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기업도시개발구역 입주기업 법인세 감면 적용 기준 및 한도

법인세과-27  ·  2013. 01. 11.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 2012.12.31.까지 기업도시개발구역에 입주하기 위한 양해각서를 체결하고 2014.12.31.까지 입주한 내국법인이 기존 사업장을 이전하는 경우에도 조세특례제한법상 세액감면을 적용받을 수 있는지 궁금합니다.

S요약

내국법인이 2012년까지 기업도시개발구역 입주 MOU를 체결하고 2014년까지 입주하는 경우, 2010년 1월 1일 개정 전 조특법 제121조의17 규정이 적용되어 세액감면 특례가 인정됩니다. 기존 사업장을 이전하는 경우에는 감면 적용 범위와 한도, 투자합계액 산정 과정에서 각종 부칙과 시행규칙의 기준을 종합적으로 판단해야 하므로, 구체적 요건을 면밀히 검토하셔야 합니다.
#기업도시개발구역 #법인세 감면 #세액감면 #입주양해각서 #조세특례제한법 #투자누계액
핵심 정리

R회신 내용 법인세과-27  ·  2013. 01. 11.

  • 회신 주체 및 출처: 국세청, 법인세과-27 (2013.01.11.)
  • 2012.12.31.까지 기업도시개발구역 입주를 위한 양해각서를 체결하고 2014.12.31.까지 입주한 경우, 2010.1.1. 개정 전 조세특례제한법 제121조의17 종전 규정을 적용받아 감면특례가 인정된다고 국세청이 회신하였습니다.
  • 또한, 이전하는 사업장에 대해서도 부칙 제78조에 따라 MOU 체결·입주 조건이 충족될 경우 세액감면이 가능하다고 해석하고 있습니다.
  • 다만, 이러한 경우 조세특례제한법(2010.12.27. 개정) 부칙 제65조에 명시된 기준에 해당하지 않으므로, 감면한도 규정이 적용될 수 있음을 회신에서 언급하고 있습니다.
  • 감면한도 계산 시 투자누계액, 사업용자산(토지, 건물, 건설 중 자산 등)의 범위는 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3을 근거로 판단 가능하다고 안내하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제121조의17(2010.1.1.개정): 기업도시개발구역 등에 창업, 사업장 신설 또는 이전 시 법인세·소득세 등 감면 규정 및 감면대상·요건 명시
  • 조세특례제한법 부칙 제78조(2013.1.1. 개정): 2012.12.31.까지 입주 MOU 체결하고 2014.12.31.까지 입주 시 종전 규정 따른 감면 특례 명확화
  • 조세특례제한법 부칙 제65조: 입주일정 및 체결시점에 따라 개정규정 또는 종전규정 적용 여부 판정 근거
  • 조세특례제한법 시행령 제116조의21: 감면한도 산정 시 투자누계액 정의 및 계산방법 명시
  • 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3: 사업용자산의 범위(토지, 건물, 건설 중 자산 등) 구체적 기준
사례 Q&A
1. 기업도시개발구역 입주 MOU 체결 후 2014년 입주 시 세액감면 가능 여부는?
답변
2012.12.31.까지 입주 MOU를 체결하고 2014.12.31.까지 입주한 경우 조세특례제한법 제121조의17 종전 규정에 따라 세액감면이 적용되는 것으로 보입니다.
근거
국세청 회신(법인세과-27)에 따르면 해당 기업은 부칙 제78조 조건 충족 시 감면특례 대상입니다.
2. 기업도시 입주기업 감면한도 계산 시 투자누계액에 포함되는 자산은?
답변
사업용 투자를 위한 유형자산(토지, 건물 등)·건설 중 자산·무형고정자산이 투자누계액에 포함되는 것으로 판단됩니다.
근거
조세특례제한법 시행규칙 제8조의3에서는 사업용자산의 구체적 범위를 규정하고 있습니다.
3. 기존 사업장 이전이 포함되어도 감면 특례 적용이 가능한지?
답변
감면 요건 및 일정 충족 시 기존 사업장 이전도 감면 적용이 가능한 것으로 보입니다.
근거
국세청 회신 및 부칙 제78조에서 MOU 체결 상황과 입주 일정 충족시 종전 규정에 따른 감면 가능을 명시하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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전문(의료·IT·행정) 형사범죄 민사·계약
유권해석 전문

요지

내국법인이 2012년까지 기업도시개발구역 입주양해각서를 체결하고 2014년까지 입주하는 경우 2010.1.1.개정 전 조특법 제121조의17 규정을 적용받는 것임

회신

(질의1) 내국법인이 2012.12.31.까지 기업도시개발구역에 입주하기 위해 양해각서를 체결하고 2014.12.31.까지 입주하는 경우 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 부칙 제78조(개정 2013.1.1)에 의하여 종전규정에 따라 감면하는 것이며,

(질의2) 내국법인이 2012.12.31.까지 기업도시개발구역에 입주하기 위해 양해각서를 체결하고 2014.12.31.까지 입주하는 경우 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 부칙 제65조 규정에 해당되지 아니하므로 개정규정에 따라 감면한도규정이 적용되는 것이며,

(질의3) 감면한도 적용시 투자누계액이란 조세특례제한법 제121조의17 제2항에 따라 법인세를 감면받는 해당 과세연도까지의 사업용자산에 대한 투자합계액을 말하는 것이며, 여기에서 사업용자산이란 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 규정에 의한 사업용자산을 의미하는 것입니다.

