요지

감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 지출한 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 봄

회신

귀 과세기준자문 신청의 경우, 기존해석사례(기획재정부 법인세제과-54, 2021.1.28.)를 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 법인세제과-54, 2021.1.28.
사립학교교직원연금공단이 ｢사립학교교직원 연금법｣에 따라 해당 사업연도 수익을 고유목적사업에 지출한 금액 상당액은 ｢법인세법｣ 제29조제3항 규정에 따라 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 같은 법 제29조제1항의 규정을 적용하는 것입니다. 끝.

1. 사실관계

 ○A법인은 외부감사를 받는 비영리내국법인으로서 교직원 퇴직 시 지급하는 퇴직수당 중 ｢사립학교교직원 연금법｣에 명시된 부담금 규정에 의하여 매년 000억원(이하 ⁠‘쟁점금액’)을 A법인이 의무적으로 부담하고 있음

○A법인은 쟁점금액을 국세청 유권해석(법인46012-4425, 1995.12.4.)에 따라 당초 법정기부금으로 손금반영하여 법인세 신고하였으나,

  -‘쟁점금액을 부담하는 것이 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 ｢법인세법 시행령｣ 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업과 관련한 지출에 해당하는 경우에는 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 것’이라는 최근 국세청 세법해석 사전답변(법령해석과-1778, 2020.6.11.)에 따라

  -쟁점금액을 법정기부금에서 고유목적사업지출액으로 변경하는 경정청구를 하였으며,

  -쟁점금액이 ｢사학연금법｣ 제1조 및 제4조에 따른 설립목적을 직접 수행하는 비용으로서 ｢법인세법 시행령｣ 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업과 관련되어 고유목적사업관련 지출금액으로 보는 것에 대해서는 과세관청과 A법인 간의 이견이 없음

 ○A법인은 ｢법인세법｣ 제29조제2항 및 ｢조세특례제한법｣ 제74조제1항제9호나목에 따라 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 전액 고유목적사업준비금으로 매년 손금에 산입하였으며,

  -수익사업에서 발생한 잉여금 전액은 손실금 보전 후 전액 고유목적사업으로 전출하였음(｢사립학교교직원 연금법｣ 제27조)

 ○쟁점금액을 법정기부금에서 고유목적사업준비금으로 세무조정을 변경함에 따라 동일한 금액이 손금불산입, 손금산입되어 A법인의 차가감소득금액에는 변동이 없으나

  -기부금한도초과액 및 한도초과이월액이 없게 되어 각 사업연도소득금액 및 산출세액 감소에 따른 법인세 환급세액이 발생함

2. 질의내용

 ○외부감사를 받는 비영리내국법인이 법정기부금으로 손금산입한 금액을 고유목적사업지출액으로 변경하여 경정청구를 통해 ｢법인세법｣ 제29조에 따라 손금산입할 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

  1. 다음 각 목의 금액

   가.｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

   나.｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

   다.(생략)

  2.그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 ②제1항을 적용할 때 ｢주식회사 등의 외부감사에 관한 법률｣ 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

 ③제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

○조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

  9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

   가. ｢공무원연금법｣에 따른 공무원연금공단

   나. ｢사립학교교직원연금법｣에 따른 사립학교교직원연금공단

○사립학교교직원 연금법 제27조【잉여금의 처리】

  공단은 회계연도마다 결산상 잉여금이 있으면 손실금을 보전(補塡)하고, 나머지는 사립학교교직원 연금기금의 수입으로 하여야 한다.

○사립학교교직원 연금법 제46조【국가부담금】

 ①국가부담금은 다음 각 호의 금액의 합계액으로 한다.

  3.퇴직수당 지급에 드는 비용 중 제47조제3항 단서에 따라 부담하는 금액

○사립학교교직원 연금법 제47조【법인부담금】

 ③제1항의 법인부담금은 해당 학교 교원이 부담하는 개인부담금의 합계액 중 대통령령으로 정하는 금액 및 그 학교기관의 사무직원이 부담하는 개인부담금 합계액과 같은 금액에 교직원의 퇴직수당 지급에 드는 비용을 합한 금액으로 한다. 다만, 퇴직수당 지급에 드는 비용은 공단이 그 일부를 부담할 수 있으며, 국가는 공단에서 부담하는 비용을 제외한 나머지 비용의 일부 또는 전부를 부담한다.

○사립학교교직원 연금법 시행령 제69조의3【퇴직수당 지급에 드는 비용의 부담】

 ③퇴직수당지급비용 중 법 제47조제3항 단서에 따라 공단이 부담하는 금액은 1992년도에 공단이 퇴직수당비용으로 부담한 금액으로 한다.

출처 : 국세청 2021. 02. 03. 기준-2020-법령해석법인-0172[법령해석과-421] | 국세법령정보시스템