요지

고향주택 취득자의 배우자가 지역요건(고향)을 충족한 경우에도 조특법§99의4①(2)에 따라 고향주택 특례를 적용할 수 있음

답변내용

거주자 및 그 배우자가 구성하는 1세대가 ｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따라 농어촌주택등취득기간 중에 고향주택을 취득하여 3년 이상 보유하고 그 고향주택 취득 전에 보유하던 일반주택을 양도하는 경우에는 그 고향주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용하는 것(이하 ⁠“고향주택 특례”)입니다.
귀 사전답변의 사실관계와 같이, 고향주택을 취득한 자의 배우자가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제99조의4제6항 각 호의 요건을 갖춘 경우 고향주택 특례를 적용할 수 있는 것입니다. 다만, 1세대가 고향주택 소재지에서 10년 이상 거주하였는지 여부는 사실조사하여 판단할 사항입니다.

1. 사실관계

○2013년 甲 대구시 소재 A아파트 취득

 ○ 2019년 甲 영주시 소재 B주택^* 취득, 현재 거주 중

  - 취득자 甲의 배우자 乙이 주택이 소재하고 있는 영주시와 연접한 봉화군(등록기준지)에
총 10년 이상 거주[신청인도 봉화군이 등록기준지이나 10년 거주는 하지 못함]

   * 쟁점외 조특법§99의4①(2)에 따른 고향주택 요건을 충족함을 전제

 ○ 2024.12.20. A아파트 양도

2. 질의요지

○취득자가 아닌 그 배우자가 10년 이상^* 거주한 사실이 있는 지역에 소재한 B주택에 대하여 조특법§99의4(이하 ⁠“고향주택 특례”)의 적용 여부

   * 등록기준지에서 연속하지는 않지만 총 10년 이상 거주한 것을 전제

3. 관련 법령

□ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2025년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조제1항제3호를 적용한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

  가. 취득 당시「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」제2조제13호에 따른 기회발전특구(같은 법 제2조제12호에 따른 인구감소지역, 「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 "기회발전특구"라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

   1) 수도권지역. 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

   2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역. ⁠「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

   3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

   4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역

   5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

  나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

 2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택"이라 한다)

  가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

  나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 ⁠(다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것

   1) 수도권지역

   2) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

   3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

  다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

 ② 삭제

 ③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 ④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

 ⑤ 1세대가 수도권 내 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역에 소재하는 2주택(양도하는 시점의 ⁠「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격을 합산한 금액이 6억원 이하인 경우에 한정한다)만을 소유하는 경우로서 2020년 12월 31일까지 그 중 1주택을 양도하고 「소득세법」 제105조제1항제1호 본문에 따른 기간 내에 농어촌주택등을 취득하는 경우에는 같은 법 제104조제7항을 적용하지 아니하고, 「소득세법」 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제받을 수 있다.

 ⑥ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우 또는 제5항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하거나 최초 보유한 기간 3년 중 농어촌주택등에 2년 이상 거주하지 아니한 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유 또는 거주하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ⑦ 제1항, 제4항 및 제5항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.

 ⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 「소득세법」 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다.

 ⑥ 법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다.

 1. ⁠「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 ⁠「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다)

 2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역

 ⑦ 법 제99조의4제1항제2호나목 ⁠(1)에서 ⁠(3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다.

□ 조세특례제한법 시행령 별표 12

출처 : 국세청 2025. 06. 11. 사전-2025-법규재산-0083[법규과-1231] | 국세법령정보시스템