대규모 개발사업 미착공 토지 환매 시 비사업용 토지 해당 여부

요지

대규모 도시개발사업에 대한 실시계획을 지방자치단체로부터 승인받아 해당 계획에 따라 순차진행하던 중 효율적인 개발 및 가속진행을 위해 미착공된 일부 토지를 지방자치단체에 다시 환매하는 경우 양도되는 토지는 정당한 사유에 해당하여 비사업용 토지로 보지 아니함

답변내용

송도 국제업무단지에 대해 인천광역시와 공동 개발사업시행자로 지정된 내국법인이 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따라 승인된 개발계획과 실시계획에 따라 순차적 개발 진행 중에 있었으나
세계금융위기의 여파로 부동산시장이 냉각되고 상업용 건물의 수요가 급감하는 등의 경제여건 변화로 개발이 지연되는 상황에서 이에 대한 감사원의 지적과 대책요구에 따라 실시계획을 변경하고 개발가속화 및 안정적 사업추진에 대한 계약을 체결하고 이에 따라 개발대기 중이던 일부 미착공 토지를 공동개발사업 시행자인 인천광역시에 취득원가와 보유비용(재산세 및 금융이자비용 등)을 합산 가액으로 처분이익이 없이 양도한 경우
해당 양도된 개발 대기 중인 토지가 업무에 사용되었는지 여부는 개발대상 부지 전체를 기준으로 판단하여 실시계획에 따라 공사에 순차적으로 착공되었고 중단 없이 계속 진행 중이라면 비사업용 토지로 볼 수 없고
인천광역시와의 개발가속화 및 안정적 사업추진에 대한 계약 및 실시계획의 변경에 따라 인천광역시에 환매하는 경우로서 순차적 개발에 따라 불가피하게 개발대기 중인 기간은 ⁠「법인세법 시행규칙」 제46조제13조에 따른 정당한 사유에 해당하여 비사업용으로 보는 기간에서 제외되는 것으로
해당 양도된 개발 대기 중인 토지에 대해서는「법인세법」제55조의2 제1항 제3호를 적용할 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

□ 사업시행자 지정과 개발 경과

○ 갑법인은 2003.8.11. 인천광역시(이하 ⁠“인천시”라 함)와 함께 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣(이하 ⁠“경자법”이라 함)에 따라

  - 인천경제자유구역 송도 국제업무단지(이하 ⁠“국제업무단지”)의 공동 개발사업시행자로 지정되었음

○ 국제업무단지는 인천 송도 연안 매립지 중 1, 3공구 일원 5.77㎢(173만평, 여의도 약 2배)를 동북아시아 국제업무 중심지로 조성하는 초대형 도시개발 사업으로,

  - 부지 매입 후 단기간에 일괄 개발하는 일반 개발사업과는 달리

  -공유수면 매립, 도로 등 기반시설 설치, 주거·학교·공원·병원 등 정주환경 조성, 기업유치를 통한 상업업무시설 개발 등 장기간에 걸쳐 단계적으로 개발하는 장기 프로젝트임

○ 국제업무단지 부지 중 1공구는 2004.5.10., 3공구는 2006.11.17. 각각 매립준공인가를 받아,

  - 경자법에 따라 2005.11.25. 최초 실시계획 승인을 받은 후 도로 등 기반시설 공사 착수하였고,

  - 1공구는 2009. 10월, 3공구는 2012. 5월 각각 기반시설 설치를 완료

 ○ 이와 동시에 갑법인은 국제학교, 컨벤션센터, 골프장, 아트센터 등을 건설하여 기부채납 완료 또는 예정임

  - 2005.3월 착공한 컨벤션센터를 2009.7월 완공하여 인천시에게 기부채납하였을 뿐만 아니라,

  - 2007.1월 착공한 중앙공원을 2009.8월 기부채납하고, 2009.6월 착공한 아트센터는 현재 공사 진행중으로 2016년 3월에 완공하여 기부채납할 예정

