요지
비영리법인인 한국해양조사협회가 그 협회의 고유목적사업을 위하여 국립해양조사원과 "수로업무"에 대한 위ㆍ수탁협약을 체결하고 해당업무 수행을 위한 사업비를 실비로 공급하는 경우 부가가치세가 면제되는 것임
답변내용
측량․수로조사 및 지적에 관한 법률 제57조에 따라 설립된 비영리법인인 한국해양조사협회가 그 협회의 고유목적사업을 위하여 국립해양조사원과 "수로업무"에 대한 위ㆍ수탁협약을 체결하고 해당업무 수행을 위한 사업비를 지급받아 인건비 등으로 지출한 후 남는 금액을 반환하는 경우 부가가치세법 제12조제1항제17호 및 같은 법 시행령 제37조제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것임
1. 사실관계
○ ｢측량․수로조사 및 지적에 관한 법률｣(이하 "수로조사법") 제57조에 따라 수로조사에 관한 기술․기준․제도를 연구․개발하고 해양에 관한 자료를 수집․제공함으로써 해양교통안전 및 해양자원의 개발․이용에 기여할 목적으로
- 2006.1.31. 비영리법인인 한국해양조사협회(이하 "협회")가 설립되고 국토해양부장관의 인가를 받음
○ 협회는 수로조사법 제105조제2항 및 수로조사법 시행령 제104조제9항․제10항 및 국립해양조사원(이하 "해양조사원") 수로업무 위탁관리규정 등에 따라 해양조사원의 사무 중 일부를 수탁받아 업무를 수행하면서
- 해양조사원으로부터 사업비를 지급받아 수탁업무와 관련한 인건비 및 경비 등을 지출하고 수로업무 위․수탁협약에 따라 사후정산(실비정산)하고 남는 금액은 해양조사원에 반환하게 됨
○ 협약에 따른 수탁사무는 해저지형자료의 처리, 수로조사기술지도, 영해기준점유지보수 및 관리, 해양관측시설관리 등이며
- 위․수탁기간은 2013.1.1.～2015.12.31.이며 협약에 따라 수탁기간을 연장하거나 변경할 수 있음
2. 질의내용
○ 한국해양조사협회가 국립해양조사원으로부터 수탁받은 사업에 대한 사업비를 지급받아 인건비 등으로 지출한 후 남는 금액을 반환하는 경우 부가가치세가 면제되는지 여부
3. 관련 법령
○ 부가가치세법 제12조【면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
19. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
○ 부가가치세법 시행령 제37조【종교․자선․학술․구호단체 등이 공급하는 재화등의 범위】
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역
○ 부가가치세법 시행규칙 제11조의 5【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등의 범위】
① 영 제37조 제1호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.
○ 부가가치세법 시행령 제39조【공익단체의 범위】
① 법 제12조제1항제19호에 규정하는 공익단체는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 단체로 한다.
○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】
법 제16조제1항에서 "공익법인등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다.
11.제1호 내지 제5호ㆍ제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업
○ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제3조【공익법인등의 범위】
영 제12조제11호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
3. ｢한국과학기술원법｣ 기타 특별법에 의하여 설립되었거나 육성되는 법인이 운영하는 사업으로서 ｢공익법인의 설립·운영에 관한 법률 시행령｣ 제2조에 해당하는 사업
○ 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률 시행령 제2조【정의】
① ｢공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률｣(이하 "법"이라 한다) 제2조에서 "사회일반의 이익에 공여하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술ㆍ자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인"이라 함은 다음의 사업을 목적으로 하는 법인을 말한다.
3. 학문 또는 과학기술의 연구ㆍ조사ㆍ개발ㆍ보급을 목적으로 하는 사업 및 이들 사업을 지원하는 도서관ㆍ박물관ㆍ과학관 기타 이와 유사한 시설을 설치ㆍ운영하는 사업
4. 관련 사례
○ 부가가치세과-1236, 2012.12.18.
사업자가 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하고 그 대가를 받는 경우에는 ｢부가가치세법｣ 제7조제1항의 규정에 따라 부가가치세가 과세되는 것이나, ｢경기도 중소기업 종합지원센터 설립 및 운영에 관한 조례｣에 따라 설립된 ‘경기중소기업종합지원센터’가 같은 조례 제6조 제1항에 따른 사업을 수행하고 수수료를 받는 경우가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역에 해당하는 때에는 ｢부가가치세법｣ 제12조제1항제17호 및 같은 법 시행령 제37조제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임
다만, 귀 질의의 경우가 고유의 사업목적인지와 실비에 해당하는지 여부는 관련사실을 종합적으로 고려하여 판단할 사항임
○ 기획재정부 부가가치세제과-484, 2009.7.13.
