창업 5년 이내 벤처기업 2회 출자 시 과세특례 제한

요지

창업 후 5년 이내인 벤처기업에 1차 출자하여 소액주주등이 아닌 자에 해당하는 상태에서 추가 출자하고 1, 2차 출자금액의 합계액이 10억원을 초과하는 경우 추가 출자금액은 창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례가 적용되지 않는 것임

답변내용

 ⁠「조세특례제한법」제14조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제13조 제1항에 따라 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도와 관련하여, 창업 후 5년 이내 최초로 출자하여 ⁠「법인세법 시행령」 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주에 해당하는 상태에서 3년 이내에 추가로 출자하고 최초 출자금액과 추가 출자금액의 합계액이 10억원을 초과하는 경우에는 ⁠「조세특례제한법 시행령」제13조 제1항 제1호의 단서가 적용되지 않아 추가 출자한 금액에 대하여는 ⁠「조세특례제한법」 제14조 제1항 제4호에 따른 과세특례를 적용받을 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ’17.12. 투자대상회사 설립

 ○ ’18.12. 투자대상회사 벤처기업 확인

 ○ ’19.08. 신청인 1차 출자(유상증자), 30억원(기말지분율 4.41%)

 ○ ’20.01. 신청인 2차 출자(유상증자), 50억원(기말지분율 7.96%)

  * 1,2차 출자 모두 회사의 임직원이거나 발기인, 기타 경영자 등이 아닌 단순 투자 목적임

 ○ ’25.02. 1,2차 출자지분 전량 매도

2. 질의내용

○ 창업 후 5년 이내인 벤처기업에 1차 출자하여 소액주주등이 아닌 자에 해당하는 상태에서 추가 출자하고 1, 2차 출자금액의 합계액이 10억원을 초과하는 경우, 창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례 적용가능 여부

3. 관련법령 및 관련사례

□ 조세특레제한법 제14조 【창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도로 발생하는 소득은 「소득세법」 제94조제1항제3호에 따른 양도소득에 포함하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

 4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

□ 조세특레제한법 시행령 제13조 【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 법 제14조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분"이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

 1. 창업 후 5년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조제1항에 따른 벤처기업으로서 출자일까지 같은 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것. 다만, 창업 후 5년 이내 최초로 출자한 날부터 3년 이내에 추가로 출자하고 최초 출자금액과 추가 출자금액의 합계액이 10억원 이하인 경우에는 창업 후 5년 이내인 벤처기업에 출자한 것으로 본다.

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 벤처기업에 대한 출자일 것. 다만, 제1호 단서를 적용할 때 「법인세법 시행령」 제2조제8항제2호는 적용하지 아니한다.

  가. 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제8항에 따른 특수관계(이하 이 항에서 "특수관계"라 한다)가 없는 벤처기업에 대한 출자

  나. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대한 출자

□ 조세특레제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제13조 【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 법 제14조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분"이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

 1. 창업후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

 2. 개인이 그와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 "특수관계"라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 본다.

□ 법인세법 제2조 【정의】

12. "특수관계인"이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

□ 법인세법 시행령 제2조 【정의】

⑧ 법 제2조제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

 1. 임원(제40조제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제11조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

 2. 제50조제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

  가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)

  나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

 4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

 5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

 6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

 7. 해당 법인이 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

□ 법인세법 시행령 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】

② 제1항제1호 및 제2호에서 "소액주주등"이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며, 이하 "소액주주등"이라 한다)을 말한다.

□ 소득세법 제41조 【부당행위계산】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조제1항제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

  가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

   1) 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

   2) 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, 「상법」 제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.

 나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

 다. 외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등으로서 대통령령으로 정하는 것

□ 소득세법 제101조 【부당행위계산】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 소득세법 시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】

① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항, 제2항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

□ 국세기본법 시행령 제1조의2 【특수관계인의 범위】

① 법 제2조제20호가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

 1. 4촌 이내의 혈족

 2. 3촌 이내의 인척

 3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

 4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속

 5. 본인이 ⁠「민법」에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께하는 사람으로 한정한다)

② 법 제2조제20호나목에서 "임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.

 1. 임원과 그 밖의 사용인

 2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

 3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조제20호다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 "경영지배관계"라 한다)를 말한다.

 1. 본인이 개인인 경우

  가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

  나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

□ 벤처투자촉진에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "개인투자조합"이란 개인 등이 벤처투자와 그 성과의 배분을 주된 목적으로 결성하는 조합으로서 제12조에 따라 등록한 조합을 말한다.

□ 벤처투자촉진에 관한 법률 제12조 【개인투자조합의 결성과 등록 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 중소벤처기업부령으로 정하는 자와 상호출자하여 결성하는 조합으로서 이 법의 적용을 받으려는 조합은 중소벤처기업부장관에게 개인투자조합으로 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 중소벤처기업부령으로 정하는 중요한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

  1. 개인

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자로서 투자 목적과 출자 규모 등 대통령령으로 정하는 기준을 갖춘 자

   가. 창업기획자

   나. ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제8항에 따른 신기술창업전문회사

   다. 그 밖에 중소기업 창업지원 또는 벤처투자를 하는 자로서 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 자

출처 : 국세청 2025. 07. 30. 사전-2025-법규재산-0522 | 국세법령정보시스템