요지

도매업 영위법인이 창고시설의 일부를 물류산업에 사용하는 경우 같은 법 제24조 제3항의 ⁠“자산을 다른 목적으로 전용하는 경우”에 해당하지 않는 것임

답변내용

도매업을 영위하는 법인이 ｢조세특례제한법 시행규칙」[별표5]의 유통산업합리화시설 중 제8호의 ⁠‘창고시설 등’(이하 ⁠‘창고시설’)의 투자금액에 대해 통합투자세액공제를 받고 투자완료일로부터 5년 이내에 물류산업을 겸영함으로써 창고시설의 일부를 물류산업에 사용하는 경우 같은 법 제24조 제3항의 ⁠“자산을 다른 목적으로 전용하는 경우”에 해당하지 않는 것이나, 해당 창고시설이 법령에서 정한 공제가능한 시설에 해당하는지는 사실판단 할 사항임

1. 사실관계

○ 질의법인은 산업 공구 도매업을 주업^*으로 하는 법인으로 ’22.4월 경북 경산시에 스마트물류센터(이하 ⁠‘쟁점물류센터’) 건축허가를 득하고 공사를 진행하여 ’25.4월 준공

   * 질의법인의 정관상 도매업, 창고업을 목적사업으로 명시하고 있음

 ○ 질의법인은 쟁점 물류센터를 주업인 공구 도매업(재고자산 보관 및 출고용도)에 사용할 예정이나 일부 면적에 대해 화주의 물품을 보관하고 보관료를 수령하는 창고업에 사용할 예정임

  - 창고업은 화주의 물품 보관을 위하여 쟁점 물류센터 및 관련 설비의 정상적인 가동과 유지관리 책임을 부담하고 보관용역 관련 직접비 및 간접비 등에 적정 수익률을 반영한 보관료를 물품 부피(CBM) 당 단가기준으로 청구하는 수탁창고 방식으로 운영

2. 질의내용

○ 도매업을 주업으로 하는 법인이 쟁점 물류센터 투자완료일 이후 5년 이내에 일부 면적을 창고업에 사용하는 경우

  - ⁠“자산의 다른 목적으로의 전용”에 해당하여 사후관리 대상인지 여부

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제24조 【통합투자세액공제】

 ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산(중고품 및 대통령령으로 정하는 임대용 자산은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 투자(대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액 또는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제2호 및 제3호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

  1. 공제대상 자산

   가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

   나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

 ③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 투자완료일부터 5년 이내의 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 내에 그 자산을 다른 목적으로 전용하는 경우에는 공제받은 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제21조 【통합투자세액공제】

 ③ 법 제24조제1항제1호나목에서 "가목에 해당하지 않는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

  1. 연구ㆍ시험, 직업훈련, 에너지 절약, 환경보전 또는 근로자복지 증진 등의 목적으로 사용되는 사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 자산

  2. 운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 기획재정부령으로 정하는 자산

  3. ⁠(생략)

 ⑤ 법 제24조제3항 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

  1. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 건축물 또는 구축물: 5년

  2. 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설 중 해당 기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설: 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지의 기간

  3. 제1호 및 제2호 외의 사업용자산: 2년

○ 조세특례제한법 시행규칙 제12조 【사업용자산의 범위 등】

 ③ 영 제21조제3항제2호에서 "운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 기획재정부령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 구분에 따른 사업에 직접 사용하는 각 호의 시설을 말한다.

  1. 운수업을 주된 사업으로 하는 중소기업(영 제2조제1항에 따른 중소기업을 말한다. 이하 이 조에서 "중소기업"이라 한다): 차량 및 운반구(「개별소비세법」 제1조제2항제3호에 따른 자동차로서 자가용인 것을 제외한다)와 선박

  2. 어업을 주된 사업으로 하는 중소기업: 선박

  3. 건설업: 「지방세법 시행규칙」 제3조에 따른 기계장비

  4. 도매업ㆍ소매업ㆍ물류산업: 별표 5에 따른 유통산업합리화시설

  5. ∼ 7. ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 시행규칙 [별표5] 유통산업합리화시설

○ 조세특례제한법 제12조의3【사후관리 대상 건물 또는 구축물의 범위】

 영 제21조제5항제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 건축물 또는 구축물"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

  1. 제12조제2항제4호에 따른 근로자복지 증진 시설

  2. 제12조제3항제4호에 따른 유통산업합리화시설 중 창고시설 등

  3. 제12조제3항제6호에 따른 숙박시설, 전문휴양시설(골프장 시설은 제외한다) 및 종합유원시설업의 시설

○ 조세특례제한법 제2조 【정의】

 ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다.

○ 조세특례제한법 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ⑦ 법 제6조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 물류산업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종(이하 "물류산업" 이라 한다)을 말한다.

  3. 보관 및 창고업

○ 조세특례제한법 제146조 【감면세액의 추징】

 제8조의3제3항, 제24조, 제26조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 같은 조에 따라 투자완료일부터 2년(대통령령으로 정하는 건물과 구축물의 경우에는 5년)이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

출처 : 국세청 2025. 06. 26. 사전-2025-법규법인-0024[법규과-1446] | 국세법령정보시스템