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조합원입주권 비과세와 기존주택 보유기간·농어촌주택 특례

부동산거래관리과-232  ·  2012. 04. 23.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 재개발로 조합원입주권이 발생한 경우 기존주택의 보유기간은 관리처분계획 인가일과 철거일 중 어느 시점까지를 주택으로 보아 계산하는지, 그리고 관리처분계획 인가일(또는 철거일) 현재 1세대1주택 보유기간 요건을 충족하지 못한 조합원입주권을 양도하면서 별도의 농어촌주택을 보유한 경우 조합원입주권 비과세 특례 및 농어촌주택등 양도소득세 과세특례 적용이 가능한지 여부

S요약

「소득세법 시행령」 제155조제17항에 따른 조합원입주권 비과세 특례와 관련하여, 기존주택의 보유기간은 관리처분계획 인가일 이후에도 건물이 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용되는 경우에만 주택으로 보아 계산하는 것으로 보입니다. 또한 관리처분계획 인가일(또는 철거일) 기준 기존주택이 1세대1주택 보유기간 요건을 충족하지 못한 조합원입주권을 양도하는 경우에는, 해당 양도에 대하여 조합원입주권 1세대1주택 비과세 특례와 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없는 것으로 보입니다.
#조합원입주권 비과세 #관리처분계획 인가일 #기존주택 보유기간 계산 #사실상 주거용 사용 #1세대1주택 보유기간 요건 #소득세법 시행령 155조 17항
핵심 정리

R회신 내용 부동산거래관리과-232  ·  2012. 04. 23.

