요지

「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조제6호에 규정된 종전부동산을 양도하는 경우에는 과세이연을 할 수 있으며, 지점의 이전비용 등은 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제57조제4항3호의 비율 계산시 포함할 수 없음

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 이전공공기관이 같은 법 제2조제6호에 규정된 종전부동산을 양도하는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제62조제1항에 따라 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 ｢법인세법｣ 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제57조제4항에 따라 계산한 금액을 과세이연할 수 있는 것이며,
같은 조 같은 항 제3호의 비율을 계산하는 경우 주사무소와 관련되지 아니한 금액은 비율 계산시 포함하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○A법인은 ｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 이전공공기관으로 지정되어 있음

 ○ A법인은 ｢국가균형발전 특별법｣ 및 ｢공공기관의 지방이전기본계획(건설교통부 고시 제2005-XXX호)｣에 따라 2013.10.25. OO시 OO구 OO길에서 OO시 OO구 OO동으로 주사무소를 이전하였고,

  -OO도 OO시 OO면에 위치한 BBB를 ㈜CC에 매각하고 OO시 OO군 OO면에 BBB를 설치할 예정(2023년 준공 예정)이며

  -BBB의 토지 및 건물은 ｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣ 제2조제6호에 규정된 종전부동산으로서

  -｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣ 제43조에 따라 종전부동산 처리계획에 매각시기 및 방법이 규정된 건축물과 그 부지임

○A법인의 주사무소가 이전한 OO시 OO구 OO동은 건설교통부고시 제2007-XXX호에 의해 혁신도시로 지정되어 있음

2. 질의내용

 ○｢공공기관의 지방이전기본계획(건설교통부 고시 제2005-XXX호)｣에 따라 BBB를 양도한 경우

  -(질의1) ｢조세특례제한법｣ 제62조제1항에 따라 양도차익을 이연할 수 있는지 여부

  -(질의2) 양도차익 이연시 BBB의 이전비용(물품 이전비, 철거비 등) 등을 주사무소 이전비용으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○조세특례제한법 제62조【공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

 ①｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 "이전공공기관"이라 한다)이 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 같은 법 제2조제3호에 따른 혁신도시(이하 이 조에서 "혁신도시"라 한다) 또는 ｢세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법｣에 따른 세종특별자치시(이하 이 조에서 "세종시"라 한다)로 이전하기 위하여 ｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣ 제2조제6호의 종전부동산으로서 대통령령으로 정하는 부동산(이하 이 조에서 "종전부동산"이라 한다)을 2021년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 ｢법인세법｣ 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

○조세특례제한법 시행령 제58조【공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

 ①법 제62조제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 부동산"이란 ｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣ 제43조에 따른 종전부동산 처리계획에 매각시기 및 방법이 규정된 건축물과 그 부지를 말한다.

 ②법 제62조제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제57조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 "수도권 과밀억제권역내"는 "수도권내"로, "수도권 과밀억제권역외의 지역"은 "혁신도시 및 세종시"로 본다.

○조세특례제한법 시행령 제57조【법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례】

 ④법 제61조제3항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 제3호의 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

  1.수도권 과밀억제권역내 본사의 양도가액에서 당해자산의 장부가액을 차감한 금액

  2.수도권 과밀억제권역내 본사의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 ｢법인세법｣ 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금

  3.수도권 과밀억제권역내 본사의 양도가액에서 다음 각목의 금액의 합계액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

   가.수도권 과밀억제권역외의 지역에 소재하는 법인의 본사 또는 주사무소의 대지와 건물의 취득가액 또는 임차보증금(전세금을 포함한다. 이하 같다). 다만, 당해건물중 당해법인이 직접 사용하지 아니하는 부분이 있는 경우에는 취득가액 또는 임차보증금에 당해법인이 직접 사용하는 면적이 건물연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

   나.수도권 과밀억제권역내 본사의 양도일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역외의 법인의 본사 또는 주사무소의 사업용고정자산(가목의 대지와 건물을 제외한다)의 취득가액

   다. 수도권 과밀억제권역내 본사의 이전비용

○혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

  2."이전공공기관"이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관(제29조제1항 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 기관을 말한다.

  3."혁신도시"라 함은 이전공공기관을 수용하여 기업ㆍ대학ㆍ연구소ㆍ공공기관 등의 기관이 서로 긴밀하게 협력할 수 있는 혁신여건과 수준 높은 주거ㆍ교육ㆍ문화 등의 정주(定住)환경을 갖추도록 이 법에 따라 개발하는 미래형도시를 말한다.

  6."종전부동산"이라 함은 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지를 말한다.

○혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제4조【이전공공기관 지방이전계획의 수립】

 ①이전공공기관의 장은 다음 각 호의 사항을 포함하는 지방이전계획을 수립하여야 한다.

  1. 이전의 규모 및 범위에 관한 사항

  2. 이전시기에 관한 사항

  3. 이전비용의 조달 방안에 관한 사항

  4. 그 밖에 대통령령이 정하는 사항

 ②제1항의 규정에 따른 지방이전계획은 수도권에 있는 이전공공기관의 본사 또는 주사무소 및 그 기능의 수행을 위한 조직을 지방으로 이전하는 것을 목적으로 수립되어야 한다.

○혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제43조【종전부동산의 처리계획 수립 등】

 ①이전공공기관의 장은 제4조제1항제3호의 규정에 따른 이전비용의 조달 및 국가균형발전 등을 고려하여 다음 각 호의 사항을 포함하는 종전부동산 처리계획을 수립하여야 한다.

  1. 종전부동산의 매각시기 및 방법

  2.종전부동산 중 일부 또는 전부를 매각하지 못하는 경우 구체적인 사유 및 활용방안

출처 : 국세청 2019. 12. 03. 사전-2019-법령해석법인-0381[법령해석과-3149] | 국세법령정보시스템