요지

조특법§99의2 감면주택, 장기임대주택 보유 중 상생임대주택 요건을 갖춘 거주주택 양도시 1세대1주택으로 보아 소득령§154① 적용

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢조세특례제한법｣제99조의2제1항을 적용받은 주택(A주택)과 ｢소득세법 시행령｣제167의3 제1항 제2호에 따른 주택(B주택), C주택을 소유하는 1세대가 같은 영 제155의3 제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 C주택을 양도하는 경우 같은 영 제155조제20항에 따라 이를 1세대1주택으로 보아 같은 영 제154조 제1항을 적용하는 것입니다.
이 경우 C주택의 실지거래가액 합계액이 12억원을 초과하여 고가주택에 해당하는 경우 같은 영 제160조제1항제1호에 따라 계산한 양도차익에 대해 양도소득세가 과세되는 것입니다.

1. 사실관계

 ○’14.06.30. A주택 취득(감면주택)

     *조특법§99의2 특례대상 요건 충족함을 전제

 ○’15.07.17. B주택 취득(장기임대주택)

     *제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택 요건 충족함을 전제

 ○’16.10.31. C주택 취득, 직접 거주한 적은 없음

 ○’25.06.13. 매매계약 체결 및 대금 수령(양도가액 12억원 초과)

2. 질의내용

 ○조특법§99의2 감면주택(A주택), 장기임대주택(B주택), 일반주택(C주택)을 보유하는 1세대가 상생임대주택 요건을 모두 갖추어 C주택을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세 가능 여부

3. 관련법령

□소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ①다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가.1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나.1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ①법 제89조제1항제3호가목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 ⁠“조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.

□소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

 ⑳제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 ⁠“장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 ⁠“장기어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 ⁠“거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 ｢영유아보육법｣ 제13조제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 ⁠“직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 ⁠“직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

  1.거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, ｢영유아보육법｣ 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

□소득세법 시행령 제155조의3【상생임대주택에 대한 1세대1주택의 특례】

 ①국내에 1주택(제155조, 제155조의2, 제156조의2, 제156조의3 및 그 밖의 법령에 따라 1세대1주택으로 보는 경우를 포함한다)을 소유한 1세대가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 주택(이하 ⁠“상생임대주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 제154조제1항, 제155조제20항제1호 및 제159조의4를 적용할 때 해당 규정에 따른 거주기간의 제한을 받지 않는다.

  1.1세대가 주택을 취득한 후 해당 주택에 대하여 임차인과 체결한 직전 임대차계약(해당 주택의 취득으로 임대인의 지위가 승계된 경우의 임대차계약은 제외하며, 이하 이 조에서 ⁠“직전임대차계약”이라 한다) 대비 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 임대차계약(이하 이 조에서 ⁠“상생임대차계약”이라 한다)을 2021년 12월 20일부터 2026년 12월 31일까지의 기간 중에 체결(계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우로 한정한다)하고 임대를 개시할 것

  2.직전임대차계약에 따라 임대한 기간이 1년 6개월 이상일 것

  3.상생임대차계약에 따라 임대한 기간이 2년 이상일 것

□소득세법 시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

 ①법 제95조제3항에 따른 고가주택^*(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

     *소득법§89①(3)에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택

  1.고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

□소득세법 시행령 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

 ①법 제104조제7항제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

  2.법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 ⁠“사업자등록등”이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 ⁠“기존사업자기준일”이라 한다) 현재 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 ⁠“장기임대주택”이라 한다).

□조세특례제한법 제99조의2【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ①거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 ｢주택법｣ 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

 ②｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ④제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.

출처 : 국세청 2025. 07. 17. 사전-2025-법규재산-0535[법규과-1590] | 국세법령정보시스템