요지
정부업무대행단체인 한국수산자원공단(이하 “공단”)이 ｢수산자원관리법｣ §55의2③에 따른 사업을 국가등으로부터 위탁받아 대행하는 경우 면세되나, 공단이 지방자치단체 및 사업자들과 ‘잘피 서식지 조성 및 관리’를 위한 상호협약을 체결하고, 일부 사업자로부터 사업을 위탁받아 대행하는 경우 부가가치세가 과세되는 것임
답변내용
｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 한국수산자원공단(이하 “공단”)이 같은 법 제55조의2제3항에 따른 사업을 국가‧지방자치단체(이하 “국가등”)로부터 위탁받아 대행하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조에 따라 2021.4.1. 이후 공급분부터 부가가치세가 면제되는 것이나, 공단이 지방자치단체 및 협약기관들과 ‘탄소중립을 위한 잘피 서식지 조성 및 관리’를 위한 상호협약을 체결하고 협약기관 중 주관기관인 민간사업자로부터 ｢수산자원관리법｣ 제55조의2제3항 외의 사업을 위탁받아 대행하고 대행수수료를 지급받는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호에 따라 부가가치세가 면제되지 아니하는 것임
사실관계
○ 한국수산자원공단(이하 “신청공단”)은 수산자원관리 사업 수행 등을 위하여 ｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 법인이며 ’21.2.17. ｢조세특례제한법 시행령｣의 개정으로 정부업무대행단체에 지정됨
○ 이에 따라 신청공단이 ｢수산자원관리법｣ §55의2③의 사업 중 국가‧지방자치단체의 업무를 대행‧위탁받아 수행하는 사업은 ’21.4.1. 이후 공급분부터 면세로 전환됨
○ 신청공단은 ’23.3월 ㈜**화학, 한국국제@@대책기구, △△△△㈜ (또는 “위탁사업자”)및 □□시와 상호협약을 맺고 ‘탄소중립·ESG경영 실행 잘피1) 서식지 조성관리사업(이하 “쟁점사업”)’을 수행할 예정임
○ 신청공단은 쟁점사업의 협약 당사자인 □□시는 ｢□□ 해양치유자원 관리 및 활용 조례｣ 제3조(이하 “□□시 조례”)에 따라 “해양치유자원을 관리 및 활용하여 □□시민과 관광객이 해양치유 혜택을 누리고 지역경제를 활성화할 수 있는 시책을 마련할 책무가 있으며”
- 해양치유자원에 대하여 □□시 조례에 명시적으로 정의한 바는 없으나, ｢해양치유자원의 관리 및 활용에 관한 법률｣ 등을 살펴보았을 때, 해양치유자원은 해양치유에 활용될 수 있는 해양자원을 의미하는 것으로서,
- 쟁점사업을 통하여 탄소중립 정책에 기여, 수산자원의 증강 및 어업인 소득증대, 해양보호 효과를 기대하고 있는 바,
- 쟁점사업은 □□시 조례에 따른 □□시장의 책무에 해당한다는 의견임*
* 신청공단은 이러한 해양치유자원의 관리 및 활용 책무를 상호 협력협약에 따라 □□시장을 위하여 대행한다는 의견임
○ 쟁점사업에 관한 사업협약 체결 흐름은 다음과 같음
○ 쟁점사업의 상호협력협약(이하 “상호협약”)의 주요내용은 다음과 같음
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한국수산자원공단·**화학·한국국제@@대책기구·△△△△(주)·□□시(이하 개별적으로 “기관”, 총칭하여 “기관들”)은 탄소중립 등 지속 가능한 해양생태계 보전의 ESG경영을 위하여 다음과 같이 협약(이하 “본 협약”)을 체결
제1조(목적) 본 협약은 탄소중립을 위한 ‘잘피 서식지 조성 및 관리’ 등의 ‘탄소흡수원 확충(블루카본 기반 확대)’ 및 ‘ESG 경영 실천’을 위하여 기관들간 상호 협력하는 것을 목적으로 함
제3조(교류․협력사항) 기관들은 제1조의 목적을 안정적이고 효과적으로 달성하기 위하여 다음 사항에 적극 협력하며, 특정 분야 또는 특정 사항의 상호협력을 구체화하기 위해 별도 계약을 체결할 수 있음
가. 탄소중립 기여(블루카본 기반 확대)를 위한 잘피(거머리말) 이식 및 관리 등 해양생태환경 개선 및 ESG경영 전반의 사항
나. 해양생태계 보전과 탄소중립 등 블루카본(잘피숲 등)의 중요성에 대한 사회적 공감대 형성 및 홍보
다. 사업구역의 관할기관인 □□시는 잘피숲 조성과 관리사업의 전 과정 적극 협조 |
○ 신청공단과 △△△△(주)는 쟁점사업의 상호협력협약 제3조에 따라 ‘블루카본 잘피 서식지 복원 연구’에 대해 대행협약서를 체결(이하 “쟁점협약”)하였고 주요내용은 다음과 같음
