요지
비영리내국법인이 원천징수된 이자소득중 신고기한내에 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없음
회신
비영리내국법인이 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의하여 법인세 과세표준신고를 함에 있어 원천징수된 이자소득중 신고기한내에 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 납세의무가 종결된 것으로, 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없는 것입니다
1. 질의내용
○신고누락한 이자소득을 수정신고 후 원천징수세액에 대해 경정청구 가능한 지 여부
2. 사실관계
○질의법인은 수익사업으로 부동산임대소득을 영위하고 있으며 부동산 임대소득과 이자소득이 발생
○2012 사업연도 법인세 신고시 부동산임대소득과 이자소득을 신고하였으나 신고 후 2013년 8월경 예금이자 50,000,000원이 신고누락된 사실 발견
3. 관련 법령
○법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】
① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
○ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】
① 비영리내국법인은 제3조제3항제2호에 따른 이자·할인액 및 이익(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.
② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법 시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】
①법 제62조제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.
②법 제62조제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.
○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 법인세법 제73조 【원천징수】
① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.
1. 「소득세법」 제127조제1항제1호의 이자소득금액
2. 「소득세법」 제127조제1항제2호의 배당소득금액[같은 법 제17조제1항제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁(이하 제8항에서 "투자신탁"이라 한다)의 이익만 해당한다]
○ 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】
① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.
② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.
○ 국세기본법 제3조 【세법 등과의 관계】
① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법에서 이 법 제2장제1절, 제3장제2절·제3절·제4절제26조(「조세특례제한법」 제99조의5에 따른 납부의무 소멸특례만 해당한다) 및 제5절, 제4장제2절(「조세특례제한법」 제104조의7제4항에 따른 제2차 납세의무만 해당한다), 제5장제1절·제2절제45조의2·제2절제45조의3(「법인세법」 제62조에 따른 비영리내국법인의 과세표준신고의 특례만 해당한다)·제3절(「조세특례제한법」 제100조의10 및 같은 법 제100조의34에 따른 가산세만 해당한다), 제6장제51조 및 제52조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다.
4. 관련 사례
○ 재정책-708, 2009.07.09
비영리법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 법인세법 제62조의 규정에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 경우, 당해 이자소득을 국세기본법 제45조의 3의 규정에 따른 기한후 신고에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 과세표준에 포함시킬 수 없음
○ 국세청 법인-3688('08.11.28)
비영리내국법인이 ｢법인세법｣ 제60조의 규정에 의한 법인세 과세표준 신고시 과세표준에 산입한 이자소득에 대하여는 신고기한이 경과한 후 수정신고 또는 경정 등을 통하여 다시 같은 법 제62조에 규정하는 원천징수에 의한 과세방법으로 변경할 수 없음.
○ 법인46012-1198, 2000.05.22
[질 의]
비영리내국법인이 원천징수 대상 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고납부하였으나 신고후 일부 이자소득금액이 누락된 사실이 발견된 경우 경정 등의 청구에 의하여 누락된 이자소득을 과세표준에 포함하여 원천징수된 이자소득세를 환급받을 수 있는지 질의함
[회 신]
비영리내국법인이 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의하여 법인세 과세표준신고를 함에 있어 원천징수된 이자소득중 신고기한내에 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 납세의무가 종결된 것으로, 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다.
○ 국심2000서2431, 2001.02.13
당초 법인세 과세표준신고시 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 신고하지 않았다면 쟁점이자소득은 원천징수로서 과세절차가 종결된 것임
○ 서이46012-10574, 2002.03.21
비영리내국법인이 법인세법 제62조 규정에 의한 과세표준신고특례를 적용함에 있어서 이자소득에 대한 분리과세 원천징수방법은 매 사업연도 마다 법인이 선택하여 적용할 수 있는 것이며
이 경우 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있는 것이나 당초 과세표준에 포함하여 신고한 이자소득에 대하여는 수정신고 및 경정청구에 의하여 분리과세 원천징수 방법으로 변경할 수 없는 것입니다.
