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공익단체에 무상 공급하는 의약품의 부가가치세 면제 및 매입세액 공제

부가가치세과-332  ·  2012. 03. 27.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 의약품을 수입·판매하는 사업자가 상속세및증여세법 시행령 제12조 제4호에 따른 공익단체인 한국희귀의약품센터에 다발성골수종 관련 의약품을 무상으로 공급하는 경우, 해당 공급에 대한 부가가치세가 면제되는지와, 부가가치세가 면제되는 경우 그 의약품 수입 시 부담한 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부가 궁금합니다.

S요약

국가·지방자치단체 또는 주무관청의 허가·인가·등록을 받은 단체로서 상속세및증여세법 시행령 제12조 제4호의 의료법인에 해당하는 공익단체(예: 한국희귀의약품센터)에 사업자가 의약품을 무상으로 공급하는 경우, 해당 공급은 부가가치세가 면제될 수 있으며, 이때 의약품을 자기 사업과 관련하여 취득한 것이라면 수입 시 부담한 매입세액 공제가 가능할 수 있음을 기존 해석과 기본통칙에 따라 안내한 사례입니다.
#공익단체 부가가치세 #한국희귀의약품센터 부가세 #무상 공급 의약품 면세 #PAP 프로그램 부가세 #희귀의약품 부가가치세 #상속세및증여세법 시행령 제12조 제4호
핵심 정리

R회신 내용 부가가치세과-332  ·  2012. 03. 27.