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제1조(목적) 본 협약의 목적은 “△△△△(주)”가 전남 □□시 관할 해역 내에 추진 예정인 ’블루카본 잘피 서식지 복원 연구‘ 을 대상으로 사업의 범위, 협약기간, 사업비 지급에 관한 사항, 관리·감독, 기타 수행에 필요한 사항 등 대행에 관한 사항을 정함
제2조(사업추진기관) 본 협약의 주관기관은 “△△△△”이 되고, 수행기관은 “신청공단”이 됨
제4조(대행사무의 범위) “신청공단”은 아래과 같은 사업을 대행한다.
① 사 업 명 : 블루카본 잘피 서식지 복원 연구
② 사 업 지 : 전라남도 □□시 관할 수역 내 1개소
- 조성면적 : 2ha / 사업면적 : 10ha 확대 목표
③ 사업내용(사업계획서에 따라 수행)
- 사업 대상후보지 적지조사 및 사업실행 구역 선정
- 잘피 서식지 확대를 위한 시범 이식 및 유지 관리
- 사업 효과 분석 및 모니터링 등
④ 사 업 비 : 금 000,000,000원(금 *억*천만원)
⑤ 사업기간 : 협약체결일부터 2026년 12월 31일 까지 적극 협조
제5조(사업계획서 등) “신청공단”은 협약서, 사업계획서, 관련 법령에 따라 본 사업의 계획을 별도로 수립하여 수행하여야 하고, “△△△△”에 제출 · 승인을 받아야 하며, 동일 사업비 범위 내에서 불가피한 사업계획 변경이 필요한 경우에는 “△△△△”과 사전 협의하여야 한다.
제6조(사업비 지급 등)
① “사업비”라 함은 본 사업 수행에 필요한 장비재료비, 사업활동비, 위탁사업비 및 기타 부대비용 등으로 모든 제반 소요 비용을 말함.
“△△△△”은 사업비 총 *억*천만원(000,000,000원)을 1차년도와 2~4차년도로 분할하여 다음 각 호와 같이 집행함
② “△△△△”은 공공기관 협력사업비 등 관계 법령 및 규정에 따라 예산의 범위 내에서 “신청공단”에게 지급함
③ “신청공단”은 사업비를 집행함에 있어 관계법령 등이 정하는 바에 의거 적정하게 집행하여야 하며(이하생략)
④ 직접비 간의 전용과 직접비 비목 간 20% 이상에 해당하는 전용은 “△△△△”의 승인 후 집행하고, 비목 간 20% 미만의 사업비 변경 및 비목 내 금액조정 등과 같은 경미한 사항에 대해서는 “공단”이 자체적으로 수립하고 “△△△△”에 보고하는 것으로 처리함
제7조(사업의 수행 및 사업관리)
② “신청공단”은 제2조 각 호의 사업 등을 추진함에 있어 중요 절차 이행 시 “△△△△”에 통보하여야 하며, 사업 시행 상 필요시 “△△△△”에 입회 등을 요청할 수 있음
③ 본 사업의 원활한 수행 등을 위하여 “△△△△”은 “공단”의 요청 등이 있을 시 이에 적극 협조하여야 함
제8조(지도․감독)
“△△△△”은 “공단”에 대하여 대행사무의 처리와 관련하여 필요한 사항을 보고하게 하거나 대행사무의 지도․감독에 필요한 서류․설치 등을 검사할 수 있다. 이 경우 “신청공단”은 이에 적극 협조하여야 함
제11조(사업비 정산)
① “신청공단”은 사업완료 후 집행내역을 첨부한 사업비 정산결과와 사업 결과 완료보고서를 각 사업 시행년도 마다 12월 말일까지 “△△△△”에 제공하여야 함
② “신청공단”은 제①항의 사업비 정산결과, 집행 잔액 및 이자 발생분에 대하여는 “△△△△”에 반납하여야 함
제14조(대행 수수료) “△△△△”이 “공단”에게 본 사업을 위탁 함에 있어 대행수수료는 본 사업비의 8%로 한다. |
○ 쟁점사업의 연차별 추진계획(2023년~2026년)은 다음과 같음
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2023년 |
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2024 ∼ 2026년 |
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병행 수행 |
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사업구역 선정, 잘피 이식
(후보지 지형, 해양환경, 저질 및 생태계 조사, 종자채취, 이식 등) |
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이식(2차년), 모니터링(2-4차년)
(잘피 채취․이식, 서식환경, 개체군 관리, 모니터링 등) |
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홍보 및 국민 참여
(협력기관 및 국민 참여, 사업 대외 홍보(언론) 등) |
※ 신청공단이 수행하는 쟁점사업은 ｢수산업법｣ §46에 따른 연구어업에는 해당하지 아니하는 것을 전제함