○ 국심2005전3726, 2006.04.24
3) 비영리내국법인의 과세표준신고 특례규정 관련법령인 법인세법 제62조 및 같은법 시행령 제99조를 살펴보면, 비영리내국법인은 국내에서 받는 예금의 이자 등 원천징수된 이자소득에 대하여는 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있다.
4) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인은 장학사업을 영위하는 비영리내국법인으로 2000사업연도에 쟁점이자소득만 발생하여 과세표준신고를 하지 아니한 사실이 확인되고, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 경정청구 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없으므로 쟁점 원천징수분 이자소득세를 환급하여 달라는 청구법인의 주장은 적법하지 아니한 것으로 보여진다
○ 국심2002광 580, 2002.05.22
청구법인은 쟁점이자소득을 위 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로서 손금계상하지 아니하였을 뿐더러 법인세법 제62조는 비영리 내국법인의 과세표준신고 특례를 규정하면서 쟁점이자소득세와 같이 원천징수된 이자소득에 대하여는 같은법 제60조 제1항의 규정에 따른 법인세 과세표준 및 세액신고를 하지 아니할 수 있다고 규정함과 동시에 동 신고를 하지 아니한 이자소득은 원천징수로서 그 과세절차가 종결되는 것이고 이를 수정신고 또는 경정 등에 의하여 다시 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있는 바, 쟁점 이자소득세의 경우 청구법인이 당해 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금산입하여 법인세 신고기한내에 고유목적사업준비금 조정명세서를 첨부하여 제출하지 아니함에 따라 동 이자소득은 원천징수에 의하여 과세절차가 종결되었으므로 처분청이 쟁점이자소득세의 환급을 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(국심 2000구 2098, 2001. 3. 13 등도 같은 뜻임).
○ 국심2000서2644, 2001.3.2.
청구법인은 1998. 8. 27 ○○○세무서장으로부터 수익사업을 하지 않는 비영리법인의 고유번호증(120-82-XXXXX)을 교부받은 한국선물거래소 발기인회로 1998사업연도중에 발생한 이자소득에 대하여 100,636,040원을 원천징수납부한 후 당해 소득의 법정신고기한(1999. 3. 31)이 지난 2000. 3. 31 위 원천납부세액을 환급세액으로 하여 1998사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 처분청에 제출하였다.
처분청은 이에 대하여 2000. 6. 12 법인세법 제62조 제1항에 의거 청구법인은 이자소득만 있는 비영리법인으로 원천징수방법으로 납세의무가 종결되었으므로 1998사업연도 법인세 환급은 불가하다는 내용의 검토결과를 통지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2000. 9. 14 이 건 심판청구를 제기하였으나, 앞에서 본 법인세법 관련규정에 의하면 청구법인은 이 건 이자소득에 대하여 1998사업연도 법인세 과세표준 신고기한내에 신고를 하지 아니하여 분리과세 원천징수방법으로 납세의무가 종결되었고 이에 대하여는 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 바, 처분청의 환급불가 통지는 경정청구에 대한 거부처분에 해당하지 아니하고, 또한 청구법인은 세법에 의하여 납부하여야 할 세액이 있는 자가 아니므로 청구법인의 2000. 3. 31 신고는 국세기본법 제45조의 3에 의한 기한 후 신고에도 해당되지 아니하여 위 처분청의 통지는 과세관청이 민원측면에서 환급이 불가하다는 내용을 알려주는 사실행위에 불과한 것으로 이로 인해 청구법인의 권리 또는 이익이 침해된 것이 없어 불복청구의 대상이 되는 처분이 없는데도 처분이 있는 것을 전제로 한 이 건 심판청구는 부적법한 청구로 판단된다.
출처 :
국세청 2013. 10. 31. 법인세과-594 | 국세법령정보시스템