  • 이 사안에 대한 회신은 국세청 부가가치세과-332(2012.03.27) 유권해석으로, 서면3팀-228(2007.01.23) 및 부가가치세법 기본통칙 17-0-9를 참조하여 제시된 것입니다.
  • 국세청은 부가가치세법에서 정하는 공익단체(한국희귀의약품센터)에 의약품을 무상으로 공급하는 경우의 부가가치세 면제 여부에 관하여, 종전 유사 해석사례인 서면3팀-228(2007.1.23)을 그대로 준용하도록 안내하고 있습니다.
  • 서면3팀-228(2007.1.23)에 따르면, 사업자가 국가·지방자치단체·지방자치단체조합에 무상으로 공급하거나, 주무관청의 허가·인가 또는 주무관청에 등록된 단체로서 상속세및증여세법 시행령 제12조 제4호에 규정된 의료법에 의한 의료법인에게 무상으로 공급하는 의약품은 부가가치세법 제12조 제1항 제18호(현행 제19호)에 따라 부가가치세가 면제되는 것으로 해석하였습니다.
  • 한국희귀의약품센터는 약사법 제91조에 따라 설립된 법인으로서, 법인세법 시행령 제36조 제1항 사목의 지정기부금단체에 해당하고, 상속세및증여세법 시행령 제12조 각 호에 해당하는 공익법인으로 인정되며, 이에 따라 부가가치세법 제12조 제1항 제19호 및 동법 시행령 제39조 제1항에서 정하는 공익단체에 해당하는 것으로 전제하고 있습니다.
  • 이에 따라, 의약품 수입·판매를 목적으로 설립된 내국법인이 한국희귀의약품센터에 PAP(Patient Access Program) 하에서 다발성골수종 관련 의약품을 무상 공급하는 경우, 해당 공익단체가 부가가치세법상 공익단체 요건을 충족한다면, 그 의약품의 무상 공급은 부가가치세법 제12조 제1항 제19호에 따라 부가가치세 면제 대상이 될 수 있는 것으로 판단될 수 있습니다.
  • 한편, 공익단체에 무상으로 공급하는 의약품이 부가가치세가 면제되는 경우 그 수입 시 부담한 매입세액의 공제 여부에 대하여, 국세청은 부가가치세법 기본통칙 17-0-9를 참조하도록 안내하고 있습니다.
  • 동 기본통칙 17-0-9에 따르면, 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가·지방자치단체 등에 무상 공급하는 경우에는 해당 재화의 매입세액을 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가·지방자치단체 등에 무상 공급하는 경우에는 해당 재화의 매입세액을 공제하지 않는다고 규정하고 있습니다.
  • 따라서, 질의 법인이 PAP 프로그램을 포함하여 의약품 수입·판매라는 자기 사업과 관련하여 해당 의약품을 취득하였고, 그 후 공익단체인 한국희귀의약품센터를 통하여 암 환자에게 무상 공급하는 경우라면, 기본통칙 17-0-9의 요건을 충족하는 범위 안에서 수입 시 부담한 매입세액 공제가 가능할 수 있는 것으로 해석될 여지가 있습니다.
  • 다만 유권해석은 구체적 사실관계를 전제로 한 것으로, 실제 매입세액 공제 가능 여부는 해당 의약품의 취득 경위, 사업 관련성, 공익단체 해당 여부 등 개별 요건 충족 여부에 따라 달라질 수 있으며, 국세청은 이에 관하여 관련 기본통칙을 근거로 한 판단을 전제하고 있음을 알 수 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제12조 제1항 제19호: 국가, 지방자치단체 및 일정한 공익단체 등에 공급하는 재화·용역에 대한 부가가치세 면제 규정(구 제18호).
  • 부가가치세법 시행령 제39조 제1항: 부가가치세법 제12조 제1항 제19호의 적용을 받는 공익단체의 범위 및 요건 규정.
  • 상속세및증여세법 시행령 제12조 제4호: 공익법인의 범위 중 의료법에 따른 의료법인 등을 공익법인으로 규정하는 조항.
  • 의료법: 의료법인의 설립 및 운영에 관한 기본 규정을 두고, 상속세및증여세법 시행령 제12조 제4호에서 인용하는 의료법인의 법적 근거가 됨.
  • 부가가치세법 기본통칙 17-0-9(국가·공익단체 등에 무상으로 공급하는 재화의 매입세액 공제): 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가·지방자치단체 등에 무상 공급하는 경우 매입세액은 공제하되, 사업과 관련 없이 취득한 재화에 대해서는 매입세액을 공제하지 않는다는 원칙 규정.
사례 Q&A
1. 한국희귀의약품센터에 무상 공급하는 의약품은 부가가치세가 면제되나요?
답변
국세청 부가가치세과-332 유권해석과 서면3팀-228에 따르면, 부가가치세법상 공익단체에 해당하는 한국희귀의약품센터에 의약품을 무상 공급하는 경우, 상속세및증여세법 시행령 제12조 제4호에 따른 의료법인 등의 요건을 충족하면 부가가치세법 제12조 제1항 제19호에 따라 부가가치세 면제 대상이 될 수 있는 것으로 보입니다.
근거
서면3팀-228(2007.1.23)은 국가·지방자치단체 및 상속세및증여세법 시행령 제12조 제4호에 따른 의료법인 등에 무상 공급하는 의약품은 부가가치세법 제12조 제1항 제18호(현행 제19호)에 따라 부가가치세 면제라고 해석하였고, 부가가치세과-332(2012.3.27)는 같은 논리를 한국희귀의약품센터에 대한 무상 공급에도 준용하도록 안내하고 있습니다.
2. 공익단체에 무상 공급하는 의약품의 수입 시 매입세액은 공제받을 수 있나요?
답변
국세청은 공익단체에 무상 공급하는 의약품이 부가가치세 면제에 해당하는 경우, 수입 시 부담한 매입세액 공제 여부에 대해 부가가치세법 기본통칙 17-0-9를 적용하도록 안내하고 있습니다. 통칙에 따르면 자기의 사업과 관련하여 취득한 재화를 국가·공익단체 등에 무상 공급하는 경우에는 그 매입세액 공제가 가능하나, 사업과 관련 없이 취득한 재화에 대해서는 공제가 불가능한 것으로 규정되어 있습니다.
근거
부가가치세법 기본통칙 17-0-9는 국가·지방자치단체 등에 무상 공급하는 재화의 매입세액 공제에 관해, 사업 관련 취득분은 매입세액 공제를 허용하고 사업과 무관한 취득분은 공제를 허용하지 않는다고 규정하고 있습니다. 부가가치세과-332는 한국희귀의약품센터에 대한 무상 공급에서 매입세액 공제 판단 시 이 기본통칙 17-0-9를 근거로 삼도록 명시하고 있습니다.
3. 희귀질환 PAP 프로그램으로 암 환자에게 무상 투여하는 약도 부가가치세 면제가 되나요?
답변
다발성골수종 등 중증질환 환자를 대상으로 하는 PAP(Patient Access Program) 하에서 한국희귀의약품센터를 통하여 의약품을 무상 투여하는 경우, 해당 센터가 부가가치세법 제12조 제1항 제19호와 시행령 제39조 제1항이 정하는 공익단체 요건을 충족한다면, 그 무상 공급은 국세청 유사 해석에 따라 부가가치세 면제 대상이 될 수 있는 것으로 해석되고 있습니다.
근거
부가가치세과-332는 PAP 프로그램에서 한국희귀의약품센터를 통하여 다발성골수종 관련 의약품을 무상 공급하는 사례를 전제로, 공익단체인 센터에 대한 무상 공급에 부가가치세법 제12조 제1항 제19호를 적용할 수 있고, 구체적인 면제 여부 판단은 서면3팀-228 해석 및 공익단체 요건 충족 여부에 따른다고 밝히고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