관련법령
○ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】
⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.
○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 부가가치세법 시행령 제46조【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】
법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.
1. ｢우정사업 운영에 관한 특례법｣에 따른 우정사업조직이 제공하는 다음 각 목의 용역(각목 생략)
2. ｢철도건설법｣에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역
3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업‧숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.(각목 생략)
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건 용역(각목 생략)
○ 부가가치세법 시행령 제69조【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】
① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.
⑤ 용역의 공급에 대한 주선‧중개의 경우에는 제1항과 제2항을 준용한다.
○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】
⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
58. ｢수산자원관리법｣ 제55조의2에 따른 한국수산자원공단
⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다.다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.
1. 소매업‧음식점업‧숙박업‧욕탕업 및 예식장업
2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조제2항에 규정된 사업
3. 부동산임대업
4. 골프장‧스키장 및 기타 운동시설 운영업
(이하생략)
○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】
② 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.
○ 조세특례제한법 시행규칙 별표10 [정부업무대행단체의 면세사업]
○ 조세특례제한법 시행령 부칙
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제58호‧제59호 및 제115조제3항부터 제19항까지의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행하고, 제104조의5제7항 및 제110조제1항의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하며, 제84조의 개정규정은 2023년 1월 1일부터 시행하고, 별표 6 제2호 아목의 개정규정은 2021년 6월 23일부터 시행한다.
제11조(정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항제58호 및 제59호의 개정규정은 2021년 4월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.
○ 수산자원관리법 제2조【정의】
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “수산자원”이란 수중에 서식하는 수산동식물로서 국민경제 및 국민생활에 유용한 자원을 말한다.
4. “수산자원조성”이란 일정한 수역에 어초(魚礁)ㆍ해조장(海藻場) 등 수산생물의 번식에 유리한 시설을 설치하거나 수산종자를 풀어놓는 행위 등 인공적으로 수산자원을 풍부하게 만드는 행위를 말한다.
○ 수산자원관리법 제55조의2【한국수산자원공단】
① 정부는 수산자원을 보호‧육성하고 어장관리 및 기술을 연구‧개발‧보급하는 등 수산자원관리 사업을 원활히 수행하기 위하여 한국수산자원공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립‧운영한다.
③ 공단은 다음 각 호의 사업을 수행한다.
