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임

○ 재정경제부 부가가치세제과-186, 2007.3.22

   국가, 지방자치단체 등이 국․공유재산 중 부동산을 임대하는 경우에는(구)「부가가치세법 시행령」제38조제3호의 규정에 의하여 2007.1.1 이후 계약을 체결(최초 계약 및 수정, 변경, 갱신을 포함)하여 공급하는 분부터 부가가치세가 과세되는 것임

출처 : 국세청 2014. 08. 14. 서면법규과-886 | 국세법령정보시스템