요지

비영리법인의 조직이 변경된 경우 세무상 모든 권리·의무도 신 법인에게 승계되는 것이며, 비영리법인은 해산에 의한 청산소득의 신고·납부의무가 없는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 아래의 질의 회신 사례(법인세과-353, 2009.3.26.)를 참조하시기 바랍니다.
｢민법｣에 의해 설립된 비영리법인이 설립근거법의 개정으로 해산됨에 따라 해산 법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 다른 비영리법인으로 조직변경되는 경우에는 종전 법인의 해산에 따른 청산소득에 대한 법인세의 신고·납부의무는 없는 것입니다.

1. 사실관계

○(재)○○○○연구원(이하 ⁠“질의법인”)은「민법」제32조에 따라 설립된 비영리 재단법인이며, 지정기부금 단체 지정으로 공익법인에 해당함

- ⁠「○○○○기본법」제25조의2 ⁠[○○○○○○연구원의 설립]에 따라 설립 근거 법령 전환(특별법 개정에 따른 특수법인 전환)으로 해산 및 설립 등기 진행 예정(’△△.△.△. 시행)

○‘○○○○○○연구원’은 상기 법령 부칙 제2조에 따라 질의법인의 모든 재산과 권리・의무를 승계함

- 결산 재무제표상의 자산・부채를 ⁠‘○○○○○○연구원’으로 승계하며 조직변경에 따른 부동산 등 등기명의 변경 절차 이행 예정

2. 질의내용

○비영리법인이 특별법 개정에 따라 조직변경되어 해산되는 경우 청산에 따른 청산소득에 대한 법인세 과세 여부

3. 관련법령

○법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

○법인세법 제78조【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】

내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.

1. ⁠「상법」의 규정에 따라 조직변경하는 경우

2. 특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 인하여 ⁠「상법」에 따른 회사로 조직변경하는 경우

3. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 법인세법 시행령 제120조의26【법인의 조직변경 범위】

법 제78조제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호에 해당하는 경우를 말한다.

1. ⁠「변호사법」에 따라 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우

2. ⁠「관세사법」에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우

3. ⁠「변리사법」에 따라 특허법인이 특허법인(유한)으로 조직변경하는 경우

4. 「협동조합 기본법」 제60조의2제1항에 따라 법인등이 협동조합으로 조직변경하는 경우

○ 중소기업기본법 제25조의2 【중소벤처기업연구원의 설립】

①정부는 중소기업ㆍ벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 관련 시책의 수립 등에 필요한 조사, 연구, 교육 및 평가를 추진하기 위하여 중소벤처기업연구원(이하 "연구원"이라 한다)을 설립한다.

② 연구원은 법인으로 한다.

③ 연구원은 정관으로 정하는 바에 따라 임원과 직원을 둔다.

④정부는 연구원의 운영 등에 필요한 경비를 예산의 범위에서 출연하거나 보조할 수 있다.

⑤연구원은 설립목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다.

1. 중소기업ㆍ벤처기업의 육성ㆍ발전을 위한 조사, 연구 및 정책 건의

2. 중소기업ㆍ벤처기업 지원정책의 분석, 평가 및 교육

3. 국내외 연구기관, 국제기구, 민간단체와의 교류 및 연구협력사업

4. 정부, 국내외 공공기관 등으로부터 연구용역의 수탁

5. 중소기업ㆍ벤처기업 관련 정책정보 및 통계의 생산ㆍ분석

6. 조사ㆍ연구결과의 출판 및 홍보

7. 중소기업ㆍ벤처기업 경영 등에 관한 상담, 자문 및 정보 제공

8. 그 밖에 제1호부터 제7호까지의 사업에 따른 부대사업 및 연구원의 설립목적을 달성하는 데 필요한 사업

⑥ 연구원에 대하여 이 법과 ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에서 규정한 것 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.

⑦ 이 법에 따른 연구원이 아닌 자는 중소벤처기업연구원 또는 이와 유사한 명칭을 사용하지 못한다.

⑧ 중소벤처기업부장관은 연구원의 업무를 지도ㆍ감독한다.

○ 중소기업기본법 부칙

제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

제2조(중소벤처기업연구원의 설립에 따른 경과조치) ① 이 법 시행 당시 ⁠「민법」에 따라 설립된 재단법인 중소기업연구원(이하 "재단법인 중소기업연구원"이라 한다)은 제25조의2의 개정규정에 따라 설립된 중소벤처기업연구원으로 본다.

②재단법인 중소기업연구원은 이 법에 따른 중소벤처기업연구원이 설립등기를 마친 때에는 「민법」 중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에도 불구하고 해산된 것으로 본다.

③ 이 법에 따른 중소벤처기업연구원은 설립등기일에 재단법인 중소기업연구원의 모든 재산과 권리ㆍ의무를 승계한다.

④ 제3항에 따라 포괄승계된 재산과 권리ㆍ의무에 관한 등기부와 그 밖의 공부에 표시된 재단법인 중소기업연구원의 명의는 이 법에 따른 중소벤처기업연구원의 명의로 본다.

⑤ 이 법 시행 당시 재단법인 중소기업연구원이 행한 행위나 재단법인 중소기업연구원에 대하여 행하여진 행위는 이 법에 따른 중소벤처기업연구원의 행위나 중소벤처기업연구원에 대한 행위로 본다.

⑥ 이 법 시행 당시 재단법인 중소기업연구원의 원장을 포함한 임직원은 이 법에 따른 중소벤처기업연구원의 임직원으로 보며, 임원의 임기는 종전의 임명일부터 기산한다.

4. 관련예규 등

○ 서면-2020-법인-4666, 2020.10.30.

비영리법인이 설립근거법의 개정으로 해산됨에 따라 해산 법인의 모든 재산과 법률상의 권리・의무가 포괄 승계되어 다른 비영리법인으로 조직변경되는 경우에는 종전 법인의 해산에 따른 청산소득에 대한 법인세의 신고・납부의무는 없는 것

○ 법규법인2012-189, 2012.05.14.

한국AA공사법에 따라 설립된 한국AA공사가 해당 법률의 폐지와 이의 대체법률로 제정된 방송광고판매대행 등에 관한 법률에 따라 한국AA진흥공사에 모든 재산과 법률상의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하는 경우에는 이를 조직변경으로 보는 것으로, 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임

○ 법인세과-353, 2009.03.26.

｢민법｣에 의해 설립된 비영리법인이 설립근거법의 개정으로 해산됨에 따라 해산 법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 다른 비영리법인으로 조직변경되는 경우에는 종전 법인의 해산에 따른 청산소득에 대한 법인세의 신고·납부의무는 없는 것이며, 이 경우 조직변경되는 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것이고, 법인설립신고 및 사업자등록은 기존의 신고사항 중 법인명·대표자 등 변경된 사항에 대하여 정정신고를 하여야 하는 것임

출처 : 국세청 2021. 06. 30. 서면-2021-법인-2870[법인세과-1286] | 국세법령정보시스템