  - 위와 같은 컨벤션센터, 중앙공원, 아트센터는 본건 사업부지의 랜드마크가 되는 대단위 건축물로 인천경제청 홈페이지를 통해서 확인할 수 있으며,

  - 랜드마크가 되는 건축물 외에도 사업부지 내의 도로, 쓰레기집하시설 등의 기반시설도 기부채납 완료하였고,

  - 그 외에 사업부지 곳곳에 녹지를 조성하여 기부채납하였거나, 기부채납예정임

○ 핵심시설인 국제업무시설(오피스)은 여의도 63빌딩 30여개에 상당하는 초고층 오피스들을 개발하는 사업으로 국내외 대기업, 유수기업들의 투자유치가 관건이며,

  - 오피스 부지가 모두 개발 완료되기까지는 최소 30년 이상 소요될 것으로 예상됨

○ 한편, 갑법인은 일부 도로, 공원녹지, 공립학교 등 조성된 기반시설을 인천시에 기부채납하였음

□ 사업대상부지 매매 및 쟁점부지 재매입(반환) 경과

○ 갑법인은 2002.3.20. 인천시와 국제업무단지 부지를 매입하기로 하는 ⁠‘토지공급계약’을 체결하였고,

  - 2005.11월 경자법에 따라 개발계획과 실시계획을 승인받은 후,

  -위 토지공급계약에 따라 2005. 12월 B1, C1, C2, C6-1 등의 필지(이하 ⁠“쟁점부지”)를 포함한 국제업무단지 사업부지를 인천시로부터 공급받았음

  - 갑법인은 대규모 개발사업 특성 상 단계적으로 개발에 착수되어 전체 부지를 바로 개발할 수 없음에도 불구하고, 인천시의 재정 등을 고려하여 부지가 매립되는 즉시 일괄 매입하였음

○ 갑법인은 위와 같이 공급 받은 토지를 경자법에 따라 승인된 개발계획과 실시계획에서 정한 용도 및 처분계획 대로만 사용하거나 매각할 수 있으며,

  - 갑법인과 인천시 간에 2005.8.29. 체결된 개발 합의서는 갑법인에게 주거시설과 상업·업무시설을 1:1 수준으로 연동개발^*하도록 하는 의무를 부여하고 있음

    * 주거시설과 상업·업무 시설이 당사자간 미리 정한 비율에 맞춰서 개발되도록 인천시가 주거 및 상업·업무시설 개발에 대한 인허가를 통제하는 방식으로 이뤄짐

○ 위 연동개발 의무에 근거하여 아래와 같이 미리 정해진 일정에 따라 각 필지별로 순차적으로 개발이 진행됨에 따라,

  - 쟁점부지의 경우 2005.12월 토지 공급거래일 이후에도 일정기간 동안 ⁠‘개발 대기 중’인 상황이었음

   [표1] 실시계획에 따른 쟁점부지별 개발일정 현황

○ 한편, 개발 진행과정에서 글로벌 경기침체 등으로 인한 상업시설 수요가 급감하여 기존 인천시와 갑법인 간의 개발 합의에 따른 1:1 연동개발 조건 충족이 불가능해짐에 따라,

  - 2008년 중반부터 연동개발 조건 완화 및 일부부지의 인천시 반환 등을 협의하기 시작하였고, 이에 따라 쟁점부지에 대한 개발 착수가 유보되었음

○ 2009.4.3. 신청인과 인천시는 ⁠‘개발 가속화 및 안정적 사업추진에 관한 양해각서’(본 계약은 2010.4.30. 체결)를 통해 쟁점부지를 인천시가 지정하는 자 또는 인천시가 직접 재매입 하기로 협의하였으며,

  - 세부적인 매수단가 및 매수 방식 등에 대한 논의 과정 중 2009. 12월 감사원의 인천시에 대한 지적^*에 따라

    * 감사원은 인천시에게 동 건 개발사업이 지연되고 있는 점을 지적하면서 쟁점부지에 대한 환매가격을 원가수준에서 조속하게 마무리 하고 개발사업을 가속화하는 방안을 추진할 것을 요구함

