요지

○(질의1)‘주주1인에 법인주주를 제외한다.’는 기획재정부 해석(금융세제과-450, 2024.8.29.)이 ⁠‘법인주주를 포함’한다는 국세청 기존 해석(재산-560, 2004.3.5.)을 변경한 새로운 해석에 해당하지 않음
○(질의2)기재부 해석과 같이 ’24.7월 기준 상장법인 대주주 판단시 주주1인에 법인주주를 제외하는 것이 소급과세에 해당하는지 않음

회신

귀 과세기준자문의 경우,
(질의1)｢舊소득세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34265호)｣ 제157조제4항제1호 및 제5항의 ⁠“주주 1인”에 법인주주를 포함하지 않는 것이며,
기획재정부 해석(기획재정부 금융세제과-450, 2024.8.29.)은 국세청 기존 해석(재산-560, 2004.3.5.)을 변경한 새로운 해석에 해당하지 않는 것입니다.
(질의2)甲이 코스닥 상장법인의 주식을 양도하는 2024년 7월 당시 ｢舊소득세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34265호)｣ 제157조제5항의 ⁠“주주 1인”에 ⁠‘법인주주’를 포함하지 않는 것은 ｢국세기본법｣ 제18조 제2항 및 제3항의 소급과세 금지원칙에 위배되지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○’04.3월 주주1인에 법인주주를 포함한다는 국세청 해석 생성

 ○’24.7월청구인 甲은 코스닥 상장법인의 주식을 29억원에 양도

 ○’24.8월 주주1인에 법인주주를 포함하지 않는다는 기재부 해석

 ○’25.2월 주주1인에 법인주주를 제외하는 것으로 시행령 개정

    (개정취지 : 상장주식 대주주 기준 명확화)

2. 질의내용

 ○(질의1)‘주주1인에 법인주주를 제외한다.’는 기획재정부 해석(금융세제과-450, 2024.8.29.)이 ⁠‘법인주주를 포함’한다는 국세청 기존 해석(재산-560, 2004.3.5.)을 변경한 새로운 해석에 해당하는지 여부

 ○(질의2)기재부 해석과 같이 ’24.7월 기준 상장법인 대주주 판단시 주주1인에 법인주주를 제외하는 것이 소급과세에 해당하는지 여부

3. 관련법령

□국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

 ①세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

 ②국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

 ③세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

□소득세법(2023.12.31. 법률 제19933호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】

 ①양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

   가.주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

    1)소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

□소득세법 시행령(2023.12.28. 대통령령 제34061호로 개정된 것) 제157조【주권상장법인의 대주주의 범위 등】

 ④법 제94조제1항제3호가목1)에서 ⁠“대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 ⁠“주권상장법인대주주”라 한다)를 말한다.

  1.주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 ⁠“주주 1인”이라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(주식등의 양도일이 속하는 사업연도에 새로 설립된 법인의 경우에는 해당 법인의 설립등기일로 한다. 이하 이 조 및 제167조의8에서 같다) 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 ⁠“소유주식의 비율”이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 그와 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제8항제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 ⁠“주주 1인등”이라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자(이하 이 장에서 ⁠“주권상장법인기타주주”라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 100분의 1 이상인 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 말한다.

   가.｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람

   나.｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2제3항제1호에 해당하는 자

  2.주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인이 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원 이상인 경우의 해당 주주 1인. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권상장법인기타주주가 소유하고 있는 주식등의 시가총액이 50억원 이상인 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 말한다.

 ⑤제4항제1호 및 제2호에도 불구하고 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인의 소유주식의 비율 또는 주주 1인이 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인을 대주주로 본다. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권상장법인기타주주의 소유주식의 비율 합계 또는 주주 1인 및 주권상장법인기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 대주주로 본다.

  1.코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 ⁠“코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율(이 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 소유주식의 비율 합계를 말한다)이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 50억원 이상인 경우

□법인세법 시행령(2023.02.28. 법률 제33265호로 개정된 것) 제43조【상여금 등의 손금불산입】

 ⑧제3항 및 제7항에서 ⁠“특수관계에 있는 자”란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

  1.해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

   가.친족(｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

   나.제2조제8항제1호의 관계에 있는 법인

   다.해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

   라.해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인

   마.다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

  2.해당 주주등이 법인인 경우에는 제2조제8항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

□소득세법(2003.12.30. 법률 제7006호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】

 ①양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  3.다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 ⁠“주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

   가.증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 ⁠“주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 ⁠“대주주”라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 ⁠“유가증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

   나.증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 ⁠“협회등록법인”이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 ⁠“협회중개시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

   다.주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등

□소득세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18173호로 개정된 것) 제157조【대주주의 범위】

 ④법 제94조제1항제3호 가목에서 ⁠“대통령령이 정하는 대주주”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 ⁠“대주주”라 한다)를 말한다.

  1.법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 ⁠“주식등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 ⁠“주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 ⁠“기타주주”라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그후 주식등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

□국세기본법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18173호로 개정된 것) 제20조【친족 기타 특수관계인의 범위】

법 제39조제2항에서 ⁠“대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다.

  1.6촌이내의 부계혈족과 4촌이내의 부계혈족의 처

  2.3촌이내의 부계혈족의 남편 및 자녀

  3.3촌이내의 모계혈족과 그 배우자 및 자녀

  4.처의 2촌이내의 부계혈족 및 그 배우자

  5.배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

  11.주주 또는 유한책임사원이 개인인 경우에는 그 주주 또는 유한책임사원과 그와 제1호 내지 제10호의 관계에 있는 자들의 소유주식수 또는 출자액(이하 ⁠“소유주식수등”이라 한다)의 합계가 발행주식총수 또는 출자총액(이하 ⁠“발행주식총수등”이라 한다)의 100분의 50이상인 법인

  12. 주주 또는 유한책임사원이 법인인 경우에는 그 법인의 소유주식수등이 발행주식총수 등의 100분의 50이상인 법인(정부가 주주인 경우에는 정부를 제외한다)과 소유주식수등이 당해 법인의 발행주식총수등의 100분의 50이상인 법인(정부가 주주인 경우에는 정부를 제외한다) 또는 개인

출처 : 국세청 2025. 06. 26. 기준-2025-법규재산-0064[법규과-1442] | 국세법령정보시스템