1. 인공어초‧바다숲‧바다목장의 조성과 수산종자의 방류 등 수산자원조성사업
2. 수산자원조성사업과 관련되는 기술개발, 대상해역 적지조사, 생태환경조사, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업
3. 수산자원의 관리를 위한 총허용어획량 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업
4. 수산자원관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업(제3조제5호에 따른 ｢내수면어업법｣의 내수면 수산자원조성사업을 포함한다)
4의2. 다른 법령에 따라 공단이 수행할 수 있는 사업
5. 그 밖에 수산자원관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업
6. 제1호부터 제4호까지, 제4호의2 및 제5호의 사업에 수반되는 업무로서 정관으로 정하는 사업
○ 수산자원관리법 제47조의3【공단의 사업】
법 제55조의2제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.
1. 수산자원의 생태체험 및 이용사업
2. 수산자원 브랜드의 가치 제고 및 관련 시설 운영 사업
3. 수산자원관리 사업에 필요한 외국과의 교류‧협력사업
4. 수산자원 정보화사업
○ 해양치유자원의 관리 및 활용에 관한 법률 제2조 【정의】
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “해양치유”란 해양치유자원을 활용하여 체질 개선, 면역력 향상, 항노화 등 국민의 건강을 증진시키기 위한 활동을 말한다.
2. “해양치유자원”이란 갯벌, 소금, 해양심층수, 해조류, 해양경관, 해양기후 등 해양치유에 활용될 수 있는 해양자원을 말한다.
○ 수산업법 제46조 【시험어업 및 연구어업ㆍ교습어업】
③ 해양수산부장관이 지정한 시험연구기관ㆍ수산기술지도보급기관ㆍ훈련기관 또는 교육기관에서 연구어업ㆍ교습어업을 하려는 경우에는 제1항 및 제2항, 제7조ㆍ제40조ㆍ제43조 및 제48조에도 불구하고 연구어업ㆍ교습어업을 할 수 있다.
④ 제2항 및 제3항에 따른 시험어업 및 연구어업ㆍ교습어업에 필요한 사항은 해양수산부령으로 정한다.
○ 수산업법 시행규칙 제51조 【연구어업ㆍ교습어업의 실시】
해양수산부장관이 지정한 시험연구기관, 수산기술지도보급기관, 훈련기관 또는 교육기관이 법 제46조제3항에 따라 연구어업ㆍ교습어업을 하려는 경우에는 해당 수역을 관할하는 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장과 다음 각 호의 사항을 미리 협의해야 한다.
1. 연구어업ㆍ교습어업의 목적
2. 연구어업ㆍ교습어업을 하려는 수면의 위치와 구역
3. 포획ㆍ채취물의 종류 및 수량과 그 처리방법
4. 연구어업ㆍ교습어업을 하려는 기간
5. 새로운 어구ㆍ어법 또는 어장을 개발하려는 경우 해당 어구ㆍ어법 또는 어장에 관한 사항
○ □□시 해양치유자원 관리 및 활용 조례 제1조 【목적】
이 조례는 해양치유자원의 관리와 활용에 필요한 사항을 규정함으로써 해양치유산업을 육성하고, 나아가 지역 경제활성화 및 □□시민의 삶의 질 향상에 이바지하는 것을 목적으로 한다.
○ □□시 해양치유자원 관리 및 활용 조례 제2조 【정의】
이 조례에서 사용하는 용어의 뜻은 「해양치유자원의 관리 및 활용에 관한 법률」(이하 “법”이라 한다) 제2조에 따른다.
○ □□시 해양치유자원 관리 및 활용 조례 제3조 【시장의 책무】
□□시장(이하 “시장”이라 한다)는 해양치유자원을 관리 및 활용하여 □□시민과 관광객이 해양치유 혜택을 누리고 지역 경제를 활성화할 수 있는 시책을 마련하여야 한다.
1) 해양성 수생관속식물로 바닷속에서 꽃을 피우고 씨를 맺는 해초류로, 국제기구인 기후변화에 관한 정부 간 협의체(IPCC)가 공식 인정한 3대 블루카본(맹그로브·염습지·잘피림 등 해양 생태계가 흡수하는 탄소) 중 하나
출처 :
국세청 2023. 11. 24. 사전-202-3법규부가0680[법규과-2948] | 국세법령정보시스템
