요지
토지 취득 후 해당 토지를 컨테이너 장치장으로 사용하던 법인이 토지의 유류오염에따라 관할구청장으로부터 오염토양 정화명령을 받아 오염토양 정화를 함으로서 토지를 사용할 수 없는 경우 해당 토지는 정화기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니하는 것임
답변내용
「법인세법」제55조의2제2항 및 같은 법 시행령 제92조의3의 규정을 적용함에 있어 토지 취득 후 세관장으로부터 보세설영특허를 받아 컨테이너 장치장으로 사용하던 법인이 해당 토지의 유류오염으로「토양환경보전법」제15조제3항에 따라 관할구청장으로부터 오염토양 정화명령을 받은 후 세관장에게 보세설영특허를 반납하고 해당 토지위에서 오염토양 정화를 함으로써 사실상 토지를 사용할 수 없는 경우, 오염토양 정화기간동안 해당 토지는「법인세법 시행령」제92조의11제1항제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2제1항제13호에 따라 비사업용 토지로 보지 아니하는 것임
1. 사실관계
○회사는 2010년 6월 보세설영* 특허를 반납하고 컨테이너 장치장을 폐쇄한 후, 2010년 12월 관할구청으로부터 오염토양정화 계획에 대한 ‘적정’ 통보를 득한 후, 오염토양정화 공사를 시작하였음
*보세구역 : 지정보세구역(국가, 지자체의 공공시설이나 장소등 일정구역을 세관장이 지정)과 특허보세구역(개인이 신청하고 세관장이 특허)으로 구분
*보세설영특허 : 특허보세구역을 설치하려는 자가 세관장으로부터 받는 특허이며 통관하려는 물품의 장치, 보세가공, 보세건설, 보세판매를 목적으로 함
*지정보세구역은 지정장치장 및 세관검사장으로 구분하고, 특허보세구역은 보세창고, 보세공장, 보세전시장, 보세판매장으로 구분함
- 오염토양정화 작업은 2014년 2월 중에 완료되었으며 해당 토지는 회사가 2010년 6월 보세설영 특허를 반납하고 컨테이너 장치장을 폐쇄함에 따라
- 2011년부터 재산세 별도합산과세대상 토지에서 종합합산과세대상 토지로 분류되어 있는 상태임
○ 회사는 2014년 1월 정화사업을 하고 있는 해당토지 및 해당토지의 지상 구축물을 000000(주)에 xxx억원에 양도하기로 부동산매매계약을 체결하였고 잔금수령 예정일은 2014년 5월임
2. 질의내용
○ 관할구청의 오염토양정화 실시명령에 따라 회사가 오염된 토지를 정화하는 기간 동안 해당 토지를 사용할 수 없게 되는 경우
- 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에서 제외하는 것인지 여부
3. 관련 법령
○법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액
가. ｢소득세법｣ 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
나. ｢소득세법｣ 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지
다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
가. ｢지방세법｣이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
나. ｢지방세법｣ 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것
③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득
2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할·통합으로 인하여 발생하는 소득
3. ｢도시 및 주거환경정비법｣이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득
⑤ 제1항 및 제4항에서 "미등기 토지등"이란 토지등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지등을 말한다. 다만, 장기할부 조건으로 취득한 토지등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지등의 취득등기가 불가능한 토지등이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 토지등은 제외한다.
⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.
⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.
○ 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】
법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
○ 법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】
① 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 ｢문화재보호법｣에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간
② 법 제55조의2제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 대하여는 해당 각 호에서 규정한 날을 양도일로 보아 제92조의3의 규정을 적용하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.
1. ｢민사집행법｣에 따른 경매에 따라 양도된 토지 : 최초의 경매기일
2. ｢국세징수법｣에 따른 공매에 따라 양도된 토지 : 공매일
3. 그 밖에 토지의 양도에 일정한 기간이 소요되는 경우 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령이 정하는 날
③ 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.
1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지
2. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지
3. 법 제55조의2제2항제1호나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)
4. ｢사립학교법｣에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지
5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지
○ 법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】
① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 ｢건축법｣ 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간
3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 ｢사도법｣에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로 : 사도 또는 도로로 이용되는 기간
4. ｢건축법｣에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(공공공지)로 제공한 토지 : 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간
5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)
6. 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지 : 취득일부터 2년
7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(계속) 중인 토지 : 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간
8. ｢도시개발법｣에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지 : 건축이 가능한 날부터 2년
13.당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간
4. 관련 사례
○ 법인세과-4005, 2008.12.16.
｢법인세법｣ 제55조의2 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되거나 그 밖에 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의11 규정이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 동법 시행령 제92조의11 규정이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있는 것이나, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는 지 여부는 구체적 사실관계에 따라 판단할 사항임
○ 서면2팀-1136, 2007.6.12.
｢법인세법｣ 제55조의2제2항 및 같은 법 시행령 제92조의3의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 ｢개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법｣ 제11조 및 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제63조의 규정에 따른 개발행위의 제한으로 사실상 토지의 사용이 제한된 경우에는 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의11제1항의 규정에 따라 그 사용이 제한된 기간 동안은 비사업용 토지로 보지 아니하는 것이며,
개발제한구역안의 임야가 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의6제1항제7호에 해당하는 경우에는 ｢법인세법｣ 제55조의2제2항제2호가목에 해당되는 것임
○ 서면2팀-543, 2008.3.26.
