요지

수정수입세금계산서의 매입세액은 작성 연월일이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것이며, ｢부가가치세법｣ 제60조에 따른 가산세는 적용하지 아니하는 것임

회신

사업자가 독성화학물질탐지기를 수입하면서 세관장으로부터 당초 육군명의로 수입세금계산서를 발급받은 후 관세의 과세가격 신고누락분에 대하여 세관장으로부터 관세 및 부가가치세를 고지받아 납부하고 해당 사업자의 귀책사유가 없음을 증명하여 세관장으로부터 납부일을 작성 연월일로 기재한 수정수입세금계산서를 해당 사업자 명의로 발급받은 경우 해당 수정수입세금계산서의 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조에 따라 작성 연월일이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것이며, 같은 법 제60조에 따른 가산세는 적용하지 아니하는 것으로 기존 해석사례를 보내 드리니 참조하시기 바랍니다.
○ 법규과-635, 2010.4.19.
사업자가 수입대행사를 통하여 과세물품에 해당하는 고속철도 레일분배기를 수입하면서 세관장으로부터 당초 수입대행사 명의로 수입세금계산서를 발급받은 후
「수입세금계산서 교부에 관한 고시」(관세청 고시 제2006-13호, 2006.2.9.)에 따라 수입세금계산서 수정교부 신청에 의하여 해당 사업자 명의로 수정 수입세금계산서를 발급받은 경우
해당 수정 수입세금계산서 관련 매입세액은 ⁠「부가가치세법」 제17조제1항에 따라 매출세액에서 공제하는 것이며, 같은 법 제22조에서 규정하는 가산세는 적용하지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 독성화학물질탐지기를 수입하는 수입업자로, ’17.8.14.을 작성일자로 하고 수입자를 육군으로 하여 부가가치세를 면제받아 수입통관을 하였음

  - ’19.11.29. 세관은 관세 및 부가가치세 면제 대상이 아니라 하여 면제하였던 관세 및 부가가치세를 경정고지하고 수입자를 육군에서 질의법인으로 변경하는 수정수입세금계산서를 발급함

2. 질의내용

 ○ 세관장이 공급받는 자를 변경하여 발급한 수정수입세금계산서의 적정 여부

3. 관련법령

 ○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

   ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

    1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

    2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

    3. 공급가액과 부가가치세액

    4. 작성 연월일

    5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 ○ 부가가치세법 제35조【수입세금계산서】

   ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

   ② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 "수정수입세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

    1. ⁠「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

    2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 ⁠「관세법」에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

     가. ⁠「통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약」에 따른 관세협력이사회나 ⁠「관세법」에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우

     나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

     다. 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

 ○ 부가가치세법 시행령 제72조【수입세금계산서】

   ① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다.

   ② 세관장은 ⁠「관세법」에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조제2항, 제38조의2제1항ㆍ제2항, 제38조의3제1항부터 제3항까지, 제38조의4제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」 제38조의3제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조제2항제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

   ③ 법 제35조제2항제2호 각 목 외의 부분에서 "세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

    1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

    2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

    3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

   ④ 법 제35조제2항제2호다목에서 "수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

    1. 「관세법」 제9조제2항에 따라 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부한 경우로서 같은 항에 따른 수입신고가 수리되기 전에 해당 세액에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

    2. 수입자의 귀책사유 없이 「관세법」 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우

    3. 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 아니하는 경우

    4. 「관세법」 제37조에 따른 사전심사에 따라 통보된 과세가격 결정방법을 적용하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

    5. 「관세법」 제38조제2항 단서에 따라 수입신고를 수리하기 전에 세액을 심사하는 물품에 대하여 감면대상 및 감면율을 잘못 적용한 경우

    6. 제1호부터 제5호까지에서 규정한 사항 외에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우

   ⑤ 세관장이 제2항과 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다.

 ○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

   ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

    1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

    2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

   ③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

 ○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

   ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

    2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】

    법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

    3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

 ○ 부가가치세법 제60조【가산세】

   ⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 수령한 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

    1. 제39조제1항제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 0.5퍼센트

 ○ 부가가치세법 시행령 제108조【가산세】

   ⑤ 법 제60조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 제75조제3호ㆍ제7호 또는 제8호에 해당하는 경우를 말한다.

출처 : 국세청 2021. 01. 08. 서면-2020-부가-1166[부가가치세과-34] | 국세법령정보시스템