1. 사실관계 및 질의요지

 가. 사실관계

○당사는 1964.11.25. 설립하여 의약품제조업을 영위하고 있으며, 본사는 서울시, 공장은 충북 진천군에 각각 위치하고 있음

  -진천공장은 다종의 의약품을 생산하고 있으며, 그 생산라인은 3개 있으며, 그 중 2개 라인은 원재료를 생산, 1개 라인은 완제품을 생산

○당사는 현재 진천공장 외 제2공장을 설립추진하고 있으며, 그 후보지로서 기업도시인 충주에 설립하고자 공장부지 매입 MOU작성을 맺고자 추진하고 있음(공장신축 후 입주는 2014.12.31. 이내로 예정)

  -더불어 기존 진천공장의 완제품 생산라인 1개를 폐쇄하고 충주공장으로 옮길 것을 계획하고 있음

 나. 질의요지

○(질의1) 2012.12.31.까지 공장부지 매입 관련 MOU를 체결하고 2014.12.31.까지 공장신축하여 입주하는 경우 기존 사업장의 이전에 해당하는 경우에도 세액감면을 적용할 수 있는지 여부

○(질의2) 2012.12.31.까지 공장부지 매입 관련 MOU를 체결하고 2014.12.31.까지 공장신축하여 입주하는 경우 세액감면한도 적용대상인지 여부

○(질의3) 감면한도 적용대상인 경우 감면한도액 계산시 ⁠‘사업용자산에 대한 투자 합계액’의 범위에 토지․건물가액이 포함되는지 여부 및 기업도시개발구역 내 입주 후 추가로 발생하는 투자금액의 포함여부

2. 질의내용에 대한 자료

 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

조세특례제한법 제121조의17【기업도시개발구역 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면】(2006.12.30. 개정)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 "감면대상사업"이라 한다)을 영위하기 위한 투자로서 업종 및 투자금액이 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 투자에 대하여는 제2항 내지 제4항에 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 기업도시개발구역에 2009년 12월 31일까지 입주하는 기업이 당해 구역안의 사업장에서 영위하는 사업

2. 기업도시개발사업시행자가 영위하는 사업으로서 기업도시개발특별법 제2조제3호의 규정에 의한 기업도시개발사업

조세특례제한법 제121조의17【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】(2010.1.1. 개정)

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하기 위한 투자로서 업종 및 투자금액이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자에 대해서는 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

 1.기업도시개발구역에 2012년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 구역의 사업장에서 하는 사업

 2.기업도시개발사업 시행자가 하는 사업으로서 기업도시개발특별법 제2조 제3호에 따른 기업도시개발사업

 3.신발전지역육성을위한투자촉진특별법 제8조 제1항에 따라 지정된 신발전지역발전촉진지구와 같은 법 제21조 제1항에 따라 지정된 신발전지역투자촉진지구에 2012년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 지구 안의 사업장에서 하는 사업

 4.신발전지역육성을위한투자촉진특별법 제13조 제1항에 따라 지정된 개발사업시행자가 하는 사업으로서 같은 법 제8조 제1항에 따라 지정된 신발전지역발전촉진지구의 개발사업

▶ 부칙

  제61조 ⁠(기업도시개발구역 등 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) : 제121조의17의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 창업하거나 사업장을 신설하는 기업(개발사업시행자는 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분)부터 적용한다

  제78조 ⁠(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) : 2012년 12월 31일까지 기업도시개발구역(법률 제7310호 기업도시개발특별법 부칙 제2조에 따라 시범사업으로 선정된 기업도시개발사업에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 입주하는 경우 또는 2013년 말까지 입주하기로 입주협약이나 양해각서를 체결한 기업(2013년에 입주협약이나 양해각서를 체결하는 경우는 수도권 기업에 한정한다)이 2014년 12월 31일까지 기업도시개발구역에 입주하는 경우 제121조의17의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 감면한다.