  - 매수단가가 토지 공급 원가 수준(원 토지대금 ＋ 취득 및 보유 관련 세금 ＋ 금융비용)으로 결정되어 쟁점부지 반환 과정에서의 신청인의 실질적 거래차익은 원천적으로 배제되었음

○ 갑법인 입장에서는 원가수준 가격으로 위 토지를 재매각할 유인이 적었으나,

  - 피감사기관인 인천시의 입장을 고려하고, 인허가권자이기도 한 인천시와의 협의를 통해 연동개발조건을 완화하여 개발사업을 가속화하기 위해서 인천시의 요구를 수용하였음

○ 한편,재매입 약정 상 잔금청산일은 2012.6.29.이었으나, 인천시의 자금사정으로 인해 잔금 청산일이 2012.9.28.로 1차 연기되었고, 다시 2013.1.31.로 2차 연기된 후에서야 이행이 완료되었음

   [표2] 쟁점부지 취득 및 양도 현황

      - 취득일 : 2005.12.21. 양도일 : 2013.1.31.

단위:백만원

     * 법인세법 제55조의2 [토지 등 양도소득에 대한 과세 특례]에 따른 양도소득 산정할 때 쟁점부지의 장부가액 합계는 21,304백만원

 ○ 갑법인은 분기별로 본건 사업의 감독청인 인천경제청에 개발사업추진실적보고서 제출

  - 해당 보고서에 따르면 토지면적 기준으로, 준공비율 54% 및 착공비율 13%로 전체 사업부지의 67%가 공사가 완료되었거나 진행 중임

   [표3] 전체계획 대비 준공/착공 현황

('13년 2분기 기준)

구분

사업

사업비

(억원)

토지면적

(㎡)

건축연면적

(㎡)

비고

(사업수 비중)

전체

사업계획(A)

80

236,308

3,655,475

9,772,284

100%

주거

33

123,733

1,337,791

5,145,687

41%

상업업무

29

92,725

565,305

4,036,314

36%

기타

18

19,850

1,752,379

590,284

23%

준공실적(B)

20

80,528

1,968,285

3,020,949

100%

주거

9

57,910

526,450

2,140,167

45%

상업업무

5

14,595

98,526

645,366

25%

기타

6

8,023

1,343,309

235,416

30%

추진실적(B/A)

25%

34%

54%

31%

추진중인

사업현황(C)

13

56,766

489,254

2,336,043

100%

주거

7

28,798

270,238

1,186,232

54%

상업업무

5

25,358

169,110

1,061,128

38%

기타

1

2,610

49,907

88,683

8%

추진실적(C/A)

16%

24%

13%

24%

미착수

사업현황(D)

47

99,014

1,197,936

4,415,292

100%

주거

17

37,025

541,104

1,819,288

36%

상업업무

19

52,772

297,670

2,329,820

40%

기타

11

9,217

359,163

266,184

23%

추진실적(D/A)

59%

42%

33%

45%

2. 신청내용

○ 송도 국제업무단지에 대해 인천광역시와 공동 개발사업시행자로 지정된 내국법인이 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따른 개발계획과 실시계획에 따라 순차적 개발 대상에 해당되던 일부 부지를

  - 감사원의 사업시행 지연에 대한 지적 및 대책요구에 의해 개발사업 가속화를 위한 공동개발 당사자 간 협의에 따라 인천시가 원가수준에서 다시 매입하는 경우,

  - 해당 부지가 ｢법인세법｣ 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】제1항 제3호에 따른 비사업용 토지에 해당되는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 ⁠“토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ② 제1항 제3호에서 ⁠“비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

   다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

 ③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】

  법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

  1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

  가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○법인세법 시행령 제92조의8 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

 ① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  3. ⁠「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

 13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지

○ 법인세법 시행령 제92조의11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

  1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

  2. 토지를 취득한 후 ⁠「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

  3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

 ③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

  1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

  2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정 고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정 고시일부터 5년 이전인 토지

  3. 법 제55조의2제2항제1호나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

  4. ⁠「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

  5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○ 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

  1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

  2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

 13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

출처 : 국세청 2013. 11. 07. 법규법인2013-414 | 국세법령정보시스템