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신축주택 과세특례 적용 시 미등기·무허가주택 보유 여부와 감면대상기존주택 판단

부동산납세과-68  ·  2013. 09. 30.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 조세특례제한법 제99조의2에 따른 신축주택 등 취득자 양도소득세 과세특례를 적용할 때, 1세대가 매매계약일 현재 미등기 또는 무허가주택을 보유하고 있는 경우에도 그 주택을 주택 수에 포함하여 1세대 1주택자의 감면대상기존주택 해당 여부를 판단하는지, 그리고 등기 1주택과 미등기 1주택을 함께 보유한 상태에서 등기된 주택을 양도하는 경우 그 등기 주택이 감면대상기존주택에 해당하는지 여부

S요약

「조세특례제한법」 제99조의2에 따른 신축주택 등 취득자 양도소득세 과세특례를 적용할 때에는 매매계약일 현재 1세대가 보유한 미등기·무허가주택도 주택 수에 포함하여 1세대 1주택자의 주택(감면대상기존주택) 해당 여부를 판정하는 것으로 보입니다. 따라서 등기된 1주택과 미등기 1주택을 함께 보유한 1세대가 등기된 주택을 양도하는 경우 그 등기된 주택은 감면대상기존주택에 해당하지 않는 것으로 판단됩니다.
#조세특례제한법 제99조의2 #신축주택 양도세 감면 #감면대상기존주택 #미등기주택 주택수 포함 #무허가주택 주택수 산정 #국세청 부동산납세과-68
핵심 정리

R회신 내용 부동산납세과-68  ·  2013. 09. 30.