조세특례제한법 제121조의17【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】(2010.12.27. 개정)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하기 위한 투자로서 업종 및 투자금액이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

 1.기업도시개발구역에 2012년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 구역의 사업장에서 하는 사업

 2.기업도시개발사업 시행자가 하는 사업으로서 기업도시개발특별법 제2조 제3호에 따른 기업도시개발사업

 3.신발전지역육성을위한투자촉진특별법 제8조 제1항에 따라 지정된 신발전지역발전촉진지구와 같은 법 제21조 제1항에 따라 지정된 신발전지역투자촉진지구에 2012년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 지구 안의 사업장에서 하는 사업

 4.신발전지역육성을위한투자촉진특별법 제13조 제1항에 따라 지정된 개발사업시행자가 하는 사업으로서 같은 법 제8조 제1항에 따라 지정된 신발전지역발전촉진지구의 개발사업

④제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 하여 세액을 감면한다.

 1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

 2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

  가.해당 과세연도의 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원

  나.제1호의 투자누계액의 100분의 20

⑤제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제4항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

▶ 부칙

  제45조 ⁠(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) : 제121조의17 제1항, 제4항부터 제8항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 기업도시개발구역에 창업하거나 사업장을 신설하는 기업부터 적용한다.

  제65조 ⁠(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) : 이 법 시행 전에 기업도시개발구역에 입주ㆍ창업하거나 사업장을 신설한 기업 및 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제78조에 따른 2010년 1월 1일 전에 기업도시개발구역에 입주하기 위하여 입주협약 또는 양해각서를 체결하고 2012년 12월 31일까지 기업도시개발구역에 입주하는 기업에 대하여는 제121조의17 제1항, 제4항부터 제8항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다

조세특례제한법 시행령 제116조의21【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

④법 제121조의17 제4항 제1호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 투자누계액”이란 법 제121조의17 제2항에 따라 법인세 도는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자합계액을 말한다

조세특례제한법 시행규칙 제8조의3【연구개발특구 등에의 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

   영 제11조의3 제2항, 제116조의14 제2항, 제116조의15 제4항, 제116조의21 제4항, 제116조의25 제2항 및 제116조의27 제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

  1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산

  2. 건설 중인 자산

  3.「법인세법 시행규칙」 별표 3에 따른 무형고정자산

법인세법 시행규칙 [별표3]

무형고정자산의 내용연수표(제15조제2항관련)

구분

내용연수

무형고정자산

1

5년

영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권

2

10년

특허권, 어업권, 해저광물자원개발법에 의한 채취권, 유료도로관리권, 수리권, 전기가스공급시설이용권, 공업용수도시설이용권, 수도시설이용권, 열공급시설이용권

3

20년

광업권, 전신전화전용시설이용권. 전용측선이용권, 하수종말처리장시설관리권, 수도시설관리권

4

50년

댐사용권

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인세과-305, 2011.04.26

   법인이 2011.3.11 기업도시개발구역에 입주하기 위해 양해각서를 체결하고 공장을 신설하여 2012년 상반기에 입주하는 경우, 조세특례제한법(법률 제9921호, 2010.1.1) 부칙 제78조(2010.12.27 개정)에 따라 기업도시개발구역 입주기업에 대한 법인세 감면 대상이 되는 것이나, 같은 법(법률 제10406호, 2010.12.27) 부칙 제65조에 따라 같은 법 제121조의17 제4항의 감면한도를 적용하는 것이며

   법인이 2010.1.1 전에 기업도시개발구역에 입주하기 위해 양해각서를 체결하고 2012.12.31 까지 입주하는 경우, 조세특례제한법(법률 제9921호, 2010.1.1.) 부칙 제78조(2010.5.14 개정)에 따라 기업도시개발구역 입주기업에 대한 법인세 감면 대상이 되고, 같은 법(법률 제10406호, 2010.12.27.) 부칙 제65조에 따라 같은 법 제121조의17 제4항의 감면한도를 적용하지 않는 것임

○ 법규법인2011-0106, 2011.04.13.

   내국법인이 2011년도에 기업도시개발구역에 입주하기 위해 양해각서를 체결하고 같은 해 말까지 입주하는 경우, 조세특례제한법(법률 제9921호, 2010.1.1.) 부칙 제78조(2010.12.27. 개정)에 따라 기업도시개발구역 입주기업에 대한 법인세 감면 대상이 되는 것이나, 조세특례제한법(법률 제10406호, 2010.12.27.) 부칙 제65조에 따라 같은 법 제121조의17 제4항의 감면한도를 적용하는 것임

○ 법인세과-1159, 2009.10.15.

   기업도시개발구역안에서 제116조의2 제17항 각 호에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 시설을 새로이 설치하는 경우의 ⁠‘투자금액’은 기존 사업장에 투자한 시설의 처분 금액과는 상관없이 도시개발구역안의 사업장에 투자한 금액임

출처 : 국세청 2013. 01. 11. 법인세과-27 | 국세법령정보시스템