지자체가 분담금으로 취득한 건물의 부가가치세 과세 및 매입세액 공제 여부

요지

기초지자체로부터 분담금을 받고 공유자산을 사용할 수 있도록 허가한 경우, 해당 분담금에 대해서는 부가가치세법 시행령 제49조의2가 적용되지 아니하는 것이며, 기초지자체가 사용한 건물부분과 관련된 매입세액은 공제되지 아니하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 지자체가 지자체회관을 지자체 내 18개 시‧군에 사용하도록 하고 받은 분담금에 대하여「부가가치세법 시행령」 제49조의2가 적용되는지 여부는 기존 해석사례(재정경제부 부가가치세제과-186,2007.3.22)를 참조하시기 바라며, 지자체 내 18개 시‧군이 사용한 건물 면적과 관련된 매입세액은 공제되지 아니하는 것입니다.
○ 재정경제부 부가가치세제과-186, 2007.3.22
국가‧지방자치단체 등이 국‧공유재산인 토지 및 건물 등을 임대하면서 임차인으로부터 받는 보증금은 세외수입으로 보관되거나 또는 활용(다른 곳에 투자)이 제한되는 등 일반적인 보증금 활용과는 다른 성격으로「부가가치세법 시행령」제49조의2 제1항의 규정이 적용되지 아니합니다.

○ ★★와 기초단체가 각각 67억원과 66억원씩 부담하여 2006년말 쟁점 건물을 매입하였고, 건물의 소유자를 ★★지사로 하였음

 ○ 쟁점 건물은 ★★와 기초단체가 각각 연락사무소 및 정보교류센터로 사용하고 있으며 건물의 일부는 민간인에 임대를 하고 있음

 ○ ★★지사는 건물 매입을 위하여 기초단체로부터 균등하게 분담금을 지급받았으며, 이를 임시 세외수입으로 처리하였음

 ○ ★★지사는 쟁점 건물을 기초단체들이 별도의 대가 없이 사용하도록 공유재산 사용허가를 하였고, 계약기간은 3년이며, 기초단체가 사용계약기간 종료일 2개월 전에 사용허가취소를 신청하면

  - ★★지사가 원상복구와 관련된 사항을 확인한 후 당초 부담한 분담금을 각 기초단체에 반환하기로 하였음

2. 질의내용

○ ★★지사가 ★★와 ★★ 내 18개 시‧군(이하 ⁠‘기초단체’라 한다)이 분담한 자금으로 서울시내에 건물을 매입하여 ★★지사의 명의로 소유권 등기를 한 후 건물의 일부를 기초단체에 별도의 대가 없이 사용하도록 공유자산 사용허가를 한 경우

  (질의1) 기초단체가 분담한 자금을 ★★가 받은 임대보증금으로 보아 간주임대료를 계산하여야 하는지 여부

  (질의2) 기초단체가 사용한 건물면적에 관련된 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제1조【과세대상】

 ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

  1.재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제2조【납세의무자】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

  1.사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자

 ② 제1항에 따른 납세의무자는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체를 포함한다.

○ 부가가치세법 제7조【용역의 공급】

③ 사업자가 대가(對價)를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

○ 부가가치세법 제12조【면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  18. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액으로 한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

  2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제38조【국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】

  법 제12조 제1항 제18호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다.

  3. 부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업.

○ 부가가치세법 시행령 제49조의2【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】

 ① 사업자가 부동산임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우에는 법 제13조제1항제2호에 규정하는 금전 이외의 대가를 받는 것으로 보아 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 한다.

출처 : 국세청 2013. 03. 12. 서면법규과-275 | 국세법령정보시스템