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기업부설연구소용 부동산 감면추징 부과제척기간 기산일

지방세운영과-279  ·  2013. 04. 11.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 공용부분을 안분하여 기업부설연구소용으로 사용하였으나 감면 유예기간 4년 내 기업부설연구소로 인정을 받지 못한 경우, 해당 부동산에 대한 취득세·등록세 감면분 추징 시 지방세 부과제척기간의 기산일은 언제로 보는 것이 타당한가요?

S요약

기업부설연구소 설치를 위해 취득한 부동산이 감면 유예기간 4년 내에 기업부설연구소로 인정을 받지 못한 경우, 공용부분을 연구소용으로 안분한 경우를 포함하여 사후 감면요건을 충족하지 못한 부분은 감면 유예기간이 경과한 날이 속하는 신고납부기한 30일의 다음날을 부과제척기간 기산일로 보아 추징하는 것으로 해석됩니다.
#기업부설연구소 취득세 #기업부설연구소 등록세 #지방세 부과제척기간 #감면 유예기간 4년 #공용부분 연구소 안분 #지방세 감면 추징
핵심 정리

R회신 내용 지방세운영과-279  ·  2013. 04. 11.

  • 회신 주체·출처: 행정안전부 지방세운영과-279(2013.4.11.) 유권해석에 따른 설명입니다.
  • 행정안전부는 구 지방세법 제282조에 따른 감면대상인 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산을, 부동산을 취득한 후 기업부설연구소 설치를 위한 절차를 거쳐 감면 유예기간(4년) 내에 기업부설연구소 인정을 받은 후 해당 용도에 직접 사용하는 부동산으로 해석하고 있습니다.
  • 본점과 공동으로 사용하는 공용부분이라 하더라도 연구소용 면적을 안분하여 직접 사용하는 부분은, 취득 후 4년 이내라면 언제든지 연구소 전용으로 구분하여 기업부설연구소 면적(또는 추가 인정 면적)으로 인정받을 수 있다고 회신하고 있습니다(구 행정안전부 지방세운영과-1311, 2012.4.30. 참조).
  • 다만 감면 유예기간 4년이 경과할 때까지 기업부설연구소로 인정을 받지 못해 사후 감면요건(4년 내 인정)을 충족하지 못한 경우에는, 해당 부분에 대해 면제되었던 취득세·등록세를 추징하는 대상이 되며, 이는 구 지방세법 제282조 단서의 추징사유에 해당한다고 보고 있습니다.
  • 부과제척기간 기산일과 관련해 구 지방세법 시행령 제14조의2 제2항 제3호는 비과세·감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우, 그 세액의 신고납부기한의 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 날로 규정하고 있으므로, 기업부설연구소 인정 실패로 인한 감면 배제도 이 규정을 적용받는 것으로 해석하였습니다.
  • 이에 따라 감면 유예기간(4년)까지 기업부설연구소로 인정받지 못하여 추징대상이 되는 경우, 그 부과제척기간 기산일은 감면 유예기간이 경과한 날이 속하는 신고납부기한(30일)의 다음날로 보는 것이 타당하다고 행정안전부는 회신하였습니다.
  • 즉, 감면 유예기간 만료일을 기준으로 그날이 속하는 신고납부기한 30일이 지나고 난 다음날부터 지방세 부과제척기간(부과 가능 기간)이 진행되는 것으로 보아야 하며, 이는 공용부분 중 연구소용으로 안분된 부분이 사후에 요건을 충족하지 못해 추징되는 경우에도 동일하게 적용된다고 보았습니다.
  • 다만, 구체적으로 어느 부분이 연구소용 부동산에 해당하는지, 실제 사용 현황, 기업부설연구소 인정 여부 및 시기 등 사실관계에 따라 추징 여부와 범위가 달라질 수 있으므로, 최종적인 적용 여부는 해당 과세관청이 관련 자료와 사실관계를 면밀히 검토하여 판단할 사안이라고 유보적으로 밝혔습니다.