  • 국세청 부동산거래관리과-232, 2012.04.23. 회신으로 보아, 본 사안은 「소득세법 시행령」 제155조제17항 및 「조세특례제한법」 제99조의4 해석에 관한 유권해석으로 판단됩니다.
  • 첫째, 「소득세법 시행령」 제155조제17항에 따른 조합원입주권 비과세 특례와 관련하여 기존주택의 보유기간을 계산할 때에는, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획 인가일 이후에는 기존 건물이 철거되지 않았더라도 사실상 주거용으로 사용되는 경우에 한하여 주택으로 인정하여 보유기간을 계산하는 것으로 회신하였습니다. 따라서 관리처분계획 인가 후 공가 상태로 주거 사용이 없는 기간은 주택 보유기간에 포함되지 않는 것으로 판단됩니다.
  • 둘째, 관리처분계획 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거된 경우에는 해당 철거일) 현재 기존주택이 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 보유기간 요건(예: 통상 3년 이상)을 충족하지 못한 상태에서 발생한 조합원입주권은, 같은 시행령 제155조 제17항 본문이 요구하는 '인가일 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대'에 해당하지 않으므로, 그 조합원입주권을 양도하더라도 1세대 1주택 비과세 특례 적용대상이 아니라는 점을 명시하였습니다.
  • 셋째, 위와 같이 보유기간 요건을 충족하지 못한 조합원입주권을 양도하는 경우, 「조세특례제한법」 제99조의4에 따른 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 역시 적용받을 수 없다고 회신하였습니다. 즉, 질의 사례와 같이 A주택 재개발로 인한 조합원입주권을 보유하면서 별도로 B농어촌주택(대지 500㎡, 건평 100㎡, 2천만원)을 취득한 후 A주택 조합원입주권을 양도하는 경우, 관리처분계획 인가일(또는 철거일) 기준으로 종전주택의 1세대1주택 보유기간 요건을 충족하지 못하였다면 농어촌주택 특례를 통한 비과세 적용도 불가능하다고 본 것입니다.
  • 넷째, 국세청은 앞선 해석사례(부동산거래관리과-41, 2010.01.14. 및 재재산-1730, 2004.12.30. 등)를 근거로, 입주권이 확정된 날 이후라도 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용되는 경우에는 주택으로 보아 보유·거주기간을 합산하지만, 실제로는 공가 상태로 주거 사용이 없는 경우에는 이를 주택으로 보지 않는다는 기존 입장을 재확인하였습니다. 따라서 실제 거주 여부 및 사실관계에 대한 구체적인 사실판단이 비과세 특례 적용 여부를 가르는 핵심 요소임을 시사하고 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 소득세법 제89조 제1항 제3호 (비과세 양도소득): 대통령령으로 정하는 1세대 1주택 및 이에 딸린 주택부수토지의 양도에 대해서는 양도소득세를 과세하지 않는 규정
  • 소득세법 제89조 제2항: 1세대가 주택과 조합원입주권을 함께 보유하다가 주택을 양도하는 경우 일정한 예외를 두어 제1항 제3호 비과세 적용을 배제하는 규정
  • 소득세법 시행령 제154조 제1항: 1세대 1주택의 범위를 규정하고, 양도일 현재 국내 1주택 보유 및 통상 3년 이상 보유 요건을 정한 규정
  • 소득세법 시행령 제155조 제17항: 관리처분계획 인가일(또는 그 전에 철거된 경우 철거일) 현재 제154조 제1항 요건을 갖춘 기존주택을 보유한 1세대가 조합원입주권을 양도하는 경우, 일정 요건 하에 이를 1세대1주택으로 보는 비과세 특례 규정
  • 조세특례제한법 제99조의4 제1항: 일정 기간 내 농어촌주택등을 취득·3년 이상 보유하고 종전 일반주택을 양도하는 경우, 농어촌주택등을 소유주택에서 제외하여 소득세법상 1세대1주택 비과세를 적용하는 양도소득세 과세특례 규정
사례 Q&A
1. 조합원입주권 비과세 적용을 위한 기존주택 보유기간은 관리처분계획 인가일까지인가요, 철거일까지인가요?
답변
국세청 해석에 따르면 「소득세법 시행령」 제155조제17항의 조합원입주권 비과세 특례에서 기존주택 보유기간을 계산할 때, 관리처분계획 인가일 이후에는 건물이 철거되지 않았더라도 실제로 사실상 주거용으로 사용되는 기간에 한해 주택으로 인정하여 보유기간에 포함하는 것으로 보입니다. 따라서 인가일 이후 공가 상태로 거주가 없다면 그 기간은 보유기간에 포함되지 않고, 인가일 전에 철거되었다면 철거일까지만 주택 보유기간으로 산정되는 것으로 이해하시는 것이 타당해 보입니다.
근거
부동산거래관리과-232, 2012.04.23. 회신은 관리처분계획 인가일 이후에는 철거되지 않은 건물이 사실상 주거용으로 사용되는 경우에만 주택으로 보아 보유기간을 계산한다고 명시하고 있으며, 기존 유권해석(부동산거래관리과-41, 재재산-1730)에서도 입주권 확정 후에도 주거용 사용 시에만 주택으로 인정한다는 취지를 반복하여 밝히고 있습니다.
2. 관리처분계획 인가 시점에 3년 보유를 채우지 못한 재개발 조합원입주권 양도 시 1세대1주택 비과세가 가능한가요?
답변
「소득세법 시행령」 제155조제17항의 조합원입주권 1세대1주택 비과세 특례는 관리처분계획 인가일(또는 그 전에 철거된 경우 철거일) 현재 기존주택이 시행령 제154조 제1항의 1세대1주택 보유기간 요건을 충족하는 세대에 한해 적용되는 것으로 보입니다. 국세청 부동산거래관리과-232 해석에 따르면, 인가일 또는 철거일 기준으로 보유기간 요건을 충족하지 못한 조합원입주권을 양도하는 경우에는 이 특례를 적용받을 수 없는 것으로 회신되어, 보유기간이 부족한 상태에서의 양도는 비과세가 되기 어렵다고 판단됩니다.
근거
해당 회신은 ‘관리처분계획 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 철거일) 현재 기존주택이 시행령 제154조제1항의 보유기간을 충족하지 못한 조합원입주권을 양도하는 경우에는 시행령 제155조제17항에 따른 1세대1주택 비과세 특례를 적용받을 수 없다’고 명시하여 보유기간 충족이 특례 적용의 전제 요건임을 분명히 하고 있습니다.
3. 농어촌주택을 취득한 후 재개발 조합원입주권을 팔면 농어촌주택 양도세 특례를 받을 수 있나요?
답변
조세특례제한법 제99조의4는 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례로서, 농어촌주택등을 취득·3년 이상 보유하고 그 취득 전에 보유하던 일반주택을 양도할 때 농어촌주택을 소유주택에서 제외하여 1세대1주택 비과세를 적용하는 제도입니다. 그러나 국세청 부동산거래관리과-232 해석에서는 관리처분계획 인가일(또는 철거일) 현재 1세대1주택 보유기간 요건을 충족하지 못한 조합원입주권을 양도하는 경우, 시행령 제155조제17항의 조합원입주권 비과세 특례뿐 아니라 제99조의4의 농어촌주택 특례 모두 적용받을 수 없다고 명시하고 있어, 질의 사례와 같이 보유기간이 미달인 조합원입주권을 양도하는 경우에는 농어촌주택 특례를 통한 비과세도 인정되기 어렵다고 보입니다.
근거
조세특례제한법 제99조의4 제1항은 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 일반주택을 양도하는 경우를 전제로 하고 있으며, 부동산거래관리과-232 회신은 관리처분계획 인가일(또는 철거일) 현재 보유기간 요건을 충족하지 못한 조합원입주권을 양도하는 경우에는 시행령 제155조제17항 및 조특법 제99조의4 특례를 적용받을 수 없다고 명확히 밝혀, 해당 상황에서 농어촌주택등 특례 부적용을 확인하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