｢한국보건산업진흥원법｣에 따라 설립된 한국보건산업진흥원(이하 "진흥원")은 부가가치세법상 공익을 목적으로 하는 단체에 해당되므로, 진흥원이 식품의약품안전청(이하 "식약청")과 위ㆍ수탁계약을 체결하여 수행하는 "HACCP관리 지원사업"이 진흥원의 고유목적사업에 해당하고, 식약청으로부터 지급받은 사업비를 집행하고 사업종료후 1개월 이내에 정산하여 미사용잔액을 반납하는 등 동 사업과 관련하여 식약청으로부터 실비를 받아 사업을 수행하는 경우에는 진흥원이 식약청에 제공하는 HACCP관리 지원사업 수행용역은 ｢부가가치세법｣ 제12조 및 같은 법 시행령 제37조에 따라 면세되는 것임
○ 기획재정부 부가가치세제과-175, 2008.12.16.
의료법에 의해 설립된 대한치과의사협회가 ｢국민건강보험재정건전화특별법｣(현행의 ｢국민건강보험법｣)에 따라 요양기관의 요양급여비용 심사청구를 대행하는 용역을 제공한 동 질의의 경우 용역의 대가는 ｢부가가치세법｣ 제12조제1항제16호 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 것임
○ 법규과-3941, 2008.9.18.
｢전기통신기본법｣ 제30조에 따라 정부로부터 허가 또는 인가를 받아 설립된 ○○협회가 당해 단체의 고유의 사업목적을 위하여 사업자 등으로부터 의뢰받은 정보통신 관련 시험ㆍ인증용역을 제공하고 그 대가를 실비로 받는 경우에는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제37조 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 당해 용역의 대가가 실비에 해당하는지 여부는 당해 용역의 공급에 관련된 인건비ㆍ감가상각비ㆍ관리비 등을 고려하여 사실 판단할 사항임
○ 대법원2000.7.4.선고 98두9301 판결
부가가치세법 제12조 제1항 제16호 소정의 부가가치세가 면제되는 공익을 목적으로 하는 단체라 함은 사회 일반의 복리증진을 그 고유의 직접목적으로 하는 단체를 말한다고 할 것인 바, 관계법령 및 기록에 의하면 이 사건 용역은 공영주차장의 관리운영, 불법 주정차 차량의 견인과 관리를 통하여 사회 일반의 복리증진을 그 고유의 직접목적으로 하는 단체인 원고가 그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급한 용역에 해당되어 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 소정의 부가가치세 면세대상이 된다고 할 것임
○ 대법원1997.8.29.선고 97누5978 판결
학교법인 산하 의료기관이 과학기술처가 공고하는 기술용역대가의 기준에 따라 인건비·장비감가상각비·관리비 등을 고려하여 책정한 작업환경측정용역 수수료를 지급받은 경우 수수료가 추상적으로 책정되었다는 점만으로 실비에 상응하는 수수료가 아니라 할 수 없으며, 병원 의료용역에 제공되는 인원, 기계기구 등의 비용과 중복으로 계상된 것에 해당된다고 볼 수 없으므로 실비공급에 해당되어 면세임
○ 대법원1997.8.26.선고 96누17769 판결
1964. 7. 6. 보사부장관의 허가를 받아 설립한 비영리사단법인이 1992. 7. 20.노동부로부터 산업안전보건법에 따른 작업환경측정기관으로 지정을 받은 이래 과학기술처가 공고하는 기술용역대가의 기준에 따라 작업환경측정기술협의회에서 인건비, 장비감가상각비, 관리비 등을 고려하여 책정한 수수료를 받고 작업환경측정용역을 공급하여 왔다면, 위 용역이 부가가치세법 제12조 제1항 제4호, 같은법 시행령제29조, 같은법 시행규칙 제11조의2가 정하는 의견보건용역에 해당한다고 할 수는 없으나
같은 법 제12조제1항제16호, 같은법 시행령 제37조제1호가 정하는 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역에는 해당하므로 위 용역은 부가가치세 면제대상임
출처 :
국세청 2013. 04. 03. 법규부가2013-308 | 국세법령정보시스템