  • 본 회신은 국세청 부동산납세과-68(2013.09.30.) 유권해석으로, 조세특례제한법 제99조의2 및 같은 법 시행령 제99조의2의 적용상 감면대상기존주택 판단기준에 관한 것입니다.
  • 조세특례제한법 제99조의2 및 같은 법 시행령 제99조의2에 따른 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 때에는, 1세대가 매매계약 체결일 현재 미등기주택을 보유하고 있는 경우 그 미등기주택도 주택 수에 포함하여 1세대 1주택자의 주택, 즉 감면대상기존주택 해당 여부를 판정하는 것으로 회신하고 있습니다.
  • 이는 우리청 법규과-905(2013.08.21.)에서 이미 밝힌 바와 같이, 조세특례제한법 제99조의2 적용 시 무허가주택도 주택 수에 포함하여 1주택 여부를 판정한다는 입장과 일관된 해석으로, 등기·허가 여부와 관계없이 실질적으로 주택으로 사용되는 경우 주택 수 산정에서 배제하지 않는다는 취지로 보입니다.
  • 또한 우리청 법규과-700(2013.06.19.) 해석례에 따라, 등기된 1주택과 미등기된 2주택을 보유하던 1세대가 등기된 1주택을 양도하는 경우 해당 등기주택은 시행령 제99조의2 제3항에 따른 감면대상기존주택에 해당하지 않는 것으로 보았으며, 본 건에서도 같은 논리를 적용하여 등기 1주택과 미등기 1주택을 보유한 상태에서 등기된 주택을 양도하는 경우 그 등기주택은 감면대상기존주택에 해당하지 않는다고 판단한 것입니다.
  • 질의 사례에서처럼 A농가주택이 피상속인(甲) 명의로 건축물대장에 등재되어 있고 재산세가 배우자(乙)에게 부과되었으며, 그 재산세를 별도세대 자녀들이 대납하였다는 사정이 있더라도, 조세특례제한법 제99조의2상 주택 수 판정에서는 미등기·무허가 여부나 재산세 납부자만으로 해당 주택을 1세대의 주택에서 제외하지 않는다는 취지로 이해됩니다.
  • 따라서 조세특례제한법 제99조의2에 따른 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어, 1세대가 매매계약일 현재 미등기 또는 무허가 주택을 사실상 보유하고 있는 경우에는 그 주택을 포함하여 주택 수를 계산하여야 하며, 이로 인해 1세대 1주택자의 주택(감면대상기존주택) 요건을 충족하지 못하는 경우에는 감면대상기존주택으로 인정받기 어려운 것으로 보입니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례): 2013.4.1.~2013.12.31. 사이 일정 요건의 신축·미분양·1세대 1주택자의 주택을 최초 매매계약으로 취득한 경우, 취득 후 5년 이내 양도 시 양도소득세 전액 감면 및 5년 경과 후 양도 시 5년분 양도소득 공제 규정
  • 조세특례제한법 제99조의2 제2항: 같은 조 제1항 적용을 받는 주택은 소득세법상 1세대 1주택 비과세 및 중과 규정 적용 시 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 특례 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제3항: 법 제99조의2 제1항의 ‘1세대 1주택자의 주택’을 감면대상기존주택으로 정의하고, 2013.4.1. 현재 및 매매계약일 현재 1세대 1주택 보유, 취득등기일부터 매매계약일까지 2년 이상 보유 등 요건 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제3항 제2호: 종전 1주택 보유 1세대가 다른 주택을 먼저 취득해 일시적 2주택이 된 경우, 일정 요건 하에서 종전주택을 감면대상기존주택으로 인정하는 특례 규정
  • 소득세법 제89조 제1항 제3호 및 소득세법 시행령 제154조: 비과세 대상 1세대 1주택의 범위를 정하고, 양도일 현재 국내 1주택 보유 및 일정 보유기간 이상 요건을 규정
  • 소득세법 시행령 제155조 제2항·제3항: 상속주택과 일반주택을 각 1개씩 보유한 경우 및 공동상속주택이 있는 경우의 1세대 1주택 특례와 주택 수 산정 특례 규정
사례 Q&A
1. 신축주택 양도세 과세특례에서 미등기주택도 1주택 판정에 포함되나요?
답변
국세청 부동산납세과-68 회신에 따르면 조세특례제한법 제99조의2에 따른 신축주택 등 양도소득세 과세특례를 적용할 때 1세대가 매매계약일 현재 보유한 미등기주택도 주택 수에 포함하여 1세대 1주택자의 주택(감면대상기존주택) 여부를 판정하는 것으로 보입니다.
근거
조세특례제한법 제99조의2 및 같은 법 시행령 제99조의2는 감면대상기존주택을 기준으로 과세특례 적용 여부를 정하고 있고, 국세청 유권해석(부동산납세과-68, 법규과-905)을 통해 미등기·무허가주택도 주택 수에 포함된다고 밝히고 있습니다.
2. 등기 1주택과 미등기 1주택을 가진 상태에서 등기주택을 팔면 감면대상기존주택이 되나요?
답변
국세청은 조세특례제한법 시행령 제99조의2 제3항 해석에서 등기된 1주택과 미등기주택을 함께 보유한 1세대가 등기된 주택을 양도하는 경우, 그 등기주택은 감면대상기존주택에 해당하지 않는다고 보았습니다. 따라서 신축주택 과세특례에 따른 양도소득세 감면을 적용받기 어렵다고 판단됩니다.
근거
부동산납세과-68 및 법규과-700 유권해석은 조세특례제한법 제99조의2와 시행령 제99조의2 제3항을 근거로, 일시적 2주택 등의 예외를 제외하면 1세대가 등기·미등기를 불문하고 2주택을 보유한 상태에서 양도하는 등기주택은 감면대상기존주택 요건을 충족하지 못한다고 해석하고 있습니다.
3. 조특법 99조의2 적용 시 무허가·미등기 농가주택도 주택 수에 포함되나요?
답변
조세특례제한법 제99조의2를 적용할 때에는 무허가주택과 미등기주택 모두 주택 수에 포함하여 1세대의 주택 수를 판단하는 것으로 국세청이 해석하였습니다. 따라서 무허가 농가주택을 보유한 상태에서 신축주택을 취득·양도하는 경우, 해당 농가주택은 감면대상기존주택 판정 시 주택 수에 반영되는 것으로 보입니다.
근거
국세청 법규과-905(무허가주택 포함) 및 부동산납세과-68(미등기주택 포함) 유권해석은 조세특례제한법 제99조의2 체계상 형식적 등기·허가 여부가 아니라 실질적인 주택 보유 사실에 따라 주택 수를 산정하여 과세특례 요건을 판정한다는 입장을 명시하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