「소득세법 시행령」 제155조제17항에 따른 조합원입주권 비과세 특례와 관련하여 기존주택의 보유기간을 계산할 때 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가일 이후에는 철거되지 않은 건물이 사실상 주거용으로 사용되고 있는 경우에만 이를 주택으로 보아 보유기간을 계산하는 것임

회신

1. 귀 질의 1의 경우, ⁠「소득세법 시행령」 제155조제17항에 따른 조합원입주권 비과세 특례와 관련하여 기존주택의 보유기간을 계산할 때 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가일 이후에는 철거되지 않은 건물이 사실상 주거용으로 사용되고 있는 경우에만 이를 주택으로 보아 보유기간을 계산하는 것입니다.
2. 질의 2의 경우, 거주자가 위 ⁠‘1’의 조합원입주권(「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 기존주택이 ⁠「소득세법 시행령」제154조제1항의 규정에 따른 보유기간을 충족하지 못한 조합원입주권을 말한다)을 양도하는 경우에는 ⁠「소득세법 시행령」 제155조제17항에 따른 1세대 1주택 비과세 특례 및 ⁠「조세특례제한법」 제99조의4에 규정하는 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없는 것입니다.

【관련 참고자료】

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

   - 2005.12. A주택 수증(서울 성동구 하왕십리 소재, 형제간 증여)

   - 2007.08. A주택 재개발 사업계획승인

   - 2008.09. A주택 재개발 관리처분계획인가 및 세입자 퇴거

   - 2009.10. A주택 멸실(2008.09~공가 상태였음)

   - 2011.00. B농어촌주택 취득

              (경북 상주시 청리면 소재, 대지 500㎡, 건평 100㎡, 20백만원)

○ 질의내용

    질의 1) A주택 조합원입주권의 종전주택 보유기간 계산시 증여일부터 철거일까지의 보유기간으로 계산하는 것인지 아니면 관리처분계획인가일까지의 보유기간으로 계산하는 것인지

   질의 2) B농어촌주택 보유시 A주택 조합원입주권을 양도하는 경우 양도소득세 특례 해당여부

2. 질의내용에 대한 자료

 ○소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

 3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

② 대통령령으로 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 ⁠“조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ○소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조 제1항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 ⁠“1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

 (이하 생략)

 ○소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

 ①~⑯ 생략

법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 ⁠“조합원입주권”이라 한다)을 1개 소유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대1주택으로 본다.

 1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

 2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 2년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우(2년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

○조세특례제한법 제99조의 4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 ⁠“1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2014년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 ⁠“일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 ⁠“농어촌주택”이라 한다)

가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 ⁠「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재할 것 ⁠(2010. 1. 1. 개정)

1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

 2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역

 3) 「소득세법」 제104조의 2 제1항에 따른 지정지역 ⁠(2010. 1. 1. 개정)

 4) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

나. 대지면적이 660 제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

 (이하 생략)

 ○ 부동산거래관리과-41, 2010.01.14.

「소득세법 시행령」 제155조제17항에 따른 조합원입주권 비과세 특례와 관련하여 기존주택의 보유기간 및 거주기간을 계산함에 있어 입주권이 확정되는 날 이후에도 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용하는 경우에는 이를 주택으로 보아 보유기간 및 거주기간에 합산하는 것입니다. 한편, 위 조합원입주권 양도일 현재 1주택을 소유한 경우로서 당해 1주택을 취득한 날부터 2년 이내에 조합원입주권을 양도하는 경우 위 특례가 적용되는 것입니다.

 ○ 재재산-1730, 2004.12.30.

도시 및 주거 환경정비법에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업 조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하며, 그 권리의 취득시기는 당해 부동산을 분양 받을 수 있는 권리가 확정되는 날로 함. 다만, 권리가 확정된 날 이후에도 철거되지 않은 건물이 사실상 주거용으로 사용하고 있는 경우에는 이를 주택으로 보며, 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임

○ 서면인터넷방문상담4팀-767, 2005.05.16.

도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합의 조합원(주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일 현재 이 법 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 보는 것이며,

상기의 1세대 1주택의 비과세 특례를 적용함에 있어 조세특례제한법 제99조의4 제1항의 규정에 해당하는 농어촌주택은 소유주택에서 제외하여 판단하는 것입니다.

 (이하 생략)

출처 : 국세청 2012. 04. 23. 부동산거래관리과-232 | 국세법령정보시스템