감사원 결정에 따른 매입세액 불공제 수정신고 시 가산세 감면 사유

요지

과세관청의 결정에 따라 과세거래로 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제하던 중 거래처가 제기한 감사원 심사결정에서 영세율로 확인되어 매입세액을 불공제하여 수정신고하는 경우는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당됨

회신

귀 서면질의의 경우, 과세관청의 결정에 따라 과세거래로 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제하던 중 거래처가 제기한 감사원 심사청구에 대한 결정에서 영세율로 확인되어 매입세액을 불공제하여 수정신고하는 경우는 ⁠「국세기본법」제48조제1항에 따라 가산세를 감면받을 수 있는 정당한 사유에 해당됩니다

1. 질의내용 요약

가. 사실관계

 ○甲공사는 도시철도를 운영하고 있으며 그와 관련된 각종 시설의 개/보수 및 신/증설 등의 건설공사를 발주하여 시행하고 있음

  - ⁠「조세특례제한법」제105조제1항제3호에 따라 영세율이 적용되는 도시철도건설공사와 관련된 지장전주(한전소유) 이설공사에 대하여 한국전력공사로부터 영세율세금계산서를 수취함

 ○ 2011년1월 과세관청이 지장전주 이설비용은「부가가치세법」상 용역의 공급으로 과세대상에 해당된다고 하여 **공사에게 2005년2기～2010년1기 부가가치세를 고지하자

  - **공사는 고지된 부가가치세를 납부하고 甲공사에 부가가치세를 요구하는 구상권을 청구한 후 감사원에 심사청구를 제기함

 ○ 甲공사는 국세청 부과결정 이후부터 현재까지 지장전주 이설공사와 관련된 거래에 대하여는 과세거래로 처리해 왔으나

  -2012.9월 감사원(감심-147, 2012.9.27.)은 지장전주 이설비용은 ⁠「토지보상법」상 이전비로 손실보상금에 해당되어「부가가치세법」상 용역의 공급으로 볼 수 없어 부과처분은 취소되어야 한다고 결정함에 따라 甲공사는 매입세액 불공제분에 대하여 수정신고를 하고자 함

나. 질의요지

 ○ 과세관청의 결정에 따라 과세거래로 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제하던 중, 거래처가 제기한 감사원 심사청구에 대한 결정에서 영세율로 확인되어 매입세액을 불공제하여 수정신고하는 경우가 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령

○ 국세기본법 제47조 【가산세 부과】

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당 하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다(후단 생략)

 3. 국가·지방자치단체 또는 도시철도법의 적용을 받는 도시철도공사(부산교통공단법에 의한 부산교통공단을 포함한다)에 직접 공급하는 도시철도건설용역

  나. 유사사례

○ 징세과-1388, 2009.03.11.

  납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ⁠‘정당한 사유’가 있는 때에는 ⁠「국세기본법」제48조제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 바, 이때의 ⁠‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것으로 이에 해당되는지 여부는 개별적 사안에 따라 판단하는 것임

○ 기획재정부 조세정책과-89, 2011.01.21

  납세자가 신고의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 인정되어 과소신고가산세가 부과되지 않은 경우에는 국세기본법 제48조제1항에 따라 납부불성실가산세도 부과되지 아니하는 것임

○ 기획재정부 조세정책과-945, 2009.09.22

  당초 관할 세무서가 정당하게 경정ㆍ고지하여 납세자가 납부한 종합소득세액을 관할지방국세청이 고충민원처리로 시정의결하여 납세자에게 환급하였다가 감사원의 시정요구에 의하여 다시 고지한 경우는 국세기본법 제48조의 규정에 따라 가산세를 감면받을 수 있는 정당한 사유에 해당하는 것임

○ 법규과-4311, 2008.10.15.

  법인이 납세지 관할세무서장 등의 경정내용을 기준으로 이와 연관되는 그 다음사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 신고ㆍ납부하였으나, 당초 경정 사업연도분에 대한 심판결정에 의해 당해 연관된 사업연도의 소득금액 및 과세표준과 세액을 증액하여 재경정하는 경우에는 당해 법인에게 과소신고 및 과소납부의 귀책사유가 없는 것이므로 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 징수하지 아니하는 것임(법인세과-3129, 2008.10.28.)

○ 법규과-1576, 2011.11.29

  납세자가 법인세 신고기한 전에 국세청으로부터 질의회신을 받아 회신내용대로 법인세법 규정을 적용하여 법인세를 신고·납부하였으나, 이후 감사원의 시정요구에 따라 회신내용과 다르게 경정하는 경우, 해당 사업연도에 대하여는 가산세를 부과하지 않는 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 있음

○ 법규과-1297, 2012.11.06

  아이템할인이 판매수수료로서 부가가치세 과세표준에 포함된다는 감사원의 지적에 따라 아이템할인을 손금산입하여 법인세를 환급한 후, 조세심판원이 아이템할인은 「부가가치세법」 제13조제2항제1호의 에누리액에 해당되어 과세표준에서 제외된다고 결정함에 따라 아이템할인액을 다시 손금에서 제외하여 법인세를 재고지하는 경우는「국세기본법」제48조제1항에 따라 가산세를 감면받을 수 있는 정당한 사유에 해당하는 것임

○ 대법원95누10181, 1995.11.14.

  원심은 원고가 이 사건 부동산의 양도와 관련하여 국세청장에게 양도소득세부과대상인지 여부에 관하여 질의하였는바, 국세청장도 원고의 질의에 대한 회신에서 '법령 또는 행정명령 등에 의한 부득이한 사유로 인하여 폐업 또는 휴업한 상태에서 공장을 양도한 사실이 객관적으로 명백하게 확인되는 경우에는 계속하여 가동하던 공장의 이전으로 본다'는 취지의 회신을 한 바 있고, 이에 따라 원고가 이 사건 부동산의 양도에 대한 양도소득세 등의 감면신청서를 첨부하여 자산양도차익예정신고를 하였고, 피고도 원고의 감면신청을 받아들여 위 양도소득세 등에 대하여 전액을 감면세액으로 하여 예정결정하여 원고도 그것으로써 이 사건 양도소득세 등의 문제는 종결된 것으로 믿고 있었으며, 그 후 감사원에서 이 사건 부동산은 그 양도전에 3년 이상 휴업하던 공장이므로 양도소득세감면대상에 해당되지 않는다는 지적을 하자, 피고는 뒤늦게 감면세액을 추징하는 것으로 경정하여 이 사건 과세처분을 하게 되었다면, 그러한 사정 아래에서는 원고는 이 사건 부동산의 양도가 감면대상이 아니고, 이 사건 부동산의 양도로 인하여 양도소득세를 납부할 의무가 있다는 사실을 알지 못한 데 대하여 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 원고에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 경우에 해당함

○ 대법원2009두3873, 2009.04.23

  세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(대법원2002두10780, 2004.06.24.), 원고들이 자기 나름의 해석에 의하여, 경품으로 제공한 상품권의 가액은 부가가치세 과세표준에서 공제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지는 오해에 불과하여, 원고들에게 부가가치세 신고ㆍ납부의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 원고들의 위 주장도 이유 없다.

출처 : 국세청 2013. 04. 19. 서면법규과-443 | 국세법령정보시스템