순차개발 사업장 비사업용토지 판정 기준(국세청 2014-02-07)

요지

전체 토지를 순차적으로 개발을 진행하는 경우, 개발 대기중인 토지가 업무에 사용되었는지 여부는 개발대상부지 전체를 기준으로 업무에 사용하였는지 여부에 따라 판단하는 것임

회신

귀 질의와 같이, ⁠「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 의하여 국제업무단지의 공동개발사업 시행자로 지정받은 법인이 개발계획과 실시계획으로 지정된 토지를 취득하여 동 계획에 따라 전체 토지를 순차적으로 개발을 진행하는 경우,
개발 대기중인 토지가 업무에 사용되었는지 여부는 개발대상부지 전체를 기준으로 업무에 사용하였는지 여부에 따라 판단하는 것으로서, 순차개발 일정에 따라 대기중인 개별토지만을 따로 분리하여 비업무용 부동산 해당여부를 판단하는 것은 아님을 알려드립니다.

1. 질의내용

○ ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따라 사업시행자가 전체 부지에 대한 공사를 순차적으로 착공하여 중단없이 계속 진행하던 중

  -개발사업 가속화를 위한 개발계획과 실시계획에 따라 일반매수자에게 매각하는 경우

  - 해당 부지가 ｢법인세법｣ 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】제1항 제3호에 따른 비사업용 토지에 해당되는지 여부

2. 사실관계

1. 사업시행자 지정과 개발 경과

○ 질의법인은 2003.8.11. △△시와 함께 ⁠「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」(이하 ⁠“경자법”)에 따라

  - △△경제자유구역 ○○ 국제업무단지(이하 ⁠“국제업무단지”)의 공동 개발사업시행자로 지정되었음

○ 국제업무단지는 ○○연안 매립지 중 1, 3공구 일원 5.77㎢(173만평, 여의도 약 2배)를 동북아 국제업무 중심지로 조성하는 초대형 도시개발 사업으로, 하나의 실시계획에 따라 순차적으로 계속 진행되는 장기 프로젝트임

 ○매 분기별로 본건 사업의 감독청인 ○○경제청에 개발사업추진실적을 보고하여 진행상황에 대해 계속 관리․감독을 받고 있음

  - 아래와 같이 하나의 실시계획에 따라 준공비율 54% 및 착공비율 14%으로 전체 사업부지의 68%가 공사가 완료되었거나 진행되어, 전체 사업이 사업계획에 따라 순차적으로 계속진행 중

  * 전체계획 대비 준공/착공 현황 보고내용(’13년 3분기 기준)

구분

토지면적(㎡)

건축연면적(㎡)

전체

추진실적(B/A)

사업계획(A)

3,655,475

9,772,284

준공실적(B)

1,968,285

3,020,949

추진실적(B/A)

54%

31%

추진중

추진 사업현황(C)

529,843

2,368,498

추진실적(C/A)

14%

24%

미착수

미착수 사업현황(D)

1,157,347

4,382,837

추진실적(D/A)

32%

45%

 ○핵심시설인 국제업무시설은 여의도 63빌딩 30여개에 상당하는 초고층 오피스개발로

  -기반시설 및 공원, 인접 도로 등은 대부분 완성되었으나, 오피스 부지까지 모두 개발 완료되기까지는 최소 15년 이상 소요될 것으로 예상

2. 사업대상부지 매매 및 쟁점부지 매각 경과

□사업대상 부지 취득경위 및 취득절차

 ○ 질의법인은 2002.3.20. ○○시와 국제업무단지 부지를 매입하기로 하는 ⁠‘토지공급계약’을 체결하였고,

  - 2005.11월 경자법에 따라 개발계획과 실시계획을 승인받은 후,

  - 토지공급계약에 따라 2003.10월부터 2010.12월까지 약 7여 년에 걸쳐 F6-2, F6-3 등의 필지(이하 ⁠“쟁점부지”)를 포함한 국제업무단지 조성 용 사업부지(이하 ⁠“사업부지”)를 ○○시로부터 공급받았음

