요지

국가로부터 연구개발 또는 인력개발비 아닌 고용창출 등을 목적으로 지급받은 지원금을 연구·인력개발비로 지출하는 경우에는 해당 금액은 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제9조제1항제2호가 적용되지 않는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 서면 법령해석(서면-2020-법령해석법인-3626, 2021.1.7.)을 참고하시기 바랍니다.
내국법인이 국가로부터 연구개발 또는 인력개발이 아닌 고용창출 등을 목적으로 지급받은 각종 지원금을 사용하여 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 경우, 해당 연구·인력개발비 지출액은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제9조제1항제2호가 적용되지 않는 것임

1. 사실관계

○○○㈜(이하 ⁠“질의법인”이라 함)는 비철제련 관련 설비제작 및 화학, 재활용 플랜트 설비를 주업으로 하여 1988년 7월 설립된 내국법인으로, 미래창조과학부 장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 2008년부터 유지하고 있음

○질의법인은 ｢고용보험법｣ 에 따른 청년추가고용장려금^*을 지급 받아 기업부설연구소의 연구원 인건비로 지출함

    * 청년을 정규직으로 추가 고용한 중소, 중견기업에게 주는 인건비 지원금

2. 질의내용

 ○고용창출을 목적으로 하는 장려금을 지급받아 연구원의 급여를 지급하는 경우,｢조세특례제한법시행령｣ 제9조제1항제2호에 규정한 지원금에 해당하여 지급받은 지원금을 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제2조【정의】

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  11. "연구개발"이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.

○ 조세특례제한법 제10조【연구･인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

○조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

  2. 국가, 지방자치단체, ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

○고용보험법 제20조【고용창출의 지원】

  고용노동부장관은 고용환경 개선, 근무형태 변경 등으로 고용의 기회를 확대한 사업주에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 필요한 지원을 할 수 있다.

○고용보험법 시행령 제17조【고용창출에 대한 지원】

 ① 고용노동부장관은 법 제20조에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업주에게 임금의 일부를 지원할 수 있다. 다만, 제1호의 경우에는 근로시간이 감소된 근로자에 대한 임금의 일부와 필요한 시설의 설치비의 일부도 지원할 수 있으며, 제2호의 경우에는 시설의 설치비의 일부도 지원할 수 있다.

  1. 근로시간 단축, 교대근로 개편, 정기적인 교육훈련 또는 안식휴가 부여 등(이하 "일자리 함께하기"라 한다)을 통하여 실업자를 고용함으로써 근로자 수가 증가한 경우

  2. 고용노동부장관이 정하는 시설을 설치·운영하여 고용환경을 개선하고 실업자를 고용하여 근로자 수가 증가한 경우

  3. 직무의 분할, 근무체계 개편 또는 시간제직무 개발 등을 통하여 실업자를 근로계약기간을 정하지 않고 시간제로 근무하는 형태로 하여 새로 고용하는 경우

  4. 위원회에서 심의·의결한 성장유망업종, 인력수급 불일치 업종, 국내복귀기업 또는 지역특화산업 등 고용지원이 필요한 업종에 해당하는 기업이 실업자를 고용하는 경우

  5. 위원회에서 심의·의결한 업종에 해당하는 우선지원 대상기업이 고용노동부장관이 정하는 전문적인 자격을 갖춘 자(이하 "전문인력"이라 한다)를 고용하는 경우

  6. 제28조에 따른 임금피크제, 제28조의2에 따른 임금을 감액하는 제도 또는 그 밖의 임금체계 개편 등을 통하여 15세 이상 34세 이하의 청년 실업자를 고용하는 경우

  7. 고용노동부장관이 「고용상 연령차별 금지 및 고령자고용촉진에 관한 법률」 제2조제1호 또는 제2호에 따른 고령자 또는 준고령자가 근무하기에 적합한 것으로 인정하는 직무에 고령자 또는 준고령자를 새로 고용하는 경우

4. 관련사례

○서면-2020-법령해석법인-3626, 2021.1.7.

  내국법인이 국가로부터 연구개발 또는 인력개발이 아닌 고용창출 등을 목적으로 지급받은 각종 지원금을 사용하여 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 경우, 해당 연구·인력개발비 지출액은 ｢조세특례제한법시행령｣ 제9조제1항제2호가 적용되지 않는 것임

○서면-2020-법인-1551, 2020.9.28.

  귀 법인이「조세특례제한법 시행규칙」제7조제9항제5호에 해당하는 훈련수당 등의 인력개발비를 국가 등으로부터 수령하여 지출하는 경우에는 조세특례제한법 시행령 제9조 제1항 제2호에 의해 연구･인력개발비 세액공제 대상에서 제외합니다.

○부산고등법원-2014-누-21158, 2015.05.13.

  국고보조금을 재원으로 연구개발비에 지출하는 경우 연구 및 인력개발비세액공제를 배제하도록 하는 세액공제 배제규정이 2010. 2. 18. 신설되었고, 그 시행시기에 대하여 부칙 제2조에서 2010. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 규정하고 있으므로 원고의 연구 및 인력개발비세액공제를 배제함은 타당함

○서울행정법원2014구합72606, 2015.06.18.

  복수의 법령이 ⁠‘산업집적지 경쟁력 강화사업’의 추진근거가 될 수 있는 것이고 산업기술혁신촉진법은 산업집적지 경쟁력 강화사업의 추진근거이므로 해당 지원금은 조세특례제한법 제10조의2 제1항 ‘연구개발출연금등’에 해당하는 것이며 세액공제 대상이 되는 일반연구・인력개발비에서 제외되어야 함

출처 : 국세청 2021. 03. 05. 서면-2020-법인-4249[공익중소법인지원팀-18] | 국세법령정보시스템