이 분야의 변호사님에게 질문해보세요
도일석 프로필 사진
법률사무소 도준
도일석 변호사 빠른응답

도움드릴 준비, 되어 있습니다. 법률사무소 도준 도일석 변호사입니다.

부동산 가족·이혼·상속 민사·계약 형사범죄

중소기업 유예기간과 관계기업 기준 적용 관계

법규법인2012-437  ·  2013. 03. 07.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 상시근로자 수 초과로 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받던 내국법인이 2012.1.1. 이후 관계기업 기준(중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호다목 적용)으로 인해 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하게 되어 중소기업에서 제외되는 경우, 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 개정에 따른 새로운 중소기업 유예를 적용하거나 기존 유예기간을 계속 적용할 수 있는지 여부

S요약

2012.1.1. 이후 관계기업 기준을 반영하여 실질적인 독립성 요건을 충족하지 못해 중소기업에서 제외되는 경우는, 중소기업기본법 시행령의 개정으로 인한 것이 아니라 실질적 독립성 위반에 해당하므로 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 중소기업 유예 규정이 적용되지 아니하고, 이미 적용 중이던 유예기간도 그 사유가 발생한 사업연도부터 더 이상 적용받을 수 없는 것으로 판단됨.
#관계기업 기준 #중소기업 유예기간 #조세특례제한법 시행령 제2조 #실질적 독립성 요건 #중소기업기본법 시행령 제3조 #국세청 법규법인2012-437
핵심 정리

R회신 내용 법규법인2012-437  ·  2013. 03. 07.