  - 대규모 개발사업 특성 상 단계적으로 개발에 착수되어 전체 부지를 바로 개발할 수 없음에도 불구하고, ○○시의 재정 등을 고려하여 사업부지가 매립되는 즉시 순차적으로 일괄 매입하였음

□사업부지 개발조건 및 진행 개요

 ○ 공급 받은 토지는 경자법에 따라 승인된 개발계획과 실시계획에서 정한 용도 및 처분계획 대로만 사용하거나 매각할 수 있으며,

  - ○○시와 2005.8.29. 체결된 개발 합의서는 주거시설과 상업·업무시설을 1:1 수준으로 연동개발^*하도록 하는 의무가 부여되어 있음

   * 주거시설과 상업·업무 시설이 당사자간 미리 정한 비율에 맞춰서 개발되도록 ○○시가 주거 및 상업·업무시설 개발에 대한 인허가를 통제하는 방식

○ 위 연동개발 의무에 근거하여 아래와 같이 미리 정해진 일정에 따라 각 필지별로 순차적으로 개발이 진행됨에 따라, 사업부지 중 쟁점부지의 경우 토지 취득일 이후에도 착공예정일까지 ⁠‘개발 대기 중’인 기간(최소 6월에서 최대 5년까지)이 불가피하게 소요

  * 실시계획에 따른 쟁점부지별 개발일정 현황

□사업진행일정 변경

 ○개발 진행과정에서 글로벌 경기침체 등으로 인한 상업시설 수요가 급감하여 종전 개발 합의에 따른 1:1 연동개발 조건 충족이 현실적으로 불가능해 짐

 ○ 이에 따라 2008년 중반부터 연동개발 조건 완화 및 일부부지 인천시 반환 등을 협의하기 시작하여 2010.4.30. ⁠‘개발가속화 및 안정적 사업 추진에 관한 본 계약’을 통해 연동개발의무 완화에 합의하여

  -당초 실시계획보다 최소 3년에서 최대 10년까지 그 착공예정일이 연기될 예정이며, 쟁점부지는 현재까지도 여전히 ⁠‘개발대기 중’인 상황임

  * 당초 실시계획의 변경(안)에 따른 쟁점부지별 개발일정 현황

□사업부지 매각

 ○2010.4.30. 질의법인과 ○○시는 ⁠‘개발가속화 및 안정적 사업추진에 관한 본 계약’을 통해

  -○○시 뿐만 아니라 ⁠“일반 매수인”에게도 쟁점부지를 매각하여 사업을 원활하게 추진하기로 하였으며,

  - 쟁점부지는 사업부지의 개발계획과 실시계획에서 정한 용도대로 사용하고 쟁점부지와 관련된 본 계약상의 신청인의 의무와 책임을 인수하여야 할 의무를 지는 경우에만 양도할 수 있도록 제한

  -경자법 규정에 근거하여 “여전히” ○○경제자유구역청의 감독 하에, 사전에 승인된 실시계획의 범위 안에서만 개발될 수 있음

 ○경자법 제9조의8에 따라 개발이익의 50%를 사업부지 내에 재투자하거나 ○○시에 제공할 의무가 있음

3. 관련 법령

○법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 ⁠“토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

   다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

 ③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】

  법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

  1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

  가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○법인세법 시행령 제92조의8 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  3. ⁠「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

 13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지

    (시행규칙에 위임규정 없음)

○ 법인세법 시행령 제92조의11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

  1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

  2. 토지를 취득한 후 ⁠「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

  3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

 ③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

  1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

  2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정 고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정 고시일부터 5년 이전인 토지

  3. 법 제55조의2제2항제1호나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

  4. ⁠「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

  5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○ 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

  1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

  2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

  5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

 13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

4. 관련 사례

○법규법인-414, 2013.11.7

  귀 세법해석 사전답변 신청내용과 같이, 송도 국제업무단지에 대해 ○○광역시와 공동 개발사업시행자로 지정된 내국법인이 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따라 승인된 개발계획과 실시계획에 따라 순차적 개발 진행 중에 있었으나