「조세특례제한법」제99조의 2 및 같은 법 시행령 제99조의 2의 규정에 따른 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용할 때 1세대가 매매계약 체결일 현재 미등기주택을 보유하고 있는 경우 해당 미등기주택도 주택수에 포함하여 1세대 1주택자의 주택(감면대상기존주택) 여부를 판정하는 것임

회신

「조세특례제한법」제99조의 2 및 같은 법 시행령 제99조의 2의 규정에 따른 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용할 때 1세대가 매매계약 체결일 현재 미등기주택을 보유하고 있는 경우 해당 미등기주택도 주택수에 포함하여 1세대 1주택자의 주택(감면대상기존주택) 여부를 판정하는 것이며, 등기된 1주택과 미등기된 1주택을 보유하던 1세대가 등기된 1주택을 양도하는 경우 해당 등기된 1주택은 같은 법 시행령 제99조의 2제3항에 따른 감면대상기존주택에 해당되지 아니하는 것입니다.

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 1982.00. 甲, 충남 당진시 소재 A농가주택 증축 및 건축물대장상 소유자로 등재(미등기, A주택부수토지는 ’81년에 乙(甲의 배우자)이 매매 취득)

- 2004.10. 甲, 사망

- 2004.12. 乙, 서울시 동대문구 소재 B주택 취득

- 2013.05. 乙, B주택 매매계약 체결

- 2013.06. 乙, A주택부수토지를 丙(손자)에게 증여(6.18) 및 B주택 잔금수령(6.28)

  ※ A주택의 소유자는 멸실 당시(’13.6.27)까지 건축물대장상 甲으로 등재되어 있었으나, A농가주택에 대한 재산세는 乙에게 부과되었으며, 해당 재산세(’06~’13년 합계 149,850원)는 별도세대인 자녀들이 대납하였다고 주장함

  ○ 질의내용

 「조세특례제한법」제99조의 2의 규정에 따른 양도소득세 과세특례를 적용할 때 A농가주택에 대한 재산세를 별도세대인 乙의 자녀들이 납부한 경우 A농가주택을 乙소유의 주택이 아닌 것으로 보아 B주택을 1세대 1주택자의 감면대상기존주택으로 볼 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

○ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 ⁠「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 제104조제1항제4호부터 제7호까지의 규정을 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 생략

④ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

(이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

    ①․② 생략

    ③ 법 제99조의2제1항 전단에서 "1세대 1주택자의 주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 "감면대상기존주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다.

    1. 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 "1세대"라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은 ⁠「주택법」에 따른 주택을 말하며, ⁠「주택법」에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재 ⁠「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 "1주택"이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택

    2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다.

    (이하 생략)

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 ⁠“1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

① 생략

② 상속받은 주택(조합원입주권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다)과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택만 해당한다. 이하 이 항에서 ⁠“일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(이하 제3항, 제7항 제1호 및 제156조의 2 제7항 제1호에서 같다).

1. 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택

2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2 이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택

3. 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2 이상일 경우에는 피상속인이 상속개시당시 거주한 1주택

4. 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2 이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)

③ 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 공동상속주택(상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말한다)외의 다른 주택을 양도하는 때에는 당해 공동상속주택은 당해 거주자의 주택으로 보지 아니한다. 다만, 상속지분이 가장 큰 상속인의 경우는 그러하지 아니하며 이 경우 상속지분이 가장 큰 상속인이 2인 이상인 때에는 그 2인 이상의 자중 다음 각호의 순서에 따라 당해 각호에 해당하는 자가 당해 공동상속주택을 소유한 것으로 본다.

1. 당해 주택에 거주하는 자

2. ⁠(삭제, 2008. 2. 22.)

