요지

통합투자세액공제를 적용받은 거주자가 최저한세액에 미달하여 공제받아야 할 세액의 일부를 공제받지 못하고, 공동사업을 경영할 것을 약정하는 동업계약에 따라 해당 사업용 자산을 공동사업에 현물출자한 경우 그 미공제된 금액은 동일 과세연도에 다시 단독사업으로 전환된 경우에도 이월하여 공제받을 수 없음

답변내용

 ⁠「조세특례제한법」제24조에 따라 사업용 자산에 대하여 통합투자세액공제를 적용받은 거주자가 같은 법 제132조에 따른 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받아야 할 세액의 일부를 공제받지 못한 경우로서, 공동사업을 경영할 것을 약정하는 동업계약에 따라 해당 사업용 자산을 공동사업에 현물출자한 경우 그 미공제된 금액은 동일 과세연도에 다시 단독사업으로 전환된 경우에도 이월하여 공제받을 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

○질의인 갑은 ’23.x.x. 단독으로 사업을 개시하여 제조업을 운영

  - ’23 과세연도 단독사업장에서 발생한 통합투자세액공제액은 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못하고 이월됨

 ○갑은 을과 동업계약을 체결하고 ’24.x.x.부터 을과 공동사업 영위

  - 이후 을이 공동사업 탈퇴함에 따라 ’24.x.x.부터 다시 갑의 단독사업장으로 전환됨

2. 질의요지

 ○거주자 갑이 단독사업으로 창업하면서 사업용 자산에 대해 통합투자세액공제를 적용받았으나, 최저한세 적용으로 공제받지 못하고, 다음 과세연도에 갑과 을의 공동사업으로 전환하였다가 동일 과세연도에 다시 거주자 甲의 단독사업으로 전환한 경우

  -공제받지 못한 통합투자세액공제액 이월공제 가능 여부

3. 관련 법령

○ 소득세법 제43조【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】

 ① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 "출자공동사업자"라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 "공동사업장"이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

 ② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

 ③ 거주자 1인과 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 공동사업자에 포함되어 있는 경우로서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 그 특수관계인의 소득금액은 그 손익분배비율이 큰 공동사업자(손익분배비율이 같은 경우에는 대통령령으로 정하는 자로 한다. 이하 "주된 공동사업자"라 한다)의 소득금액으로 본다.

○ 조세특례제한법 제24조 【통합투자세액공제】

 ① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산(중고품 및 대통령령으로 정하는 임대용 자산은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 투자(대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액 또는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제2호 및 제3호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

  1. 공제대상 자산

   가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

   나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

  3. 임시 투자 세액공제금액

   가. 기본공제 금액: 다음의 구분에 따른 금액

    1) 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도: 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 3(중견기업은 100분의 7, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

     가) 신성장사업화시설에 투자하는 경우: 100분의 6(중견기업은 100분의 10, 중소기업은 100분의 18)에 상당하는 금액

     나) 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우: 제2호가목2)에 따른 금액

   나. 추가공제 금액: 가목1)부터 3)까지에 따른 각 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

 ③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 투자완료일부터 5년 이내의 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 내에 그 자산을 다른 목적으로 전용하는 경우에는 공제받은 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

○ 조세특례제한법 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】

 ② 거주자의 사업소득(제16조를 적용받는 경우에만 해당 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)과 비거주자의 국내사업장에서 발생한 사업소득에 대한 소득세(가산세와 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며 사업소득에 대한 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 소득세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 사업소득에 대한 산출세액에 100분의 45(산출세액이 3천만원 이하인 부분은 100분의 35)를 곱하여 계산한 세액(이하 "소득세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

  1. 삭제

  2. 제8조, 제10조의2, 제16조, 제28조, 제28조의2, 제28조의3, 제86조의3 및 제132조의2에 따른 손금산입금액 및 소득공제금액

  3. 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3제3항, 제10조, 제12조제2항, 제19조제1항, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의3, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의25, 제104조의30, 제122조의3, 제122조의4제1항, 제126조의3제2항 및 제126조의7제8항에 따른 세액공제금액

○ 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】

 ① 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조제1항, 제24조, 제25조의6, 제25조의7, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의3, 제30조의4, 제96조의3, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의30, 제104조의32, 제104조의35, 제122조의4제1항, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제96조의3 및 제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

○ 조세특례제한법 제146조 【감면세액의 추징】

 제8조의3제3항, 제24조, 제26조 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 같은 조에 따라 투자완료일부터 2년(대통령령으로 정하는 건물과 구축물의 경우에는 5년)이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함하며, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)에는 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 해당 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제137조 【감면세액의 추징】

 ① 법 제146조에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, ｢법인세법｣ 제50조의 적용을 받는 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우

출처 : 국세청 2025. 07. 22. 사전-2025-법규소득-0589[법규과-1632 ] | 국세법령정보시스템