  세계금융위기의 여파로 부동산시장이 냉각되고 상업용 건물의 수요가 급감하는 등의 경제여건 변화로 개발이 지연되는 상황에서 이에 대한 감사원의 지적과 대책요구에 따라

  실시계획을 변경하고 개발가속화 및 안정적 사업추진에 대한 계약을 체결하고 이에 따라 개발대기 중이던 일부 미착공 토지를 공동개발사업 시행자인 ○○광역시에 취득원가와 보유비용(재산세 및 금융이자비용 등)을 합산 가액으로 처분이익이 없이 양도한 경우

  해당 양도된 개발 대기 중인 토지가 업무에 사용되었는지 여부는 개발대상 부지 전체를 기준으로 판단하여 실시계획에 따라 공사에 순차적으로 착공되었고 중단 없이 계속 진행 중이라면 비사업용 토지로 볼 수 없고

  ○○광역시와의 개발가속화 및 안정적 사업추진에 대한 계약 및 실시계획의 변경에 따라 ○○광역시에 환매하는 경우로서 순차적 개발에 따라 불가피하게 개발대기 중인 기간은 「법인세법 시행규칙」 제46조제13조에 따른 정당한 사유에 해당하여 비사업용으로 보는 기간에서 제외되는 것으로

  해당 양도된 개발 대기 중인 토지에 대해서는「법인세법」제55조의2 제1항 제3호를 적용할 수 없는 것입니다.

○ 심사법인2001-0124 ⁠(2002.01.18)

  `99년 이후 사업연도는 세법개정에 따라 기존 비업무용부동산으로 판정하는 기준을 폐지하고 부동산 고유업무에 사용하였는지 여부에 따라 판단하는 것으로 완화하였으며 유예기간을 두어 취득후 유예기간내에 고유업무에 사용하지 아니한 경우 관련지급이자 등을 손금불산입하도록 하고 있는바 청구법인의 경우 청구법인이 취득 보유하고 있는 쟁점토지 등은 관광진흥법 제24조에 의하여 정부의 승인을 받은 관광지내의 휴양시설단지로 지정된 토지로서 모두 연접되어 있어 휴양시설용부동산으로 사용하고 있고 총면적을 기준으로 볼 때 `97년 및 `98년 사업연도는 기준면적이내의 부동산으로 비업무용부동산에 해당하지 않는 것으로 판단되는 바

  그렇다면 쟁점토지는 청구법인의 고유목적 사업에 사용하고 있는 부동산에 해당하고 처분청의 주장과 같이 개별 필지별로 업무무관자산여부를 판정하여 업무무관자산으로 볼 경우 `97년 및 `98년 사업연도 총면적을 기준으로 비업무용부동산으로 보지 않은 것과 배치되는 문제점이 있다 따라서 필지별로 고유업무에 사용하였는지 여부에 따라 판단할 것이 아니라 전체토지를 기준으로 휴양시설업용부동산에 사용하고 있는지 여부를 판단하는 것이 관계 법령의 입법취지에 비추어 합리적이라고 판단되므로 청구법인의 쟁점토지를 업무무관자산으로 보아 지급이자 및 관련유지비용을 손금불산입하여 과세한 처분청의 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

○ 서이46012-11262, 2003.07.04

 귀 질의의 경우 법인등기부상에 부동산임대업을 목적사업으로 정하고 있는 법인이 보유한 임대용 부동산의 일부가 임차인이 없어 수입금액이 발생하지 아니한 때에는 임대용 부동산 전부를 하나의 부동산으로 보아 「법인세법 시행령」 제49조 제1항의 규정에 의한 법인의 업무에 직접 사용하는 부동산인지 여부를 판단하는 것이나,

 당해 임대용 부동산 중 임대되지 않은 부분이 같은법 시행규칙 제26조 제2항의 규정에 의한 업무 외 다른 용도로 사용되는 경우에는 그러하지 아니하는 것으로, 당해 부동산이 실지로 업무에 사용하는지 여부는 사실판단할 사항입니다.