법인이 토지를 취득한 후 당해 토지가 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제2조제1호 규정에 의한 도시환경정비구역으로 지정되어 사용이 금지 또는 제한된 경우로서 사실상 사용할 수 없는 토지는 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의11제1항제1호 규정에 의한 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 해당하는 것임
○ 서면5팀-747, 2007.3.6.
1. ｢소득세법｣ 제96조 제2항 제8호의 실지거래가액 신고대상 자산인 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 동법 시행령 제168조의 6 각호의 “비사업용 토지의 기간기준”에 의한 기간동안 동법 제104조의 3 제1항 각호에 해당하는 토지를 말하는 것임
2. 위 ‘1.’을 적용함에 있어 토지를 취득한 후 “법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지의 경우에는 사용이 금지 또는 제한된 기간”을, “도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 못하는 토지의 경우에는 당해 사유가 발생한 기간”을 비사업용토지로 보는 기간에서 제외하는 것이며, ｢소득세법 시행령｣ 제168조의14제1항제1호 규정은 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 적용되는 것임
○ 조심2011서5044, 2012.2.17.
｢법인세법｣ 제55조의2 제3항과 같은 법 시행령 제92조의11제1항 및 같은 법 시행규칙 제46조의2제1항은 토지의 취득 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 도시계획 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용되지 아니하는 토지는 그 기간 동안 비사업용토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있으며, 법령의 규정에 의한 사용의 금지 또는 제한은 행정청이 행정작용의 일환으로 건축허가 등 토지이용에 관한 각종 인·허가를 일체 하여 주지 않기 때문에 토지의 사용이 금지 또는 제한된 경우를 포함(대법원 1994.1.25. 93누2995, 대법원 1997.7.11. 96누2651)하므로 토지 취득 전에 법령 등에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지는｢법인세법｣제55조의2 제3항 등의 적용대상이 아니라고 할 것인바,
성남시는 쟁점토지를 포함한 OOO 부지 일원의 현대화 사업을 위하여 2002.1.10. OOO 현대화 사업시행자를 공모 공고하여 (주) OOO과 같은 해 3.30. OOO 현대화사업 협약을 체결하고 사업을 추진하였으나 (주) OOO이 토지소유자들의 과도한 토지가격 요구로 인하여 토지를 매입하지 못하여 위 협약서에 따라서 2004.9.30. 사업 시행권을 상실하였으며, 이후 성남시는 OOO 일원에 대하여 2004.10.1. 도시개발구역 지정을 위한 용역에 착수하였고 2005.1.17.～2007.1.16.까지 ｢건축법｣에 의한 건축허가제한을 하였으며
2008.3.7. 경기도 도시계획위원회 심의를 거쳐 같은 해 5.1. OOO 도시개발구역지정 및 개발계획 고시한 것으로 나타나므로 쟁점토지를 포함한 OOO 부지 일원의 토지는 2002.1.10.부터 2011.4.15. 현재까지 성남시의 OOO 개발과 관련된 행정작용의 일환 및 ｢도시개발법｣에 의한 법령의 제한으로 개별 개발행위가 사실상 제한되었고 실제 위 기간 동안 성남시에서는 개별 인허가를 해준 사실도 없었으므로 쟁점토지는 청구법인이 취득하기 전부터 사실상 사용이 제한되어 있었고 재산세 종합합산과세 대상 토지이므로 ｢법인세법｣ 제55조의2 제2항 제4호에서 규정하고 있는 비사업용 토지로 보아야 할 것임
○ 심사법인2009-0031, 2009.9.29.
쟁점임야(1,222㎡)를 관할구청의 행정지도에 의하여 사용이 제한된 임야로 보아 비사업용 토지에서 제외할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면
“법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산"에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라고 하더라도 행정청이 그 행정작용의 일환으로 도시계획의 수립 등을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지이용에 관한 인·허가를 일체하여 주지 아니하고 있어 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우도 포함되는 것인 바(대법93누1893, 1994.1.11, 대법93누2995, 1994.1.25, 대법93누17591,1994.3.25, 대법94누2503, 1994.11.22. 같은 뜻),
쟁점임야는 법 규정상 형질변경이 가능함에도 청구법인이 인근 주민들의 민원과 ○○광역시 ○○구청의 행정지도에 따라 소나무 밀식상태가 높은 아파트 쪽을 녹지공간으로 남겨 두기로 사전 조율하고 허가를 받은 것으로 보여지므로 쟁점임야(1,222㎡)는 취득 목적에 따라 토지용도의 전용절차를 밟아가는 과정에서 법령에 따라 사용의 금지 또는 제한된 토지에 해당된다고 할 것이므로 쟁점임야는 비 사업용토지에서 제외하여야 함이 타당하다고 할 것임
따라서 처분청이 쟁점부동산의 양도를 비사업용토지의 양도로 보아 과세한 이 건 법인세 부과처분은 쟁점토지 중 1,483.8㎡와 쟁점임야 1,222㎡를 비사업용토지에서 제외하여 과세함이 타당하다고 판단됨
출처 :
국세청 2014. 04. 18. 법규법인2014-73 | 국세법령정보시스템
