개인사업자 포괄양도 시 고용증대세액공제 이월세액 승계 여부

요지

｢조세특례제한법｣제32조제1항에 따른 법인전환에 해당하지 않는 경우, 사업을 양수한 법인은 종전 개인사업자의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 없는 것임

회신

질의기업의 사실관계와 같이 개인사업자가 다른 법인의 신규지점 설치 형식으로 사업을 포괄 양도하면서 상시근로자를 승계시키는 경우,
 ⁠(질의 1) 사업을 양수한 법인이 개인사업자의 이월된 세액을 승계 가능한 지 여부에 대해서는 기존 회신사례(서면-2021-법규법인-0020, 2022.1.25.)를 참고하시기 바랍니다.
 ⁠(질의 2) 질의기업의 사업양도가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제23조제13항제3호가목에 해당하는 경우, 사업을 양수한 법인의 상시근로자 수 산정방법에 대해서는 기존 회신사례(서면-2020-법인-0247, 2020.11.19.)를 참고하시기 바랍니다.

1. 사실관계

 ○ 질의기업은 ㅇㅇ업을 영위하는 개인사업자로 2019년부터 상시근로자의 증가에 따라 조특법 제29의7에 따른 【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】를 적용받았고 해당 세액공제에 대한 이월된 세액이 있음

 ○ 질의기업은 사업의 포괄양수도를 통해 다른 법인의 신규지점으로 설치될 예정으로, 현재 근무 중인 근로자를 모두 법인에 승계할 것임

2. 사실관계

○ 개인사업자를 사업의 양수도를 통해 다른 법인의 지점으로 전환하는 경우

- ⁠(질의1) 개인사업자의 고용증대세액공제 이월세액을 승계받을 수 있는지 여부

- ⁠(질의2) 사업 양수도가 발생한 과세연도에 고용증대세액공제 적용 시 사업을 양수한 법인의 직전과세연도 상시근로자 수 계산 방법

    사업을 양수한 법인의 직전 상시근로자 수 : 0

  사업을 양수한 법인의 직전 상시근로자 수 : 사업을 양수한 법인의 직전 상시근로자 수 + 개인사업자로부터 승계한 상시근로자 수

3. 관련법령

□ 조세특례제한법 제29조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

 ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

   1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

   2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

    가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원

    나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

 ⑧ 제1항 및 제2항을 적용할 때 청년등 상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제26조의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

 ② 법 제29조의7제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 상시근로자"란 제23조제10항에 따른 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)를 말한다.

 ⑦ 법 제29조의7제1항 및 제2항을 적용할 때 상시근로자 수, 청년등 상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.

  1. 상시근로자 수:

  2. 청년등 상시근로자 수:

 ⑨ 제7항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 제23조제13항을 준용한다

□ 조세특례제한법 시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

 ⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

  1. 창업(법 제6조제10항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 0

  2. 법 제6조제10항제1호(합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.

   가. 해당 과세연도에 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우

   나. 제11조제1항에 따른 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우

□ 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

   2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

□ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.

 ④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

② 법 제32조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

□ 조세특례제한법 제31조 【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

 ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

 ④ 제6조제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다.

 ⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.

 ⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.

□ 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】

 ① 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조제1항, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2부터 제30조의4까지, 제96조의3, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의30, 제104조의32, 제122조의4제1항, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제96조의3 및 제126조의6을 적용하는 경우에는 ｢소득세법｣ 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

 ○ 서면-2021-법규법인-20, 2022.1.25.

｢조세특례제한법｣제144조에 따른 미공제 세액이 있는 개인사업자가 법인으로 전환하는 경우로서 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환에 해당하지 않는 경우, 전환 후 법인은 해당 개인사업자의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 없는 것임

 ○ 서면-2018-법인-3657, 2019.10.31.

｢조세특례제한법｣ 제6조제2항에 따른 세액감면을 적용받던 개인기업이 감면기간이 지나기 전에 중소기업인 법인으로 전환 시, 동법 제32조 및 동법 시행령 제29조 제2항 및 제5항에서 규정한 법인 전환에 해당하지 아니한 경우에는 전환 후 법인은 남은 감면기간에 대하여 동 법 제6조제2항을 적용받을 수 없는 것임

 ○ 사전-2023-법규법인-0149, 2023.6.27.

거주자가 ｢조세특례제한법｣ 제29조의7에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 및 같은 법 제30조의4에 따른 중소기업 사회보험료 세액공제를 적용받은 후 영위하던 사업을 법인에 사업의 양수도를 통해 승계시킨 경우 해당 사업을 양수한 법인은 거주자의 잔여 공제연도에 대하여 고용증대세액공제 및 중소기업 사회보험료 세액공제를 승계하여 적용받을 수 없는 것임

 ○ 사전-2020-법령해석소득-33, 2020.4.27.

사업장을 포괄양도 한 후 동일한 업종의 사업을 개업한 경우, 그 사업자가 ｢조세특례제한법｣제29조의7에 따른 세액공제액을 계산함에 있어 상시근로자의 수는 ｢조세특례제한법 시행령｣제23조제13항제3호를 따르는 것임

 ○ 서면-2020-법인-0247, 2020.11.19.

｢조세특례제한법｣ 제29조의7의 고용증대세액공제의 증가한 상시근로자 수를 계산함에 있어 창업에 해당하는지 여부는 궁극적으로 사업 창출의 효과가 있는지에 따라 판단하는 것으로, 인적·물적 설비를 승계 또는 인수하여 사업을 영위하는 사업양수 등은 창업에 해당하지 않는 것임

사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계한 경우의 직전 과세연도 상시근로자 수는 ｢조세특례제한법 시행령｣제23조제13항제3호에 따라 승계한 상시근로자 수를 포함하여 계산하는 것임

출처 : 국세청 2025. 06. 25. 서면-2024-법인-4312[법인세과-1015] | 국세법령정보시스템