L관련 법령 해석

  • 구 지방세법 제282조: 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세·등록세 및 재산세 면제, 연구소 설치 후 4년 이내 정당한 사유 없이 폐쇄·다른 용도 사용 시 면제세액 추징 규정
  • 구 지방세법 시행령 제228조: 지방세법 제282조의 대통령령이 정하는 기업부설연구소를 토지·건축물 취득 후 4년 이내 기술개발촉진법 제7조제1항제2호 기준을 갖추고 과학기술부장관의 인정을 받은 연구소로 정의
  • 구 지방세법 시행령 제14조의2 제2항 제3호: 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우, 그 세액의 신고납부기한의 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 날(부과제척기간 기산일)로 규정
  • 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호: 기업부설연구소 인정을 위한 연구시설·인력 등 기준을 규정하여 지방세법상 기업부설연구소 인정요건의 기초를 제공
사례 Q&A
1. 기업부설연구소 인정 못 받은 경우 취득세 감면 추징 부과제척기간은 언제부터 시작되나요?
답변
행정안전부 해석에 따르면 기업부설연구소 설치를 위해 취득한 부동산이 감면 유예기간 4년 내에 기업부설연구소 인정을 받지 못해 감면요건을 충족하지 못한 경우, 해당 부동산에 대한 취득세·등록세 감면분 추징의 부과제척기간 기산일은 감면 유예기간이 경과한 날이 속하는 신고납부기한 30일의 다음날로 봅니다.
근거
구 지방세법 제282조는 기업부설연구소용 부동산 취득에 대한 감면과 4년 내 요건 미충족 시 추징을 규정하고, 구 지방세법 시행령 제14조의2 제2항 제3호는 비과세·감면세액 추징 시 부과제척기간 기산일을 신고납부기한의 다음날로 정하고 있으며, 이를 근거로 행정안전부 지방세운영과-279(2013.4.11.)에서 위와 같이 회신하였습니다.
2. 본점과 공동 사용하는 공용부분을 연구소용으로 안분한 경우에도 4년 내 기업부설연구소 인정을 받아야 감면이 유지되나요?
답변
행정안전부 유권해석에 따르면 본점과 공동 사용하는 공용부분이라도 연구소용 면적을 안분하여 직접 사용하는 부분은 취득 후 4년 이내라면 언제든지 연구소 전용으로 구분하여 기업부설연구소 인정(또는 추가 인정)을 받을 수 있으며, 이 기간 내 인정을 받지 못하면 사후 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 감면분이 추징 대상이 될 수 있습니다.
근거
구 지방세법 제282조와 시행령 제228조는 기업부설연구소 인정을 감면요건으로 규정하고 있고, 행정안전부 지방세운영과-279 및 지방세운영과-1311(2012.4.30.)에서 공용부분도 연구소용으로 안분해 4년 내 연구소 전용으로 구분·인정받을 수 있다고 보면서, 4년 내 인정을 받지 못한 경우 사후 감면요건 미충족으로 추징된다고 해석하였습니다.
3. 기업부설연구소 세제감면 사후관리에서 부과제척기간 기산일은 어떻게 산정하나요?
답변
기업부설연구소 설치를 전제로 취득세·등록세 감면을 받은 후 사후관리 과정에서 4년 이내 인정 요건을 충족하지 못해 추징사유가 발생한 경우, 그 세액에 대한 부과제척기간의 기산일은 해당 감면 유예기간이 끝난 날이 속하는 신고납부기한(30일)의 다음날로 산정하는 것으로 행정안전부는 보았습니다.
근거
구 지방세법 제282조는 연구소 설치 후 4년 내 폐쇄·다른 용도 사용 시 면제세액을 추징하도록 하고, 구 지방세법 시행령 제14조의2 제2항 제3호는 비과세·감면세액 추징 시 신고납부기한 다음날을 부과제척기간 기산일로 규정합니다. 행정안전부 지방세운영과-279(2013.4.11.)는 이를 기업부설연구소 감면 유예기간(4년) 경과분 추징에도 동일하게 적용된다고 해석하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

기업연구소용 부동산의 부과제척기간 기산일에 대한 질의회신

 ⁠[행정안전부 지방세운영과-279, 2013. 4. 11.]

지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터입니다.

【질의요지】

공용부분을 안분하여 기업부설연구소용으로 사용하였지만 감면 유예기간(4년)까지 기업부설연구소로 인정받지 못한 부분의 부과제척기간 기산일

【회답】

감면대상 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산이란 취득후 기업부설연구소를 설치하기 위해 감면 유예기간(4년) 내에 기업부설연구소로 인정을 받은 후 용도에 직접 사용하는 것으로, 공용부분이라도 연구소용으로 안분하여 4년 이내에는 연구소 전용으로 구분하여 인정(또는 추가 인정)받을 수 있으며 사후 감면요건을 충족하지 못하여 추징대상이 되는 경우 부과제척기간 기산일은 감면 유예기간이 경료한 그 신고납부기한(30일)의 다음날로 본다.

【이유】

1. 경기도 세정과-5326(2013.02.28)호와 관련입니다.
가.구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고,같은 법 시행령 제228조법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에「기술개발촉진법」 제7조제1항제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있는 한편, 부과제척기간 기산일과 관련하여같은 영 제14조의2 제2항제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 날로 규정하고 있습니다.
나. 위 규정 취득세 등 감면대상 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산이란 부동산을 취득하여 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 절차를 거쳐 감면 유예기간(4년) 내에 기업부설연구소로 인정을 받은 후 당해 용도에 직접 사용하는 부동산을 의미한다고 할 것인 점, 본점과 공동으로 사용하는 공용부분라도 연구소용으로 안분하여 직접 사용하는 부분은 4년 이내에는 언제든지 연구소 전용으로 구분하여 인정(또는 추가 인정)받을 수 있다고 할 것인 점(구행정안전부 지방세운영과-1311, 2012.4.30. 참조),구 지방세법시행령 제14조의2 제2항 제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 날 즉, 지방세 부과제척기간 기산일로 규정하고 있는 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 감면 유예기간(4년)까지 기업부설연구소로 인정받을 것이라는 사후 감면요건을 충족하지 못하여 추징대상이 되는 경우의 부과제척기간 기산일은 감면 유예기간이 경료한 그 신고납부기한(30일)의 다음날로 봄이 타당하다고 할 것입니다. 다만, 이에 해당 여부는 당해 과세관청이 관련자료 및 사실관계 등을 면밀하게 검토하여 결정할 사안이라고 할 것입니다. 끝.

【관련법령】

지방세법 제282조 / 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정 시행령 제228조 / 「기술개발촉진법」 제7조제1항제2호 / 지방세법시행령 제14조의2제2항제3호


출처 : 행정안전부 2013. 04. 11. 지방세운영과-279 | 법제처 유권해석