요지

양수인인 사업시행자가 도과한 과세연도 중에 조세특례제한법 제77조 제3항 제2호에 따른 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날을 경과하여 사업시행계획인가를 받은 것을 사유로 경정청구로 인한 감면 신청을 거부 할 수 없는 것임

회신

「조세특례제한법」 제77조 제1항 제2호는 양도일 현재 ⁠「도시 및 주거환경정비법」 에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외함)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서 적용하는 것이며, 양수인인 사업시행자가 도과한 과세연도 중에 조세특례제한법 제77조 제3항 제2호에 따른 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날을 경과하여 사업시행계획인가를 받은 것을 사유로 경정청구로 인한 감면 신청을 거부 할 수 없는 것입니다.
다만, 이 건 사실관계에 따른 질의 외 경정청구 대상인지 여부는 사실판단 할 사항입니다.

1.사실관계 

 ○(’22.01.25. 양도소득세 예정신고)재건축으로 인한 청산금 41백만원을 ’21.11.05. 수령(양도일자)하고, 다주택자 중과세율을 적용하여 양도소득세 11백만원 신고․납부함

   -(’22.04.22. 경정청구)조특법§77①⑵ 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 규정의 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행자에게 정비구역 토지등을 양도한 것으로 보아 세액 감면 적용 및 중과배제 함

 ○(사업시행자)’13.07.15. 지정일

   -’15.02.06. 사업시행계획인가 ⁠(지정일부터 1년 경과)

   -’21.11.04. 소유권이전 고시일

   * 쟁점외 조특법§77①⑵ 요건 충족한 사실관계임을 전제함

2.신청내용

 ○조특법§77①⑵에 따른 사업시행자로서 같은 조③⑵ 및 조특령§72⑤에 따라 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날까지 사업시행계획인가를 받지 아니한 경우에 해당하므로 추징 사유가 발생한 경우 인지

3.관련규정

○조세특례제한법 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】[시행2021.10.21][2021.04.20-18075호]

 ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

  1.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  2.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  3.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

 ②거주자가 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 "지정 전 사업자"라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

 ③다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 개정 2010.12.27, 2017.2.8, 2020.6.9>

  1.제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업을 시작하지 아니하는 경우

  2.제1항제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행계획인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

 ④제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 15(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 25)에 상당하는 금액을 징수한다.

 ⑤제1항제1호ㆍ제2호 또는 제2항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제63조제3항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제4항에 따라 징수하는 경우에는 제66조제6항을 준용한다.

 ⑥제1항제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 ⑦제1항제3호에 따른 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

   ※부칙

 제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 단서 생략

 ③이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용

제25조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제77조 제2항, 제3항, 제5항 및 제9항("제1항 및 제2항"의 개정부분만 해당한다)의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

○조세특례제한법 기본통칙 77-0…1 【 공공사업용토지 등에 대한 양도소득세등 감면 적용 】

   법 제77조 제3항 각호의 1에 규정하는 사유에 따라 감면세액 등을 추징받은 공익사업시행자 등이 소유토지 등을 새로이 지정된 공익사업시행자 등에게 다시 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 같은조 제1항의 규정에 의한 감면이 적용된다.

○조세특례제한법 시행령 제72조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

 ⑤법 제77조제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 기한"이란 사업시행계획인가에 있어서는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날, 사업완료에 있어서는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행계획인가를 받은 사업시행계획서상의 공사완료일을 말한다

 ⑦법 제77조제6항에 따른 감면신청을 하고자 하는 사업시행자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 당해 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 보유사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑧법 제77조제7항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 ⁠「법인세법」 제62조의2제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 보유사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○도시 및 주거환경정비법 제25조 【재개발사업ㆍ재건축사업의 시행자】

 ①재개발사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 시행할 수 있다.

  1.조합이 시행하거나 조합이 조합원의 과반수의 동의를 받아 시장ㆍ군수등, 토지주택공사등, 건설업자, 등록사업자 또는 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 시행하는 방법

 ②재건축사업은 조합이 시행하거나 조합이 조합원의 과반수의 동의를 받아 시장ㆍ군수등, 토지주택공사등, 건설업자 또는 등록사업자와 공동으로 시행할 수 있다.

○도시 및 주거환경정비법 제50조 【사업시행계획인가】

 ①사업시행자(제25조제1항 및 제2항에 따른 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수등인 경우는 제외한다)는 정비사업을 시행하려는 경우에는 제52조에 따른 사업시행계획서(이하 "사업시행계획서"라 한다)에 정관등과 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수등에게 제출하고 사업시행계획인가를 받아야 하고, 인가받은 사항을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 때에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.

 ②시장ㆍ군수등은 제1항 단서에 따른 신고를 받은 날부터 20일 이내에 신고수리 여부를 신고인에게 통지하여야 한다.

 ③시장ㆍ군수등이 제2항에서 정한 기간 내에 신고수리 여부 또는 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장을 신고인에게 통지하지 아니하면 그 기간(민원 처리 관련 법령에 따라 처리기간이 연장 또는 재연장된 경우에는 해당 처리기간을 말한다)이 끝난 날의 다음 날에 신고를 수리한 것으로 본다.

 ④시장ㆍ군수등은 특별한 사유가 없으면 제1항에 따라 사업시행계획서의 제출이 있은 날부터 60일 이내에 인가 여부를 결정하여 사업시행자에게 통보하여야 한다.

 ⑤사업시행자(시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등은 제외한다)는 사업시행계획인가를 신청하기 전에 미리 총회의 의결을 거쳐야 하며, 인가받은 사항을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 제1항 단서에 따른 경미한 사항의 변경은 총회의 의결을 필요로 하지 아니한다.

 ⑥토지등소유자가 제25조제1항제2호에 따라 재개발사업을 시행하려는 경우에는 사업시행계획인가를 신청하기 전에 사업시행계획서에 대하여 토지등소유자의 4분의 3 이상 및 토지면적의 2분의 1 이상의 토지소유자의 동의를 받아야 한다. 다만, 인가받은 사항을 변경하려는 경우에는 규약으로 정하는 바에 따라 토지등소유자의 과반수의 동의를 받아야 하며, 제1항 단서에 따른 경미한 사항의 변경인 경우에는 토지등소유자의 동의를 필요로 하지 아니한다.

 ⑦지정개발자가 정비사업을 시행하려는 경우에는 사업시행계획인가를 신청하기 전에 토지등소유자의 과반수의 동의 및 토지면적의 2분의 1 이상의 토지소유자의 동의를 받아야 한다. 다만, 제1항 단서에 따른 경미한 사항의 변경인 경우에는 토지등소유자의 동의를 필요로 하지 아니한다.

 ⑧제26조제1항제1호 및 제27조제1항제1호에 따른 사업시행자는 제7항에도 불구하고 토지등소유자의 동의를 필요로 하지 아니한다.

출처 : 국세청 2022. 09. 19. 기준-2022-법무재산-0156[법무과-4652] | 국세법령정보시스템