요지
사업자가 면세사업과 과세사업인 부동산임대업 등에 사용하기 위한 건물을 신축하는 경우 관련 매입세액은 실지귀속이 확인되는 면적이 있는 경우에는 그에 따라 공제하고, 불분명한 경우에는「부가가치세법 시행령」제81조제4항에 따라 안분계산 하는 것임
회신
사업자가 면세사업과 과세사업인 부동산임대업 등에 사용하기 위한 건물을 신축함에 있어 과세사업과 면세사업, 과세ㆍ면세 공통사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 해당 건물의 신축에 관련된 매입세액은 「부가가치세법시행령」 제81조제4항제3호에 따라 총예정사용면적(각각의 사업에 공통으로 사용되는 공유면적은 제외함)에 대한 과세사업, 면세사업 또는 과세ㆍ면세 공통사업에 관련된 예정사용면적비율로 안분계산하여 매입세액을 구분한 다음, ①과세사업에 관련된 매입세액은 공제하고 ②면세사업에 관련된 매입세액은 불공제하는 것이며 ③과세ㆍ면세 공통사업에 관련된 매입세액은 같은 법 시행령 제81조제4항제2호에 따라 총예정공급가액에 대한 과세사업 또는 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 과세사업에 관련된 매입세액은 공제하고, 면세사업에 관련된 매입세액은 불공제하는 것입니다.
[관련 참고자료]
1. 사실관계
가. 질의자(이하 “당사”라 함)는 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률에 의하여 서울특별시가 100% 출자한 지방 공기업임
나. 당사의 주요 매출은 시장사용료(면세), 임대료, 주차료(과세)이며, 시장을 3단계로 나누어 건물을 재건축하려고 함
(1) 재건축방법은 1단계는 임대시설 및 관리업무동, 2~3단계는 도매시설 및 그 부대시설로 나누어 단계적으로 진행할 예정으로 현재 1단계사업이 진행 중임
(2) 1단계와 2~3단계의 건물은 서로 차량이 통행할 수 없도록 난간을 설치할 계획임
다. 1단계 재건축중인 건물은 7개동이며, 그중 1개 동은 당사의 관리업무 등을 위해 사용하고 나머지 6개 동은 당사의 임대수입이 발생하는 임대시설임
(1) 당사가 사용하는 1개동도 전체면적의 약68%는 임대시설이고, 32%가 당사가 사용하는 부분으로 직원들은 도매시장관리 운영, 임대시설관리, 시설물유지보수, 시장사용료 징수 등의 업무를 수행함
(2) 7개동의 공용시설로 주차장 및 기계설비 등의 관련시설 등의 시설이 설치될 예정이며, 재건축 중 영업상 매출은 발생하지 않음
(3) 철거중에 발생하는 고제(철근 등) 및 공사 중에 발생하는 부자재(암반) 등에 대한 매각으로 수익이 발생하는 아주 미미한 수준으로 영업외수익에 해당함
2. 질의내용
가. 단일지번, 단일사업장인 경우 당사의 매입세액안분계산 방법은
나. 추후 1단계 구역과 2~3단계 구역의 통로를 개설하는 경우 추가공사비에 대한 매입세액안분계산방법은
다. 당사가 사용하는 부분은 면세사업에 관련된 면적인지
3. 관련된 법령 및 유사해석사례
○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】
사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.
○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】
① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
출처 :
국세청 2013. 08. 28. 부가가치세과-768 | 국세법령정보시스템
