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폐기물 처리시설 위탁운영비 부가가치세 과세 여부

부가가치세과-475  ·  2013. 05. 28.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 지방자치단체로부터 음식물류 폐기물처리시설을 위탁받아 운영하고 운영비를 지급받는 경우 부가가치세가 과세되는지 궁금합니다.

S요약

지방자치단체의 음식물류 폐기물처리시설을 폐기물 중간처리업 허가를 받은 사업자가 위탁 운영하고, 운영비를 지방자치단체로부터 수령하는 경우 부가가치세가 과세된다고 판단됩니다. 이는 폐기물관리법 제25조에 따라 허가받은 사업장이 아닌 위탁시설 운영에 대해 부가가치세법상 면세 적용 사유가 해당하지 않기 때문입니다.
#음식물류폐기물 #위탁운영 #폐기물처리시설 #민간위탁대행료 #부가가치세 과세 #폐기물관리법
핵심 정리

R회신 내용 부가가치세과-475  ·  2013. 05. 28.

  • 국세청 부가가치세과-475(2013.05.28) 및 부가가치세과-4620(2008.12.04) 회신에 따름.
  • 폐기물관리법 제25조에 따라 허가를 받은 사업자가, 본인의 허가 사업장이 아닌 지방자치단체의 음식물류 폐기물처리시설을 위탁 운영하는 경우, 이에 대한 운영비(민간위탁대행료)는 부가가치세법 시행령 제29조 제11호의 면세 대상에 해당하지 않는 것으로 보입니다.
  • 따라서 지방자치단체로부터 운영비를 지급받는 경우, 해당 금액에 대해 부가가치세가 과세되는 것으로 판단됩니다.
  • 이는 위탁 운영하는 시설이 폐기물 중간처리업자의 허가 사업장이 아니라는 점에서, 부가가치세법 시행령상의 면세 규정 적용 대상이 아님을 근거로 합니다.
  • 실무적으로는 사업자가 발급하는 세금계산서에 부가가치세를 별도로 포함하여야 함을 유념할 필요가 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제12조: 국가, 지방자치단체 등이 공급하는 재화 또는 용역 중 대통령령으로 정하는 것에 대해 부가가치세 면세 규정
  • 부가가치세법 시행령 제29조 제11호: 폐기물관리법 제25조 허가 사업자가 공급하는 생활·의료폐기물 처리용역, 또는 제29조에 따라 설치 신고한 사업자가 공급하는 재활용용역은 의료보건용역으로서 면세
  • 폐기물관리법 제25조: 폐기물 중간처리업의 허가 및 사업장 구분 명확화
  • 폐기물관리법 제29조: 폐기물처리시설의 설치 신고·승인과 관련한 규정
사례 Q&A
1. 지방자치단체 음식물류 폐기물처리시설을 위탁 운영 시 운영비에 부가가치세를 붙여야 하나요?
답변
네, 해당 위탁 운영비는 부가가치세가 과세될 수 있습니다.
근거
국세청 유권해석에 따르면 면세 요건에 부합하지 않아 부가가치세가 과세된다고 회신하였습니다.
2. 폐기물관리법상 허가 사업장이 아닌 음식물류 폐기물처리시설 운영위탁도 부가세가 면제될 수 있나요?
답변
면세 적용 대상이 아니라 부가가치세가 면제되지 않습니다.
근거
부가가치세법 시행령 제29조 제11호는 본인 허가 사업장 직접 공급에만 면세를 허용합니다.
3. 음식물류 폐기물처리시설 민간위탁대행료 세금계산서 발행 시 유의점은?
답변
운영비 전체에 대해 부가가치세를 별도 계산하여야 합니다.
근거
실무적으로 과세사업 수행에 해당하므로 세금계산서에 부가가치세를 별도 표시해야 합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

「폐기물관리법」에 따라 폐기물 중간처리업 허가를 받은 사업자가 지방자치단체의 음식물류 폐기물처리시설(당해 폐기물중간처리업의 허가 사업장이 아님)을 위탁운영하고, 당해 시설의 위탁운영에 따른 소요경비(운영비)를 지방자치단체로부터 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임

회신

귀 질의의 경우에는 기존 해석사례(부가가치세과-4620, 2008.12.04)를 참고하시기 바랍니다.

○ 부가가치세과-4620, 2008.12.04
 ⁠「폐기물관리법」제25조에 따라 폐기물 중간처리업 허가를 받은 사업자가 같은 법 제29조에 따라 설치 신고한 지방자치단체의 음식물류 폐기물처리시설(당해 폐기물중간처리업의 허가 사업장이 아님)을 위탁운영하고, 당해 시설의 위탁운영에 따른 소요경비(운영비)를 지방자치단체로부터 받는 경우에는「부가가치세 시행령」제29조제11호에 해당되지 아니하여 부가가치세가 과세되는 것임

[관련 참고자료]

1. 사실관계

 가. 질의자는 지방자치단체인 ☆☆시로서 음식물류폐기물 자원화처리시설(폐기물 처리시설) 운영을 민간위탁하려고 함

 나. 위탁시설의 소유자는 ☆☆시장이고, 처리대상 폐기물은 관내발생 음식물류폐기물로서 처리방법은 퇴비 및 퇴비중간원료를 생산하려고 함

 다. 수탁자는 폐기물관리법 제25조에 따른 폐기물처리업자로서, 반입된 음식물류 폐기물을 파쇄, 탈수, 발효, 후부수 등 일련의 공정을 거쳐 퇴비 또는 퇴비중간원료를 생산하여 수탁자 소유의 퇴비생산 공정에 반입하여 퇴비생산 후 판매

2. 질의내용

 ○ 지방자치단체가 폐기물처리업자에게 음식물류폐기물 자원화처리시설을 운영하도록 하고 지급하는 민간위탁대행료의 부가가치세 과세여부

3. 관련된 법령 및 유사해석사례

부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

18. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

부가가치세법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】

법 제12조제1항제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(「의료법」 또는 ⁠「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

11. 「폐기물관리법」 제25조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 같은 법 제29조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

출처 : 국세청 2013. 05. 28. 부가가치세과-475 | 국세법령정보시스템