3. 최연장자

④ ~ 생략

제2항 및 제3항을 적용할 때 상속주택 외의 주택을 양도할 때까지 상속주택을 「민법」 제1013조에 따라 협의분할하여 등기하지 아니한 경우에는 같은 법 제1009조 및 제1010조에 따른 상속분에 따라 해당 상속주택을 소유하는 것으로 본다. 다만, 상속주택 외의 주택을 양도한 이후 「국세기본법」 제26조의 2에 따른 국세 부과의 제척기간 내에 상속주택을 협의분할하여 등기한 경우로서 등기 전 제2항 및 제3항에 따라 제154조 제1항을 적용받았다가 등기 후 같은 항의 적용을 받지 못하여 양도소득세를 추가 납부하여야 할 자는 그 등기일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다.

납부할 양도소득세 = 일반주택 양도 당시 제2항 또는 제3항을 적용하지 아니하였을 경우에 납부하였을 세액 - 일반주택 양도 당시 제2항 또는 제3항을 적용받아 납부한 세액

(이하 생략)

○ 민법 제1000조 【상속의 순위】

    ① 상속에 있어서는 다음 순위로 상속인이 된다.

    1. 피상속인의 직계비속

    2. 피상속인의 직계존속

    3. 피상속인의 형제자매

    4. 피상속인의 4촌이내의 방계혈족

    ② 전항의 경우에 동순위의 상속인이 수인인 때에는 최근친을 선순위로 하고 동친등의 상속인이 수인인 때에는 공동상속인이 된다.

    ③ 태아는 상속순위에 관하여는 이미 출생한 것으로 본다.

○ 민법 제1003조 【배우자의 상속순위】

    ① 피상속인의 배우자는 제1000조제1항제1호와 제2호의 규정에 의한 상속인이 있는 경우에는 그 상속인과 동순위로 공동상속인이 되고 그 상속인이 없는 때에는 단독상속인이 된다.

    ② 제1001조의 경우에 상속개시전에 사망 또는 결격된 자의 배우자는 동조의 규정에 의한 상속인과 동순위로 공동상속인이 되고 그 상속인이 없는 때에는 단독상속인이 된다.

○ 민법 제1009조 【법정상속분】

    ① 동순위의 상속인이 수인인 때에는 그 상속분은 균분으로 한다.

    ② 피상속인의 배우자의 상속분은 직계비속과 공동으로 상속하는 때에는 직계비속의 상속분의 5할을 가산하고, 직계존속과 공동으로 상속하는 때에는 직계존속의 상속분의 5할을 가산한다.

    ③ 삭제

○ 우리청 법규과-946, 2013.09.03.

    귀 질의의 경우, 「조세특례제한법 시행령」제99조의2제3항제1호에서 규정하는 주택 보유기간이 2년 이상인지 여부를 판단함에 있어, 동일세대원으로부터 상속받은 주택의 보유기간은 상속 등기일부터 기산하는 것이며, 이 경우 피상속인의 보유기간은 통산하지 아니하는 것입니다.

○ 우리청 법규과-905, 2013.08.21.

    귀 서면질의의 경우, ⁠「조세특례제한법」(2013.5.10. 법률 제11759호로 개정된 것) 제99조의2를 적용함에 있어 1세대가 무허가주택을 보유하고 있는 경우 해당 무허가주택도 주택수에 포함하여 1주택 여부를 판정하는 것입니다.

○ 우리청 법규과-700, 2013.06.19.

    귀 서면질의의 경우, ⁠「조세특례제한법」(2013.5.10. 법률 제11759호로 개정된 것) 제99조의2를 적용함에 있어 등기된 1주택과 미등기된 2주택을 보유하던 1세대가 등기된 1주택을 양도하는 경우 해당 등기된 1주택은 ⁠「같은 법 시행령」(2013.5.10. 대통령령 제24534호로 개정된 것) 제99조의2제3항에 따른 감면대상기존주택에 해당하지 아니하는 것입니다.

출처 : 국세청 2013. 09. 30. 부동산납세과-68 | 국세법령정보시스템