  • 국세청 법규법인2012-437(2013.3.7.) 회신으로, 기획재정부 조세특례제도과-165(2013.2.26.) 해석 및 조세특례제한법 시행령 제2조 등을 근거로 본 질의에 대하여 유예기간 적용 불가로 답변한 것임.
  • 기획재정부 조세특례제도과-165(2013.2.26.) 해석에 따르면, 「중소기업기본법 시행령」(2009.3.25. 개정) 제3조 제2호 다목 신설과 「조세특례제한법 시행령」(2010.12.30. 개정) 제2조제1항제3호 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 않게 된 경우는, 조세특례제한법 시행령 제2조제5항의 “중소기업기본법 시행령 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”에 해당하지 않는다고 본 것임.
  • 따라서 2012.1.1. 이후 관계기업 기준을 적용함에 따라 중소기업에서 제외되는 경우는, 중소기업기본법 시행령의 개정으로 인한 범위 조정이 아니라, 조세특례제한법 시행령 제2조제1항제3호의 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하게 된 것으로 보아, 같은 조 제2항 단서 제3호의 실질적 독립성 위반 사유에 해당하는 것으로 판단되는 것임.
  • 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 제1항 제3호(실질적 독립성 규정)에 따른 기업 외의 기업에 해당되는 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있으므로, 관계기업 기준 적용으로 실질적 독립성을 상실한 기업은 유예기간 특례에서 배제되는 것임.
  • 이에 따라, 내국법인이 상시근로자 수 초과로 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받다가, 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 관계기업 기준(중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호다목)을 적용함에 따라 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호의 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하게 된 경우, 그 사유가 발생한 사업연도부터는 더 이상 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 회신한 것임.
  • 또한 이러한 경우는 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항이 정한 “중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”에 해당하지 않으므로, 별도의 새로운 3년 유예기간을 추가로 적용하는 것도 허용되지 않는다는 취지임.
  • 정리하면, 2012년부터 시행되는 관계기업 기준으로 인해 중소기업에서 제외되는 경우는 실질적 독립성 요건 위반으로 보아 중소기업 유예기간 규정을 적용하지 아니하며, 종전부터 적용받던 유예기간도 실질적 독립성 요건 미충족 사유가 발생한 사업연도분부터는 더 이상 인정되지 않는 것으로 해석된 것임.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항: 업종별 규모기준(중소기업기본법 시행령 별표1)에 따른 중소기업 범위를 규정하고, 상시 종업원 수·자기자본·매출액·자산총액이 일정 규모 이상이면 중소기업에서 제외
  • 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호: 중소기업은 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합해야 하며, 관계기업 등 독립성 요건을 충족하지 못하면 중소기업에 해당하지 않음
  • 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항: 규모 확대 등으로 중소기업 기준을 초과해 중소기업에서 제외되는 경우, 최초 사유 발생 과세연도와 다음 3개 과세연도까지를 유예기간으로 하여 계속 중소기업으로 보는 특례와, 합병 또는 실질적 독립성 상실 시 유예기간 적용 배제 규정을 둠
  • 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항(2012.2.2. 개정): 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표1·별표2 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되거나 해당하지 않게 되는 경우, 그 사유 발생 과세연도부터 또는 그 과세연도와 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 보는 특례를 규정
  • 조세특례제한법 시행령 부칙(2010.12.30. 및 2012.2.2.): 실질적 독립성 요건 중 관계기업 기준 개정분(중소기업기본법 시행령 제3조제2호다목 부분)의 시행일을 2012.1.1.로 정하고, 소득세·법인세 관련 개정 규정의 적용 시점을 법 개정 후 최초 개시 과세연도분부터로 규정
사례 Q&A
1. 관계기업 기준으로 중소기업에서 제외되면 조세특례제한법상 중소기업 유예기간을 계속 적용받을 수 있나요?
답변
관계기업 기준 적용으로 실질적 독립성 요건을 충족하지 못해 중소기업에서 제외되는 경우에는, 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따른 실질적 독립성 위반에 해당하므로 중소기업 유예기간을 더 이상 적용받기 어렵고, 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간이 중단되는 것으로 보입니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 및 제2항 단서 제3호는 실질적 독립성 요건을 충족하지 못해 중소기업에서 제외되는 경우 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있으며, 국세청 법규법인2012-437 및 기획재정부 조세특례제도과-165 해석에서 관계기업 기준으로 인한 제외는 실질적 독립성 위반으로 보아 유예기간 적용 배제 대상이라고 밝히고 있습니다.
2. 중소기업기본법 시행령 관계기업 규정 신설로 중소기업에서 제외되면 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 3년 유예를 받을 수 있나요?
답변
관계기업 규정 신설·개정으로 중소기업에서 제외되는 사안은 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항이 말하는 “중소기업기본법 시행령 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”에 해당하지 않는 것으로 해석되어, 이 규정상의 3년 유예를 별도로 적용받기는 어렵습니다.
근거
기획재정부 조세특례제도과-165(2013.2.26.) 해석은, 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목 신설 및 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 개정으로 새로이 중소기업에서 제외되는 경우도 제2조 제5항의 ‘개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때’에 해당하지 않는다고 보았고, 국세청 법규법인2012-437도 동일 취지로 유예 규정 적용 배제를 인정하고 있습니다.
3. 상시근로자 수 초과로 중소기업 유예를 받던 회사가 2012년부터 관계기업으로 분류되면 남은 유예기간 동안 중소기업 세제 혜택을 유지할 수 있나요?
답변
상시근로자 수 초과로 유예기간 중이던 회사라도, 2012.1.1. 이후 최초 개시 사업연도부터 관계기업 기준 적용으로 실질적 독립성 요건을 상실하면, 그 사업연도부터는 중소기업 유예를 더 이상 인정받기 어렵고, 남은 기간의 세제상 중소기업 혜택도 지속되기 어렵습니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 실질적 독립성 요건을 충족하지 못해 제1항 제3호의 기업 외의 기업이 되는 경우 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있습니다. 국세청 법규법인2012-437는, 상시근로자 수 초과로 유예 중이던 내국법인이 2012년 이후 관계기업 기준 적용으로 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하게 되면 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없다고 명시적으로 해석하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

비슷한 상황을 겪고 계신가요?

