요지

중소기업 또는 중견기업이 2022년 6월30일 당시 고용하고 있던 파견근로자를 기간제 근로자로 고용하는 경우 정규직전환에 따른 세액공제 적용 안됨

회신

귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이 중소기업 또는 중견기업이 2022년 6월30일 당시 고용하고 있던 ｢파견근로자 보호 등에 관한 법률｣에 따른 파견근로자를 ｢기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제 근로자로 고용하는 경우 ｢조세특례제한법｣(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 제29조의8 제3항에 따른 세액공제를 적용받을 수 없는 것임

1. 사실관계

○ 중소기업 또는 중견기업이 2022년 5월부터 고용하고 있는 ｢파견근로자 보호 등에 관한 법률｣(이하 ⁠‘파견법’)에 따른 파견근로자(甲)를

  - 2023년 5월 1일부터 ⁠「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」(이하 ⁠‘기간제법’)에 따른 기간제 근로자로 직접 고용 후

  - 2024년 5월 1일부터 해당 기간제 근로자(甲)를 정규직으로 전환함

2. 질의내용

 ○ 파견근로자를 기간제 근로자로 직접 고용하였다가 정규직 근로자로 전환하는 경우 통합고용세액공제 적용 방법

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제29조의8 【통합고용세액공제】(현행)

 ④ 중소기업 또는 중견기업이 2023년 6월 30일 당시 고용하고 있는 ⁠「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자(이하 이 조에서 "기간제근로자 및 단시간근로자"라 한다), ⁠「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자, ⁠「하도급거래 공정화에 관한 법률」에 따른 수급사업자에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 2024년 1월 1일부터 2024년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나 ⁠「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따라 사용사업주가 직접 고용하거나 「하도급거래 공정화에 관한 법률」 제2조제2항제2호에 따른 원사업자가 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하여 직접 고용하는 경우(이하 이 조에서 "정규직 근로자로의 전환"이라 한다)에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원[해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)나 그와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 사람은 제외한다]에 1,300만원(중견기업의 경우에는 900만원)을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 해당 과세연도에 해당 중소기업 또는 중견기업의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제하지 아니한다.

 ⑦ 제4항 또는 제5항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 각각 정규직 근로자로의 전환일 또는 육아휴직 복직일부터 2년이 지나기 전에 해당 근로자와의 근로관계를 종료하는 경우에는 근로관계가 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액에 상당하는 금액(제4항 또는 제5항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제29조의8 【통합고용세액공제】(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것)

 ③ 중소기업 또는 중견기업이 2022년 6월 30일 당시 고용하고 있는 ⁠「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자(이하 이 조에서 "기간제근로자 및 단시간근로자"라 한다), ⁠「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자, ⁠「하도급거래 공정화에 관한 법률」에 따른 수급사업자에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 2023년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나 ⁠「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따라 사용사업주가 직접 고용하거나 「하도급거래 공정화에 관한 법률」 제2조제2항제2호에 따른 원사업자가 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하여 직접 고용하는 경우(이하 이 조에서 "정규직 근로자로의 전환"이라 한다)에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원[해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)나 그와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 사람은 제외한다]에 1,300만원(중견기업의 경우에는 900만원)을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 해당 과세연도에 해당 중소기업 또는 중견기업의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제하지 아니한다.

 ⑥ 제3항 또는 제4항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 각각 정규직 근로자로의 전환일 또는 육아휴직 복직일부터 2년이 지나기 전에 해당 근로자와의 근로관계를 종료하는 경우에는 근로관계가 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액에 상당하는 금액(제3항 또는 제4항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제30조의2 【정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제】(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) ⇠ 통합고용세액공제로 통합되기 전

 ① 중소기업 또는 중견기업이 2021년 6월 30일 당시 고용하고 있는 ⁠「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자(이하 이 조에서 "기간제근로자 및 단시간근로자"라 한다), ⁠「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자, ⁠「하도급거래 공정화에 관한 법률」에 따른 수급사업자에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 2022년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나 ⁠「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따라 사용사업주가 직접 고용하거나 「하도급거래 공정화에 관한 법률」 제2조제2항제2호에 따른 원사업자가 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하여 직접 고용하는 경우(이하 이 조에서 "정규직 근로자로의 전환"이라 한다)에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원에 1천만원(중견기업의 경우에는 700만원)을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 해당 과세연도에 해당 중소기업 또는 중견기업의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다) 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제하지 아니한다.

○ 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률 제2조 【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

  1. "기간제근로자"라 함은 기간의 정함이 있는 근로계약(이하 "기간제 근로계약"이라 한다)을 체결한 근로자를 말한다.

  2. "단시간근로자"라 함은 「근로기준법」 제2조의 단시간근로자를 말한다.

○ 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률 제4조 【기간제근로자의 사용】

 ① 사용자는 2년을 초과하지 아니하는 범위 안에서(기간제 근로계약의 반복갱신 등의 경우에는 그 계속근로한 총기간이 2년을 초과하지 아니하는 범위 안에서) 기간제근로자를 사용할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 2년을 초과하여 기간제근로자로 사용할 수 있다.

  1. 사업의 완료 또는 특정한 업무의 완성에 필요한 기간을 정한 경우

  2. 휴직ㆍ파견 등으로 결원이 발생하여 해당 근로자가 복귀할 때까지 그 업무를 대신할 필요가 있는 경우

  3. 근로자가 학업, 직업훈련 등을 이수함에 따라 그 이수에 필요한 기간을 정한 경우

  4. ⁠「고령자고용촉진법」 제2조제1호의 고령자와 근로계약을 체결하는 경우

  5. 전문적 지식ㆍ기술의 활용이 필요한 경우와 정부의 복지정책ㆍ실업대책 등에 따라 일자리를 제공하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

  6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지에 준하는 합리적인 사유가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 ② 사용자가 제1항 단서의 사유가 없거나 소멸되었음에도 불구하고 2년을 초과하여 기간제근로자로 사용하는 경우에는 그 기간제근로자는 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 본다.

○ 파견근로자 보호 등에 관한 법률 제2조 【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "근로자파견"이란 파견사업주가 근로자를 고용한 후 그 고용관계를 유지하면서 근로자파견계약의 내용에 따라 사용사업주의 지휘ㆍ명령을 받아 사용사업주를 위한 근로에 종사하게 하는 것을 말한다.

  2. "근로자파견사업"이란 근로자파견을 업(業)으로 하는 것을 말한다.

  3. "파견사업주"란 근로자파견사업을 하는 자를 말한다.

  4. "사용사업주"란 근로자파견계약에 따라 파견근로자를 사용하는 자를 말한다.

  5. "파견근로자"란 파견사업주가 고용한 근로자로서 근로자파견의 대상이 되는 사람을 말한다.

  6. "근로자파견계약"이란 파견사업주와 사용사업주 간에 근로자파견을 약정하는 계약을 말한다.

출처 : 국세청 2025. 06. 19. 기준-2025-법규법인-0050[법규과-1316] | 국세법령정보시스템