 ○ 재법인46012-198, 2001.11.05

 귀 질의의 경우와 같이 도시계획법에 의하여 시행자로 지정받은 법인이 도시계획사업(시가지조성사업)지구로 지정된 부지를 당해 업무에 사용하기 위하여 취득한 후 토지상의 건물 철거·부지정비 등 일련의 준비작업을 착수한 경우에는 도시계획법에 의한 도시계획사업의 업무에 사용하고 있는 것이므로 당해 토지는 법인세법시행령 제49조 제1항 제1호의 규정에 의한 업무와 직접 관련이 없는 부동산에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 당해 토지를 순차적으로 개발하더라도 도시계획사업 허가기간 이내에는 업무에 사용한 것으로 보는 것임

○ 대법원90누6668, 1991.1.11.

  법인의 비업무용 토지의 취득에 대하여 중과세를 규정한 지방세법 제112조 제2항의 근본취지는 법인이 그 고유목적 이외의 다른 이익을 위하여 토지를 취득하고 사용하거나 방치하는 것을 제재함으로써 부동산투기를 막고 토지의 효용가치를 증대화하여 국민경제의 건전한 향상과 발전을 도모하고자 하는 데에 있다고 할 것이므로,

  원고가 창원기계공업공단으로부터 공장용지를 분양받아 그 대금을 모두 완납하였으나 그 소유권이전등기도 경료하지 아니한 상태에서 위 공단과 사이에 그중 일부용지를 반환하기로 하여 그 부분은 분양에서 제외하는 변경계약을 체결하고 위 공단에 반환함과 동시에 그 해당분양대금을 돌려받았다면 원고가 위 토지부분을 그 고유업무에 직접 사용할 지방세법상의 의무는 소멸하였다 할 것이고, 이는 고유목적에 사용하지 못함에 정당한 사유가 있는 경우에 해당함

○ 내심97-108, 1997.3.26.

  구 지방세법시행령 제84조의4 제1항 및 제4항 제5호의 규정을 종합하여 보면, 건설업을 영위하는 법인이 공사비 대가로 양수받은 토지가 비업무용이 되지 않기 위해서는 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하거나 적어도 2년 이내 매각하여야 하고 그렇지 못했을 경우에는 정당한 사유가 있어야 하는데

  이 경우 ⁠“정당한 사유”란 ⁠“법령에 의한 금지·제한등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리 법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다”(대법원 1995. 12. 8 판결 95누5257)고 할 것이다.

  살피건대, 청구법인은 청구외 ○○교회와 새교회 신축공사 도급을 협의할 때(1994.5.30)청구외 ○○교회는 새교회를 신축하여 이전할 때까지 신도들이 계속하여 예배를 볼 수 있는 장소가 필요했고, 청구법인은 공사대금의 담보를 위해 이건 토지의 소유권 이전등기가 필요하여 상호 합의하에 청구외 ○○교회가 이건 토지를 1994.6.4 청구법인에게 소유권 이전등기해 주었지만 내부적으로는 매각처분권이 있지도 아니하였고 청구법인은 당초계약한 바에 따라 신축교회가 준공될 때까지 이건 토지 소재 구건물에서 신도들이 예배를 보게 하여 주었음이 확인되고 있으므로(신축교회 건물 준공이 다되어갈 무렵 신도들이 이 교회 지하실에서 얼마간 예배를 본 일이 있다 하더라도 이를 달리 볼 바가 아니다), 청구법인이 이건 토지를 취득하고 고유업무에 사용하지 못한 데는 내·외부적 사정으로 사실적 권리행사를 할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아지고, 또 고유업무에 직접 사용할 수 있는 날은 신축교회 준공일로 봄이 상당하다 할 것인데도 처분청이나 이의신청결정기관이 이건 토지를 취득하고 매각하는데 장애가 없었다거나 또 다른 이익을 위하여 취득보유하고 있다고 하여 배척한 것은 잘못임

○ 행안부17, 2006.11.6.