지금 빠른응답 변호사가 대기 중이에요. 아래 변호사에게 무료로 메시지를 보내보세요. (회원가입 없이 가능)

김경숙 프로필 사진
더감 법률사무소
김경숙 변호사 빠른응답

대한변호사협회 등록 형사전문, 민사전문 변호사입니다

형사범죄 민사·계약 가족·이혼·상속 부동산 노동
손수혁 프로필 사진
선우 법률사무소
손수혁 변호사 빠른응답

첫 상담 바로 가능 - 빠른 판단이 결과를 바꿉니다.

형사범죄 부동산 민사·계약 노동 기업·사업
김범수 프로필 사진
법무법인 대청
김범수 변호사 빠른응답

민사·이혼 분쟁의 전략 설계와 실전 해결을 돕는 소송전략가 김범수 변호사

형사범죄 가족·이혼·상속 민사·계약 부동산
유권해석 전문

요지

2012.1.1. 이후 관계기업기준을 적용함에 따라 중소기업에서 제외되는 경우에는 중소기업기본법 시행령의 개정으로 중소기업에서 제외된 것이 아니며, 실질적 독립성 위반에 해당하기에 유예기간을 적용하지 아니함

답변내용

① 질의①은 다음의 기획재정부 해석을 참고하기 바람
○ 기획재정부 조세특례제도과-165, 2013.2.26.
「중소기업기본법 시행령」 ⁠(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제3조 제2호 다목의 신설 및 ⁠「조세특례제한법 시행령」 ⁠(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부 개정된 것) 제2조제1항제3호의 개정에 따라 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 ⁠「조세특례제한법 시행령」 ⁠(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조제5항에 따른 ⁠“「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”에 해당하지 아니하는 것임

② 내국법인이 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받던 중 2012.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도에 ⁠「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 관계기업기준을 적용함에 따라 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제3호의 ⁠‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것임

1. 질의내용

 ○ 2010년 상시근로자 수가 규모기준을 초과하여 2010년부터 중소기업 유예기간을 적용받고 있다가 2012년부터 시행되는 관계기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우

  - ⁠(질의1) 「조세특례제한법 시행령」(2012.2.2, 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조 제5항에 따른 중소기업 유예를 적용받을 수 있는지 여부

  - ⁠(질의2) 기존의 유예기간을 계속 적용받을 수 있는지 여부

2. 사실관계

 ○ 회사는 전자부품을 제조하는 비상장 법인으로

  - 2010년 상시근로자수가 「중소기업기본법 시행령」 별표1의 기준(300명)을 초과하여 「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항에 따라 2010년부터 중소기업 유예를 적용받고 있음

  - 회사는 2012년부터 시행되는 관계기업(2009.3.25. 중기령§3①2호다목 개정 전부터 관계기업에 해당)에 속하며

  - 「중소기업기본법 시행령」 제7조의4에 따라 산정한 상시근로자수 등이 같은 영 제3조 제1항 제1호의 기준을 초과함

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 시행령(2010.12.30., 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】

 ① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, ---(생략) ---시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. ⁠(생략)

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. ⁠「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 ③~④ ⁠(생략)

 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호가목ㆍ나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

 ○ 조세특례제한법 시행령(2010.12.30., 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 부칙 제1조(시행일)

    이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, … 제2조제1항제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

○ 조세특례제한법 시행령(2012.2.2., 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】

 ① ⁠(생략)

  1.~2. ⁠(생략)

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. ⁠(생략)

 ③~④ ⁠(생략)

 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

 ○ 조세특례제한법 시행령(2012.2.2., 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 부칙 제1조(시행일)

    이 영은 공포한 날부터 시행한다. ⁠(생략)

    제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11133호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

출처 : 국세청 2013. 03. 07. 법규법인2012-437 | 국세법령정보시스템