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이자소득 외에 수익사업이 없는 비영리내국법인이 원천징수되지 아니한 원천징수대상 이자소득에 대하여 「법인세법」 제62조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하였으나 과세표준 확정신고기한 경과 후 해당 이자소득에 대하여 원천징수의무자에게 과세된 경우 그 원천징수대상 이자소득은 기한후신고 할 수 없음
이자소득 외에 수익사업이 없는 비영리내국법인이 원천징수되지 아니한 원천징수대상 이자소득에 대하여 「법인세법」 제62조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하였으나 과세표준 확정신고기한 경과 후 해당 이자소득에 대하여 원천징수의무자에게 과세된 경우 그 원천징수대상 이자소득은 「국세기본법」 제45조의 3에 따른 기한후 신고에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 과세표준에 포함할 수 없는 것입니다.(법규과-1465, 2012.12.11.)
1. 질의내용 요약
가. 사실관계 및 질의요지
○질의법인은 이자소득 외에 수익사업이 없는 비영리법인
-은행에서 2008~2011년 기간동안 질의법인의 이자소득에 대하여 원천징수대상이 아닌 것으로 착오판단하여 원천징수하지 않았음
-질의법인은 원천징수된 세액이 없어 법인세 신고를 하지 않았음
-2012년에 국세청에서 원천징수되지 않은 세액에 대하여 기획점검을 실시하여 은행에 원천징수세액과 가산세를 납부하도록 하였음
○질의요지 : 2012년에 은행을 통하여 원천징수된 해당 세액에 대하여 기한후신고 할 수 있는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등
○ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준 신고 특례】
① 비영리내국법인은 제3조제3항제2호에 따른 이자·할인액 및 이익(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.
② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○법인세법 시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】
① 법 제62조제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.
② 법 제62조제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.
○ 법인세법 제73조 【원천징수】
① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.
1. 「소득세법」 제127조제1항제1호의 이자소득금액
2. 「소득세법」 제127조제1항제2호의 배당소득금액[같은 법 제17조제1항제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁(이하 제8항에서 "투자신탁"이라 한다)의 이익만 해당한다]
나. 관련 예규
○ 조심2010서851, 2011.4.14.
비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 법인세 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 이미 원천징수방법으로 분리과세되어 납세의무가 종결된 것으로 보아 기한 후 신고에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산시 과세표준에 포함시킬 수 없는 것으로 봄이 타당하고○○○, 이를 명확히 하기 위하여 「국세기본법」 제3조 제1항(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정) 및 「법인세법 시행령」 제99조 제2항(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정)을 각각 개정한 것으로 나타나므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.