사업자가 주무관청의 허가ㆍ인가 또는 주무관청에 등록된 단체로서 ⁠「상속세 및 증여세법」시행령 제12조제4호에 규정된 ⁠「의료법」의 규정에 의한 의료법인에게 무상으로 공급하는 의약품은 부가가치세가 면제되는 것임

회신

부가가치세법에서 정하는 공익단체(한국희귀의약품센터)에 의약품을 무상으로 공급하는 경우 부가가치세 면제 여부에 대해서는 기존 유사해석사례(서면3팀-228, 2007.1.23)를 참조하시기 바라며, 공익단체에 해당하는 한국희귀의약품센터에 무상으로 공급하는 의약품이 부가가치세가 면제되는 경우 해당 의약품 수입 시 부담한 매입세액의 공제 여부에 대해서는 부가가치세법 기본통칙 17-0-9(국가ㆍ공익단체 등에 무상으로 공급하는 재화의 매입세액 공제)를 참조하시기 바랍니다.

○ 서면3팀-228, 2007.1.23
귀 질의의 경우 사업자가 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합에 무상으로 공급하거나, 주무관청의 허가ㆍ인가 또는 주무관청에 등록된 단체로서 ⁠「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 제4호에 규정된 ⁠「의료법」의 규정에 의한 의료법인에게 무상으로 공급하는 의약품은 ⁠「부가가치세법」 제12조 제1항 제18호*의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임
* ⁠「부가가치세법」 제12조 제1항 제18호는 현행 19호임

○ 부가가치세법 기본통칙 17-0-9(국가․공익단체 등에 무상으로 공급하는 재화의 매입세액 공제)
자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련없이 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 공제하지 아니한다. ⁠(2011. 2. 1. 개정)

[관련 참고자료]

1. 사실관계

   ○ 당사(법인)는 다발성골수종 관련 의약품, 골수이형성증후군 관련 의약품 및 향응고제 등과 같은 중증질환과 관련한 전문희귀의약품을 국내에 수입하여 판매하는 것을 목적으로 2008.3.18일 설립한 내국법인으로서 미국 소재 다국적제약회사의 한국 자회사임

   ○ 당사가 공급하는 다발성골수종 관련 의약품(이하 ⁠“해당 의약품”)은 다른 치료제로는 효과가 없는 말기 암 환자에게 생명연장을 목적으로 투여하는 전문의약품임

    - 당사는 해당 의약품의 국내 수입.판매를 위해 관련법에서 요구하는 안전성과 유효성에 대한 임상실험을 마치고, 2009년 하반기에 식품의약품안전청으로부터 사용허가를 받음

    - 그러나, 해당 의약품에 건강보험을 적용하기 위한 심사절차가 진행중에 있어 건강보험 급여대상에 해당하지 않음

    - 따라서, 해당 의약품을 투여 받고자 하는 환자들에게는 고가의 의약품가격(pack당 1천만원 상당)이 큰 부담이 되고 있음

    - 이런 상황에서, 당사는 환자들의 부담을 줄여주기 위해 해당 의약품이 건강보험급여대상에 해당될 때까지 PAP(Patient Access Program)을 진행할 예정임

   ○ 요약하면, 당사는 PAP하에서 사전에 정하여진 병증에 해당하는 환자들 중 의사로부터 한국희귀의약품센터 처방전을 받은 암 환자들에게 해당 의약품을 처방하기 위하여 한국희귀의약품센터를 통하여 다발성골수종 관련 의약품을 무상으로 공급하고 있음

   ○ 한국희귀의약품센터는 약사법 제91조에 의하여 설립된 법인으로서 법인세법 시행령 제36조 제1항 사목에서 규정하는 지정기부금단체에 해당하여 ⁠‘상속세및증여세법 시행령’ 제12조 각호에 해당하는 공익법인에 해당함

     * ⁠(재)한국희귀의약품센터는 기획재정부장관이 지정하는 공익성기부금 대상단체로 2011.9.30일 재지정함(지정기간 2016.12.31까지)

     - 따라서, 한국의귀의약품센터는 부가가치세법 제12조 제1항 제19호 및 동법시행령 제39조 제1항에서 규정하는 공익단체에 해당함

2. 질의내용

  

   ○ 공익단체인 한국희귀의약품센터에 무상으로 공급하는 의약품의 부가가치세 면제 여부

   ○ 한국희귀의약품센터에 무상으로 공급하는 의약품이 부가가치세가 면제되는 경우, 해당 의약품 수입 시 부담한 매입세액의 공제 여부

출처 : 국세청 2012. 03. 27. 부가가치세과-332 | 국세법령정보시스템