 【질의】

  대통령의 삼학도복원화 지시(1989.11.3.)에 의거 사업지구내에 소재하고 있던 공장을 이전하여야 함에 따라 2003.12.18. 기존공장의 보상금 산정을 위하여 먼저 지방산업단지내 공장용 부지를 취득하였으나 2005.12.14. 지방자치단체로부터 기존공장의 이전에 따른 보상금을 2011.6.30.까지 8년간(2006∼2013년) 분할하여 지급하겠다는 결정에 따라 2003.12.18. 취득한 산업단지내 공장건축용 토지취득일부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 못하는 경우 정당한 사유에 해당되어 기 면제한 취득세 등의 추징대상이 되지 않는지 여부

 【회신】

 가. 지방세법 제276조 제1항(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 이전의 것)에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 공장용 건축물을 신축 또는 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하나 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 공장용건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있음.

 나. 상기 규정에서 ⁠“정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 취득한 토지를 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하나,

 다. 귀문의 경우와 같이 운영하던 공장이 대통령지시에 의한 지방자치단체의 공원화사업의 추진으로 다른 곳으로 이전할 수 밖에 없었고, 다른 곳으로 이전하기 위한 기존공장의 보상금 산정을 위한 자료제출을 위하여 2003.12.18. 지방산업단지내의 공장부지를 먼저 취득하였으나 2005.12.14. 해당 지방자치단체로부터 기존 공장이전에 따른 보상금을 8년간(2006∼2013년) 분할하여 지급하는 것으로 결정되었다면 토지취득일부터 3년 이내에 고유목적에 직접 사용하지 못한 정당한사유가 있는 것으로 판단되나 이에 해당되는지 여부는 과세권자가 사실관계를 확인하여 판단할 사항임.

○ 조심2010서3311, 2011. 11. 24.

  위와 같이 청구법인의 경우 설립목적 자체가 쟁점임야상에 관광숙박업을 위한 건축물을 신축하는데 있었고, 법령상의 제한으로 인하여 이를 추진할 수 없게 되자 즉시 목적사업을 변경하여 청소년수련시설인 유스호스텔을 신축하고자 하였으며, 유스호스텔을 신축하는 과정에서 맹지이므로 우선 진입로공사에 착수하였고, 그 이후 건축물 신축을 위한 행정절차로서 공유수면점용허가 등을 거쳐 결국 건물 신축공사를 위한 착공신고를 하고 토지정지작업을 실시하다가 자금사정으로 이를 양도하게 된 전체적인 과정을 볼 때,

  청구법인이 진입로공사에 착공한 시점을 실질적인 건설공사의 착공시기로 볼 수 있는 점이 있고, 청구법인은 쟁점임야의 취득일 이전부터 사실상 건축공사의 준비과정에 착수하여 연속적으로 사업을 추진한 것으로 볼 수 있으며, 청구법인이 특별한 사유 없이 사업추진을 중단한 것으로는 보이지 아니하므로 당해 기간 동안은 사업용으로 사용한 것으로 볼 수 있을 뿐만 아니라,

  ⁠「법인세법」제55조의2 제1항 제3호에서 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 높은 세율을 적용하여 법인세를 추가적으로 납부하도록 한 취지가 토지를 생산적 용도로 사용하지 아니하고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위한 것에 있다는 측면에 비추어,

  청구법인의 경우와 같이 지속적으로 사업용으로 사용하기 위한 노력을 다한 쟁점임야에 대하여 이를 비사업용 토지로 중과하는 것은 입법취지에도 어긋난다고 하겠으므로, 쟁점임야는 청구법인이 취득시부터 양도시까지 계속하여 사업용으로 사용한 토지에 해당된다고 보는 것이 합리적이라고 판단됨.

출처 : 국세청 2014. 02. 07. 법인세과-52 | 국세법령정보시스템